Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Drosophila_20serrata_20[refseq_20GCF_5F002093755.1_202017-04-14] 1,356 sequences; 198,035,861 total letters Query= NC_023426.1 Length=245717 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq1137 87.8 3e-12 >seq1137 Length=1059850 Score = 87.8 bits (96), Expect = 3e-12 Identities = 220/315 (70%), Gaps = 27/315 (9%) Strand=Plus/Minus Query 181218 ATTATATTTAAATATTTTATTAA-----AATTATCAATAAATCCTT-GTGATAATGAA-- 181269 ||||| |||| ||||||||||| |||||| ||| | | || | || || || Sbjct 839491 ATTATTATTAATTATTTTATTAATTATTAATTATTAATTATTAATTATTAATTATTAATT 839432 Query 181270 GTGAATGattgataatctaattgtatattgtt-attattaatatttaataatt-ctaatt 181327 | ||| ||| || || ||||| | |||| || ||||||||| ||||| ||| | ||| Sbjct 839431 ATTAATTATTAATTAT-TAATTAT-TATTATTAATTATTAATTATTAATTATTAATTATT 839374 Query 181328 tattttccattattaatttttcattcagcatctagaaattatgcatca-tatttattatt 181386 ||| | |||||||||| || ||| | | || |||||| || | || |||||||| Sbjct 839373 AATTATTAATTATTAATTATTAATT-ATTAATTATTAATTATTAATTATTAATTATTATT 839315 Query 181387 atccaatat--attataactgtctaattattaagttgttatccattaattaCTAATAATA 181444 || | ||| ||||| | | |||||||||| || ||| |||||||| |||| || Sbjct 839314 ATTAATTATTAATTATTAATTATTAATTATTAA-TTATTAATTATTAATTATTAAT--TA 839258 Query 181445 TTCTTTTTTGaatatttatatgattactatagattatcatgtatattaatgtgttaataa 181504 || || || | |||| || | | | ||| ||||| || ||||||| | ||||| | Sbjct 839257 TTAATTATTAATTATTAAT-TATTAATTATTAATTATTAT---TATTAAT-TATTAATTA 839203 Query 181505 t--atta-taattat 181516 | |||| ||||||| Sbjct 839202 TTAATTATTAATTAT 839188 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 786153074479520