Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Pimephales_20promelas_20[genbank_20GCA_5F000700825.1_202014-06-10] 73,057 sequences; 1,219,326,373 total letters Query= NC_001993.1 Length=236120 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq6096 96.9 5e-15 >seq6096 Length=28684 Score = 96.9 bits (106), Expect = 5e-15 Identities = 701/1078 (65%), Gaps = 133/1078 (12%) Strand=Plus/Plus Query 8459 ATATTTAA-TATTTGTAAAATATGCAA-ATTTTCTAAGAATTTACAATCTAAAATAGTAC 8516 |||||||| |||| |||||||| || ||||| |||| ||| | ||||| | Sbjct 22734 ATATTTAAATATTAAAAAAATATGTAATATTTT-------TTTA-AATATTAAATATTTT 22785 Query 8517 ATGATTCACA---ATTTAATTCTATT--AATGTTGATGGTAAATTAC-ATTTAGAAA-TA 8569 | ||| | | ||||||| |||| ||| || | || ||| ||||| ||| || Sbjct 22786 AATATTTAAATATATTTAATAATATTTTAATATTATTAATATTTTAATATTTAAAAAATA 22845 Query 8570 TTTTAAAAATAGTTACAAGaaatatctaaattttttaaattaactagtgattctaaaaaa 8629 |||||| || ||| || | || | ||| |||||| | | || | ||| ||| | Sbjct 22846 TTTTAA---TATTTA-AATATATTTAATAATATTTTAATATTATTAAT-ATTTTAATATT 22900 Query 8630 ttaaaatt--tttaattCTTGCCAATGAACATTTTAAACTATTT-AATGATAATGGTAAT 8686 | |||| | |||||| || ||| | |||| | | ||||| ||| || | || | Sbjct 22901 TAAAAAATATTTTAATATTTA--AAT--ATATTTAATAATATTTTAATATTATTAATATT 22956 Query 8687 TTAC-ATTTAGAAA-TATTTGAATTTCTATTATTAGATATATCTAATATTTCTAAATTNN 8744 ||| ||||| ||| ||||| ||| | || | || || || |||||||| | ||| Sbjct 22957 TTAATATTTAAAAAATATTTTAATATTTA--AATATATTTAA-TAATATTTTAATATTAT 23013 Query 8745 NNNNNTCTTCTAAAAATTTAAAATCTAT---AATATTACAATATTGACAATAAAATTCAA 8801 | || || |||||||| ||| |||||| ||||| ||||| ||| Sbjct 23014 TAATATTTT---AATATTTAAAAAATATTTTAATATTTAAATATATTTAATAATATT--- 23067 Query 8802 TTAATGATAATGGTAATTTAC-ATTTAGAAA-TGTTTGAATCTCTATTTTCGGATATGTG 8859 ||||| || | || |||| ||||| ||| | ||| ||| | || | |||| | Sbjct 23068 TTAATATTATTAATATTTTAATATTTAAAAAATATTTTAATATTTAAAT----ATATTTA 23123 Query 8860 -TAATATTTTAAGATTAATTAATGATTCCAAAAATGTAAAAT-TTTTAATATTACAAGAA 8917 ||||||||||| |||| ||||| || | | | ||||| |||||||||| || Sbjct 23124 ATAATATTTTAATATTA-TTAATATTTTAATATTTAAAAAATATTTTAATATTT----AA 23178 Query 8918 ATACATTTTA-ATTCTATTAATGATATTAGTAATGTACA--TTCATATATATTTGAATTT 8974 ||| |||| | | | | ||||| ||||| || | || || | | |||||| ||| | Sbjct 23179 ATATATTTAATAATATTTTAATATTATTAATATTTTAATATTTAAAAAATATTTTAATAT 23238 Query 8975 TTATTACCAGATACATCTAATATTTTAATATTAATTAATGGTTCTAAAAATTTAAAATCT 9034 ||| | | || | ||||||||||||||| |||||| | | || |||||||| Sbjct 23239 TTA--AATATATTTAA-TAATATTTTAATATT-ATTAAT--ATTTTAATATTTAAAA--- 23289 Query 9035 ATAATATCACAATCTTTACAGTAAAATCCATTTATTGATATTGGCAATTTACATTCAGAT 9094 ||||| ||| ||| |||| ||||| | ||||| || | ||| | Sbjct 23290 --AATATTTTAATATTT------AAATATATTTAATAATATT-----TTAATATT-ATTA 23335 Query 9095 ATATTTGAATATGTATTATATGATATATCTAATAATTGTAGATTAGGtaaattttctaaa 9154 |||||| ||||| ||| | |||| | ||||| ||| || |||| ||| Sbjct 23336 ATATTTTAATAT---TTAAAAAATAT-TTTAATA-------TTTAAATATATTTAATAAT 23384 Query 9155 aatttaaaatctataatattacatttttcacaa-----tttaaattttttatatattCGG 9209 | ||||| || ||||||| | | || | || ||||| ||| |||||| Sbjct 23385 ATTTTAATATTATTAATATTTTAATATTTAAAAAATATTTTAATATTTAAATATAT---- 23440 Query 9210 GTTTATA--ATGTGAAAAATAGTTATATTGTATTGGTATATTTAATTGATAATTATAATA 9267 || ||| || | || | || | ||||| || |||||||| || ||| ||||| Sbjct 23441 -TTAATAATATTTTAATATTATTAATATTTTA-----ATATTTAAAAAAT-ATTTTAATA 23493 Query 9268 TTGAA--ATATTTAACATGTTTTTGCTAATTTATGCTTATTCTCATTATCT---AAATAT 9322 || || |||||||| | |||| || |||| |||| | | ||| | |||||| Sbjct 23494 TTTAAATATATTTAATAATATTTTAATA--TTATTAATATT-TTAATATTTAAAAAATAT 23550 Query 9323 GTTAATATATCCTCATA-ACaat-ataaattaatattattcattttttattattaatgta 9380 ||||||| | ||| ||| ||| ||||||||||| || ||||| |||| | | Sbjct 23551 TTTAATATTTAAATATATTTAATAATATTTTAATATTATTAATATTTTAATATT--TAAA 23608 Query 9381 aaata-tgtaaaatttcaaaaaatattgtatttata-tataatggttttaaaaaattaaa 9438 ||||| | ||| |||| ||| ||||| || | ||| | |||| | |||| | |||| Sbjct 23609 AAATATTTTAATATTT--AAATATATT-TAATAATATTTTAATATTATTAATATTTTAAT 23665 Query 9439 gtctataatattacatttaggatttttaaatatatctatatttgatttttattttttC 9496 | || || || |||| || ||||||||||| ||||| | || ||| ||||||| Sbjct 23666 ATTTAAAAAAT---ATTT-TAATATTTAAATATATATATATAT-ATATTTTTTTTTTC 23718 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 754766108137600