Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Heliconius_20melpomene_20melpomene_20[genbank_20GCA_5F000313835.2_20 2012-03-01] 4,309 sequences; 273,786,188 total letters Query= AC_000017.1 Length=36001 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq3063 1609 0.0 >seq3063 Length=7092 Score = 1609 bits (1784), Expect = 0.0 Identities = 959/1018 (94%), Gaps = 0/1018 (0%) Strand=Plus/Plus Query 15946 TCCCAAGCAAGATGTTTGGCGGGGCCAAGAAGCGCTCCGACCAACACCCAGTGCGCGTGC 16005 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 TCCCAAGCAAGATGTTTGGCGGGGCAAAGAAGCGCTCCGACCAACACCCAGTGCGCGTGC 60 Query 16006 GCGGGCACTACCGCGCGCCCTGGGGCGCGCACAAACGCGGCCGCACTGGGCGCACCACCG 16065 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 GCGGGCACTACCGCGCGCCCTGGGGCGCGCACAAACGCGGCCGCACTGGGCGCACCACCG 120 Query 16066 TCGATGACGCCATCGACGCGGTGGTGGAGGAGGCGCGCAACTACACGCCCACGCCGCCGC 16125 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 121 TCGATGACGCCATTGACGCGGTGGTGGAGGAGGCGCGCAACTACACGCCCACGCCGCCAC 180 Query 16126 CAGTGTCCACCGTGGACGCGGCCATTCAGACCGTGGTGCGCGGAGCCCGGCGCTATGCTA 16185 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 181 CAGTGTCCACAGTGGACGCGGCCATTCAGACCGTGGTGCGCGGAGCCCGGCGTTATGCTA 240 Query 16186 AAATGAAGAGACGGCGGAGGCGCGTAGCACGTCGCCACCGCCGCCGACCCGGCACTGCCG 16245 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 AAATGAAGAGACGGCGGAGGCGCGTAGCACGTCGCCACCGCCGCCGACCCGGCACTGCCG 300 Query 16246 CCCAACGCGCGGCGGCGGCCCTGCTTAACCGCGCACGTCGCACCGGCCGACGGGCGGCCA 16305 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 CCCAACGCGCGGCGGCGGCCCTGCTTAACCGCGCACGTCGCACCGGCCGACGGGCGGCCA 360 Query 16306 TGCGAGCCGCTCGAAGGCTGGCCGCGGGTATTGTCACTGTGCCCCCCAGGTCCAGGCGAC 16365 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 TGCGGGCCGCTCGAAGGCTGGCCGCGGGTATTGTCACTGTGCCCCCCAGGTCCAGGCGAC 420 Query 16366 GAGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATTAGTGCTATGACTCAGGGTCGCAGGGGCAACG 16425 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 GAGCGGCCGCCGCAGCAGCCGCGGCCATTAGTGCTATGACTCAGGGTCGCAGGGGCAACG 480 Query 16426 TGTACTGGGTGCGCGACTCGGTTAGCGGCCTGCGCGTGCCCGTGCGCACCCGCCCCCCGC 16485 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 TGTACTGGGTGCGCGACTCGGAATTCGGCCTGCGCGTGCCCGTGCGCACCCGCCCCCCGC 540 Query 16486 GCAACTAGATTGCAATAAAAAACTACTTAGACTCGTACTGTTGTATGTATCCAGCGGCGG 16545 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 GCAACTAGATTGCAAGAAAAAACTACTTAGACTCGTACTGTTGTATGTATCCAGCGGCGG 600 Query 16546 CGGCGCGCATCGAAGCTATGTCCAAGCGCAAAATCAAAGAAGAGATGCTCCAGGTCATCG 16605 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 CGGCGCGCAACGAAGCTATGTCCAAGCGCAAAATCAAAGAAGAGATGCTCCAGGTCATCG 660 Query 16606 CGCCGGAGATCTATGGCCCCCCGAAGAAGGAAGAGCAGGATTACAAGCCCCGAAAGCTAA 16665 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 CGCCGGAGATCTATGGCCCCCCGAAGAAGGAAGAGCAGGATTACAAGCCCCGAAAGCTAA 720 Query 16666 AGCGGGTCAAAAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTGACGACGAGGTGGAACTGT 16725 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 721 AGCGGGTCAAAAAGAAAAAGAAAGATGATGATGATGAACTTGACGACGAGGTGGAACTGC 780 Query 16726 TGCACGCGACCGCGCCCAGGCGGCGGGTACAGTGGAAAGGTCGACGCGTAAGACGTGTTT 16785 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 TGCACGCAACCGCGCCCAGGCGGCGGGTACAGTGGAAAGGTCGACGCGTAAGACGTGTTT 840 Query 16786 TGCGACCCGGCACCACCGTAGTCTTTACGCCCGGTGAGCGCTCCACCCGCACCTACAAGC 16845 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 TGCGACCCGGCACCACCGTAGTTTTTACGCCCGGTGAGCGCTCCACCCGCACCTACAAGC 900 Query 16846 GCGTGTATGATGAGGTGTACGGCGACGAGGACCTGCTTGAGCAGGCCAACGAGCGCCTCG 16905 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 GCGTGTATGATGAGGTGTACGGCGACGAGGACCTGCTTGAGCAGGCCAACGAGCGCCTCG 960 Query 16906 GGGAGTTTGCCTACGGAAAGCGGCATAAGGACATGCTGGCGTTGCCGCTGGACGAGGG 16963 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 961 GGGAGTTTGCCTACGGAAAGCGGCATAAGGACATGTTGGCGTTGCCGCTGGACGAGGG 1018 Score = 733 bits (812), Expect = 0.0 Identities = 415/421 (99%), Gaps = 0/421 (0%) Strand=Plus/Plus Query 11526 GGTAACCGCGTACGAGCAGACGGTGAACCAGGAGATTAACTTTCAAAAAAGCTTTAACAA 11585 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 6672 GGTTACCGCGTACGAGCAGACGGTGAACCAGGAGATTAACTTTCAAAAAAGCTTTAACAA 6731 Query 11586 CCACGTGCGCACGCTTGTAGCGCGCGAGGAGGTGGCTATAGGACTGATGCATCTGTGGGA 11645 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 6732 CCACGTGCGCACGCTTGTGGCGCGCGAGGAGGTGGCTATAGGACTGATGCATCTGTGGGA 6791 Query 11646 CTTTGTAAGCGCGCTGGAGCAAAACCCAAATAGCAAGCCGCTCATGGCGCAGTTGTTTCT 11705 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || Sbjct 6792 CTTTGTAAGCGCGCTGGAGCAAAACCCAAATAGCAAGCCGCTCATGGCGCAGCTGTTCCT 6851 Query 11706 TATAGTGCAGCACAGCAGGGACAACGAGGCATTCAGGGATGCGCTGTTAAACATAGTAGA 11765 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 6852 TATAGTGCAGCACAGCAGGGACAACGAGGCATTCAGGGATGCGCTGCTAAACATAGTAGA 6911 Query 11766 GCCCGAGGGCCGCTGGCTGCTCGATTTGATAAATATTCTGCAGAGCATAGTGGTGCAGGA 11825 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 6912 GCCCGAGGGCCGCTGGCTGCTCGATTTGATAAACATTCTGCAGAGCATAGTGGTGCAGGA 6971 Query 11826 GCGCAGCTTGAGCCTGGCTGACAAGGTGGCCGCCATTAACTATTCCATGCTCAGTCTGGG 11885 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 6972 GCGCAGCTTGAGCCTGGCTGACAAGGTGGCCGCCATTAACTATTCCATGCTCAGTCTGGG 7031 Query 11886 CAAGTTTTACGCCCGCAAGATATACCATACCCCTTACGTTCCCATAGACAAGGAGGTAAA 11945 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 7032 CAAGTTTTACGCCCGCAAGATATACCATACCCCTTACGTTCCCATAGACAAGGAGGTAAA 7091 Query 11946 G 11946 | Sbjct 7092 G 7092 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 115075711346454