Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Daldinia_20sp._20EC12_20[genbank_20GCA_5F002120325.1_202017-05-11] 398 sequences; 37,551,009 total letters Query= NC_001993.1 Length=236120 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq98 87.8 3e-12 seq12 86.0 9e-12 seq9 84.2 3e-11 >seq98 Length=8242 Score = 87.8 bits (96), Expect = 3e-12 Identities = 558/860 (65%), Gaps = 92/860 (11%) Strand=Plus/Minus Query 228315 attaattaaattaa-atattagttcatgtaatataaaaaatactaattt-tataattaat 228372 ||||||| |||||| ||||| || ||| |||||| | |||| |||||||||| Sbjct 4462 ATTAATTTAATTAACATATTTAAAAATTTAAGATAAAATGT--TAATAAATATAATTAAT 4405 Query 228373 ttagataatttGAAAGAATTAGATATATCTAGAAATTTTAATATAAATATTTCATCATTA 228432 ||| |||| ||||| | || | ||||| |||| ||| ||| || || | Sbjct 4404 TTAAATAAA-------AATTAATAAAATTAAAAAATTAAAATAAAAA-ATTATATTATAA 4353 Query 228433 CCAAAATCATTAATCAAATTAAATATTAGGACATGTTATATAAAAAATACTAATTTTATA 228492 |||| |||| | ||| |||| || | | ||||||||||| || ||| | || Sbjct 4352 TAAAAAAAATTATTAAAA--AAATCATAAAAAACTTTATATAAAAATTAATAA--TAATG 4297 Query 228493 ATTAATTTAGATAATTTGAAAGAATTAGATATATCTAGAAATTTTAATATAAATATTTCA 228552 | ||| ||| ||| | ||| ||||| || ||| | || || | | | ||||||| | Sbjct 4296 AATAAATTA-TTAA--TAAAAAAATTAAATTTATTTGTAA--TTAATTTTTAATATTTTA 4242 Query 228553 TCATTA--CCAAAATCATTGATTACATTA--AATATTAA--TTCATGTTATATAAAACAC 228606 | || | ||||| || |||| | | |||||||| || || ||||| |||| | Sbjct 4241 TTATAAATAAAAAATTATATATTAAAAAAATAATATTAAATTTAATTTTATAAAAAATA- 4183 Query 228607 ACTAATTTTATAAATGATTTATATAATTTGAAGGAATTGGATATATCTAGAAATTATAAT 228666 ||||||||||| | ||| | || || | |||| || || | ||| ||| Sbjct 4182 ---AATTTTATAAA--AATTA-AAAAGTTAATTTTATTGTAT-----TAAATTTTAAAAT 4134 Query 228667 ATAAATATTTCATCATTACCAAAATCATTAATCA--AATTAAATATTAGTGATTGCGATA 228724 | |||||||| || | || || | ||||| | |||| || || | ||| ||| Sbjct 4133 AAAAATATTTTATAAATAAAAATAATATTAAAAAACAATTGAAAATATATAATT---ATA 4077 Query 228725 TTAA-AAATACTAATTTTATAAATGATTTAGATAATTTGAAAGAATTAGA------TATA 228777 |||| ||||| ||| | | ||||| |||| ||||| | ||||| | |||| Sbjct 4076 TTAATAAATATTAAATATTTAAATATTTTAATTAATTATATTTAATTAAAAAAATTTATA 4017 Query 228778 TCTAACAATTATAATATAAATATTTCATCATTACCAAAAACATTGACTACATTAAATATT 228837 | ||| | || | ||| ||||||| | ||| || || | || | |||| ||| Sbjct 4016 TATAATATATAAATTATTAATATTT--TTTTTAATTTAATAATAAAATA-AATAAAAATT 3960 Query 228838 AGTTCATGTAATATAAAAAATACtaattttataattaatttagataa---tttgaaagaa 228894 || || |||||||||| || |||||| ||||| || | || || | | || Sbjct 3959 -TTTTAT---TTATAAAAAAT--TATATTTATATTTAATATAAAAAAGTTTTATATAAAA 3906 Query 228895 ttagatatatctaa-aaattttaatataaatatttCATCA-TTACCAAAATCATTGATTA 228952 | | || ||| || | ||||||| |||||||| || | ||| | ||| || |||| Sbjct 3905 TAAAATTTATGAAATATTTTTTAATTGAAATATTT-ATAATTTATAATAATTTTTAATTA 3847 Query 228953 CATTAAATATTAA----TTCATGTTATATAAACCATACTAATTTTATAAATGATTTATAT 229008 ||| | |||||| || || |||| | || ||| |||||| | || |||| || Sbjct 3846 AATTTATTATTAAAAATTTTAT-TTATTTTAA--ATA--TATTTTAAATATATTTTAAAT 3792 Query 229009 AATTTGAAAGAATTAGATATATCTAACAATTATAA-----TATAAATATTTCATCATTAC 229063 | || | ||| || || | | |||||||| ||||| || || || ||| Sbjct 3791 ATTT----AATATTTTATTTAAATTATAATTATAAATTTTTATAATTAATTAATAATTGT 3736 Query 229064 CAAATACATTAATTGAATTAAATATTAGTTCGTGTTATATAAAA-AATA--CTAATTTTA 229120 | | | |||||| || | ||||||| || | |||| ||||| |||| ||||||| Sbjct 3735 AATAAATATTAATATAAATTAATATTATTT--TATTATTTAAAATAATAATATAATTTTT 3678 Query 229121 TAATTAATTTAGA-TAATTT 229139 || || |||| | |||||| Sbjct 3677 TATTT--TTTATATTAATTT 3660 >seq12 Length=989740 Score = 86.0 bits (94), Expect = 9e-12 Identities = 265/392 (68%), Gaps = 40/392 (10%) Strand=Plus/Plus Query 228171 taataatttaacaaaatcgttaattaaattaa-atattagtaattgtaatataataaatg 228229 ||| ||||||| || ||| | |||||| |||||| |||| | | || || || Sbjct 179 TAAAAATTTAATTTTATATTTACATTAATTAATATATTAAAAATTTTTAAATTATTAAA- 237 Query 228230 ctagttctttaaaaaatttaattaatttaaaagaattggatatatctaacaattataata 228289 || || | ||| || ||||||||| ||||| ||| ||||| ||| | || |||| Sbjct 238 -TAATTATATAATAATATTAATTAATATAAAA----TGG-TATATATAAATAATAAAATA 291 Query 228290 t-----aaatatt-tCATCATTACCaa---aaacattaattaaattaaatattagttcat 228340 | | ||||| | || | || | ||| |||| || |||| || || || | Sbjct 292 TTTAATATATATTATAATAAATATTTATTTAAATATTACATATATTATATCATATTTAAA 351 Query 228341 gtaatataaaaaatactaattttataattaatttagataatttGAAAGAATTAGATATAT 228400 || |||| |||| ||||||||||| ||| || ||||| || ||||| | | || Sbjct 352 TTATTATATAAAA----AATTTTATAAT-AATATATATAAT----AATAATTAAAAAAAT 402 Query 228401 CTAGAAATTTTAATATAAATATTTCATCATTACCAAAATCATTAATCAAATTAAATATTA 228460 | |||| || | | |||||||| | |||| ||| ||||| || ||| ||| | || Sbjct 403 TTTCAAATATTTAAA-AAATATTTTAA-ATTAT-AAATTCATTTATTAAAATAATT--TA 457 Query 228461 GGACATGTTATA---TAAA-AAATACTAATTTTATAATTAATT-TAGATAATTTGAAAGA 228515 | || ||||| |||| |||||| |||||||| ||||| || ||||||| ||| | Sbjct 458 AAAAATTTTATAAAATAAATAAATACCAATTTTAT---TAATTATATATAATTTAAAA-A 513 Query 228516 ATTAGATATATCTAGAAATTTTAATATAAATA 228547 |||| | || | |||||||||||||| Sbjct 514 ATTAATTTTAAAATATATTTTTAATATAAATA 545 >seq9 Length=1125327 Score = 84.2 bits (92), Expect = 3e-11 Identities = 349/521 (67%), Gaps = 60/521 (12%) Strand=Plus/Plus Query 228486 TTTTATAATTAATTTAGATAATTTGAAAGAATTAGATATATC-TAGAAATTTTAATATAA 228544 ||| |||||| ||||| || ||| || | ||| || | | || ||||| ||| || Sbjct 1119652 TTTAATAATTTATTTATATTTTTTTAATTATTTAAATTTTTTATATTAATTTAAAT-TAT 1119710 Query 228545 ATATTTCATCATTACCAAAATCATTGATTACATTAAATATTAATTCATGTTATATAAAAC 228604 |||||| | |||| ||| ||| |||| ||||| |||| || ||||| |||| Sbjct 1119711 ATATTTTAAAATTA----AATTATT-ATTA---TAAATTTTAAA--ATATTATAAAAAAA 1119760 Query 228605 ACACTAATT------TTATAAA--TGATTTATAT-AATTTGAAGGAATTGGA-TATATCT 228654 | | | ||| |||||| | |||||||| ||||| || |||| | ||||| Sbjct 1119761 ATATTTATTATTAAATTATAATATTTATTTATATTAATTTAAAATAATTTAAATATATTA 1119820 Query 228655 AGAAATT-ATAATATAAATATTTCATCAT-TACCAAAATCATTAATCAAATTAAATATTA 228712 | ||| ||||| | ||||||| | | || ||| | || ||| | ||||| |||| Sbjct 1119821 ATTTATTTATAATTTTAATATTTAAATTTATAATAAATTTAT-AAT--ATTTAAAAATTA 1119877 Query 228713 GTGATTGCGATATTAAAAATAC-TAATTTTATAAA---TGATTTAGATAATTTGA---AA 228765 | | | || ||||||||| |||| ||| ||| | |||| ||||| | || Sbjct 1119878 ATAAATAAAATTTTAAAAATAAATAATATTAAAAAAATTATTTTAAATAATAATATTTAA 1119937 Query 228766 GAATTAGATATA-TCTAACAATTATAATATAAATATTTCATCATTACCAAAAACATTGAC 228824 |||| || || | ||| | ||||||||||||| || |||| | || ||| Sbjct 1119938 TAATTTTATTTAATTTAATATTTATAATATAAAT-----ATAATTATTTATAATATT--- 1119989 Query 228825 TACATTAAATATTAGTTCATGTAATATAAAAAATACtaatttta--taat-taa-tttag 228880 || ||| |||||| | || | || |||| ||| |||||||| |||| ||| |||| Sbjct 1119990 TAAATTTAATATT--TAAATTT--TAAAAAATATATTAATTTTATTTAATATAATTTTAA 1120045 Query 228881 ataatttgaaa----gaatt-agatatatctaa-aaattttaatataaatatttCATCAT 228934 ||||||| || |||| | |||| ||| | |||| | || ||||||| || || Sbjct 1120046 ATAATTTTTAATTTTTAATTAATTTATAAATAATATATTTGATAATTAATATTTAATTAT 1120105 Query 228935 TACCAAAATCATTGATTACA--TTAAATATTAATTCATGTT 228973 || ||||| ||| |||| | | ||||||||| | ||||| Sbjct 1120106 TAAAAAAATTATTAATTAAAATTAAAATATTAAAT-ATGTT 1120145 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 755452241606400