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BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Homo_20sapiens_20[refseq_20GCF_5F000001405.37_202017-06-14] 578 sequences; 3,253,848,404 total letters Query= NC_001993.1 Length=236120 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq16 95.1 2e-14 seq14 95.1 2e-14 >seq16 Length=190214555 Score = 95.1 bits (104), Expect = 2e-14 Identities = 639/980 (65%), Gaps = 120/980 (12%) Strand=Plus/Minus Query 228193 attaaattaaatattag-taat-tgtaatataataaatgctagttctttaaaaaatttaa 228250 || |||||| | ||||| |||| | |||||||| ||| || | ||| | ||| || Sbjct 109753791 ATAAAATTATACATTAGATAATATATAATATAA--AATTATA---CATTAGATAATATA- 109753738 Query 228251 ttaatttaaaagaattggatatatctaacaattataatataaatatttCATCATTACCaa 228310 |||| ||||| || ||||| || | ||||||||||| ||| | ||||| | Sbjct 109753737 -TAATATAAAATTATACATTATAT--AATA--TATAATATAAA-ATTATA-CATTATATA 109753685 Query 228311 aaacatta-attaaattaaatattagttcatgtaatataaaaaatacta-attttataat 228368 | | || | || |||||| | |||| | || || ||| ||||| || || ||||||| Sbjct 109753684 ATATATAATATAAAATTATACATTATATAATATATAATATAAAATTATACATATTATAAT 109753625 Query 228369 taatttagataatttGAAAGA---ATTAGATATATCTAGAAATTTTAATATAAATATTTC 228425 ||| || |||| ||| | |||| | |||| || || || |||||||| | Sbjct 109753624 AAATATA--TAAT---AAATATATATTATAAATATTTAT---TTATATAATAAATATAT- 109753574 Query 228426 ATCATTACCAAAATCATTAATCAAATTAA-ATATTAGGACATGTTATATAAAAAATACTA 228484 || || | | | | ||| || ||| || |||||| | || || ||| | ||||| | Sbjct 109753573 ATTATAA--ATATTTATTTATATAATAAATATATTATAA-ATATT-TATTATAAATATTT 109753518 Query 228485 ATTT-TATAATTAATTTAG-ATAA---TTTGAAAGAATTAGATATATCTAGAAATTTTAA 228539 |||| |||||| ||| || |||| ||| | || || ||| || |||| | | Sbjct 109753517 ATTTATATAATAAATATATTATAAATATTTATTATAAATATTTATTAATATAAATATATA 109753458 Query 228540 TATAAATATTTCATCATTACCAAAATCATTGATTACATTAAATATTAATTCATGTTATAT 228599 ||||||||||| |||| || || |||| |||||||| ||| ||||| Sbjct 109753457 TATAAATATTT----ATTATATAATAAATATATTA---TAAATATTTATT-----TATAT 109753410 Query 228600 AAAACACACTAATTTTATAAATGATTTATATAATTTGAAGGAATTGGATATATCTAGAAA 228659 || | | | || |||||||| ||||||||||| | ||| | |||| || | Sbjct 109753409 AATAAATAT--ATATTATAAAT-ATTTATATAATAAATATATATTATAAATATTTATTA- 109753354 Query 228660 TTATAATATAAATATTTCATCATTACCAAAATCATTAATCAA-ATTAAATATTAGTGATT 228718 ||||||| | |||| | || | || | || || ||| | |||| | || | | ||| Sbjct 109753353 -TATAATAAATATATATTATAAATATTTATATAATAAATATATATTATAAAT-ATTTATT 109753296 Query 228719 GCGATATTAAAAATACTAATTTTATAAATGATT--TAGATAATTTGAAAGA---ATTAGA 228773 |||| | ||||| || |||||||| || || ||||| ||| | |||| | Sbjct 109753295 ---ATATAATAAATAT--ATATTATAAATATTTATTATATAAT---AAATATATATTATA 109753244 Query 228774 TATATCTAACAATTATAATATAAATATTTCATCATTACCAAAAACATTGACTACATTAAA 228833 |||| || ||||| ||||||||| | || ||| || | || |||| Sbjct 109753243 AATATTTAT---TTATATTATAAATATATTAT---------AAATATATATTA---TAAA 109753199 Query 228834 TATTAGTTCATGTAATATAAA------AAATACtaattt-tataattaatttagataatt 228886 |||| || || ||||| | | ||||| | |||| |||||| ||| || || || Sbjct 109753198 TATTTATTTATATAATAAATATATTATAAATATTTATTTATATAATAAATATATATTAT- 109753140 Query 228887 tgaaagaattagatatatctaaaaattttaatataaatatttCATCATTACCAAAATCAT 228946 ||| | ||| ||||| ||| | || ||||||||||| | || |||| || Sbjct 109753139 --AAATATTTATTTATATAATAAATATATATTATAAATATTTGTTTATATAATAAAT-AT 109753083 Query 228947 TGATTACATTAAATATTAATTCATGTTATATAAACC-ATACTAATTTTATAAATGATTTA 229005 |||| |||||||| ||| || ||||||| ||| ||| | |||| | || | Sbjct 109753082 ATATTA---TAAATATTTATTTAT---ATATAAATATATAATAAATATATA--TTATAAA 109753031 Query 229006 TATAATTTGAAAGAATTAGATATATCTAACAATTATAATATAAATATTTCATCAT-TACC 229064 ||| || | | ||| | |||||| | | |||| ||||||||||| |||| || Sbjct 109753030 TATTTATTTATATAATAA-ATATATAATAAATATATATTATAAATATTTATTCATATAAT 109752972 Query 229065 AAATACAT--TAA--TTGAAT--TAAATATTAGTTCGTGttatataaaaaatactaattt 229118 ||||| || ||| || || |||||||| | |||||||| ||||| ||| Sbjct 109752971 AAATATATAATAAATATGTATTATAAATATTTAT-----TTATATAATAAATATATATTA 109752917 Query 229119 tata-attaatttagataat 229137 || | ||| ||||| ||||| Sbjct 109752916 TAAATATTTATTTATATAAT 109752897 >seq14 Length=198295559 Score = 95.1 bits (104), Expect = 2e-14 Identities = 507/774 (66%), Gaps = 56/774 (7%) Strand=Plus/Plus Query 228242 aaaatttaattaatttaaaagaattggatatatctaacaattataatataaatatttCAT 228301 ||||| ||| |||| |||| ||| |||||| ||| | ||||||||||||| | || Sbjct 35563937 AAAATATAAATAATATAAATATATTATATATATTTAATATAAATAATATAAATATAT-AT 35563995 Query 228302 CATTACCaaaaacatta--attaaattaaatattagttcatgta-atataaaaaatacta 228358 ||| | ||| | || | || |||| |||| | || || || |||| ||| ||| || Sbjct 35563996 ATTTAATATAAATAATATAAATATATTATATAT-ATTTAATATATATATTAAATATATTA 35564054 Query 228359 attttataattaatttagataatttGAAAGAATTAGATATATCTAGAAATTTTAATATAA 228418 | |||| ||||| || ||||| | || |||| |||||| || | | ||||||| Sbjct 35564055 --TATATATTTAATATATATAATATAAATATATTATATATATTTAATATATAGAATATAA 35564112 Query 228419 ATATTTCATCATTACCAAAATCATTA-ATCAAAT-TAA--ATATTA-GGACATGTTATAT 228473 |||| | || || | | | | || || ||| ||| |||||| | || | |||| Sbjct 35564113 ATATATTAT-AT----ATATTTAATATATAGAATATAAATATATTATATATATTTAATAT 35564167 Query 228474 AAAAAATACTAAT------TTTATAATTAATTTAGATAATTTGAAAGAATTAGATATATC 228527 ||| |||| ||| | |||| ||||| || | ||| | || |||| |||||| Sbjct 35564168 AAAGAATATAAATATATTATATATATTTAATATAAAGAATATAAATATATTATATATATT 35564227 Query 228528 TAGAAATTTTAATATAAATATTTCAT---CATT--ACCAAAATCAT-TGATTACATTAAA 228581 || | ||||||||||| | || ||| | ||| || | | || |||| | Sbjct 35564228 TAATATAAAGAATATAAATATATTATATATATTTAATATAAAGAATATAAATATATTATA 35564287 Query 228582 TATTAATTCATGTTATATAAAACACACTAATTTTATAAATGATTTATAT----AATTTGA 228637 ||| ||| | |||||| || | | || ||||| || || |||| ||| | | Sbjct 35564288 TAT--ATT--TAATATATAGAATATAAATATATTATATATATTTAATATAAAGAATATAA 35564343 Query 228638 AGGAATTGGATATATCTAGAAATTATAATATAAATATTTCAT---CATT--ACCAAAATC 228692 | ||| |||||| || | | ||||||||||| | || ||| | ||| Sbjct 35564344 ATATATTATATATATTTAATATAAAGAATATAAATATATTATATATATTTAATATAAAGA 35564403 Query 228693 AT-TAATCAAATTAAATATTAGTGATTGCGATATTAAAAATACTAAT-TTTATAAATGAT 228750 || ||| | |||| |||| | || ||| || ||||| || | |||||| | || Sbjct 35564404 ATATAAATATATTATATATATTTAATATATATAATATAAATA-TATTATTTATATTTAAT 35564462 Query 228751 TTAGATAATTTGAAAGAATTAGATATATCTAACAATTATAATATAAATATTTCATCATTA 228810 || ||||| | || |||| |||||| ||| | ||||||||||||| | || || Sbjct 35564463 ATATATAATATAAATATATTATATATATTTAATATAAATAATATAAATATATTATATATA 35564522 Query 228811 CCAAAAACATTGACTACATTAAATATTA-GTTCATGTAATATAAAAAATACtaattttat 228869 || | | | || | | |||||| | || ||||||||| |||| ||| | ||| Sbjct 35564523 TTTAATATAAATAATATA-AATATATTATATATATTTAATATAAATAATA-TAAATATAT 35564580 Query 228870 aattaatttagataatttgaaagaattagatatatctaaaaattttaatataaatatttC 228929 | ||||| || ||||| | ||| | || || || |||| | | ||| ||| |||||| Sbjct 35564581 ATTTAATATAAATAATAT-AAATATATATTTA-ATATAAATAATATAA-ATATATATTTA 35564637 Query 228930 ATCATTACCAAAAT-CATTGAT--TACATTAAATATTAATTCATGTTATATAAA 228980 || || | || || || || || ||| ||||| ||| || ||||||||| Sbjct 35564638 AT-ATAAATAATATAAATATATTATATATTTAATATAAATATAT-TTATATAAA 35564689 Score = 87.8 bits (96), Expect = 3e-12 Identities = 227/328 (69%), Gaps = 26/328 (8%) Strand=Plus/Plus Query 190409 atataataaata-tatattat-taggtttcttattatatgttatattttttataaataat 190466 |||| ||||||| ||||| || || ||| |||||||| |||||| ||||||| | || Sbjct 96620288 ATATTATAAATAATATATAATATATATTTTATATTATATATTATATATTTTATATAATAT 96620347 Query 190467 ataccacttttattatgatcattttttggtatatttaaatctaatatttttaatggatta 190526 ||| |||||| ||||| ||||| | ||| |||| || |||||| | | || | | Sbjct 96620348 ATA----TTTTAT-ATGAT-ATTTTATA-TAT-TTTATATATAATATATATTATATAATT 96620399 Query 190527 aataattgtaattttatattattaaaatctg--tattaaaattatattCACTATATG-TA 190583 | ||| | |||| | |||| ||| || | ||| ||||||||| | ||||| || Sbjct 96620400 A-TAAATATAATATAATATGTATAATATATAATTATATAAATTATAT--AATATATAATA 96620456 Query 190584 CTTTTTAAATAATTAATCCATAAATTA--TGATTTTCATCTAATTCAT----TACTATTT 190637 | ||||||||||||| ||| |||| | |||| || |||| || || | | | Sbjct 96620457 TATATTAAATAATTAATTAATATATTAATTAATTTATATATAATATATAATATATTTTAT 96620516 Query 190638 AAAAATAATTTAGTATA-atattctctatataacacctctatatgatttatatattttga 190696 | | ||||| || ||| || || | ||||||| | | |||| ||||||||| | | Sbjct 96620517 ATATATAATATATAATATATTTTATATATATAATATAT-AATATATTTTATATATAT--A 96620573 Query 190697 aagttcattattataaatatatattata 190724 | | | ||| || ||||||| |||| Sbjct 96620574 ATATATAATATATTATATATATAATATA 96620601 Score = 86.0 bits (94), Expect = 9e-12 Identities = 482/747 (65%), Gaps = 55/747 (7%) Strand=Plus/Plus Query 228435 AAAATCATTAATCAAATTAA-ATATTAGG-ACATGTTATATAAAAAATACTAATTT-TAT 228491 ||||| || ||| | || || |||||| | || | ||||||| |||| ||| | ||| Sbjct 35563937 AAAAT-ATAAATAATATAAATATATTATATATATTTAATATAAATAATATAAATATATAT 35563995 Query 228492 AATTAATTTAGATAATTTGAAAGAATTAGATATATCTAGAAATTTTAATATAAATATTTC 228551 | ||||| || ||||| | || |||| |||||| || | | || || | ||||| Sbjct 35563996 ATTTAATATAAATAATATAAATATATTATATATATTTAATATATATATTAAATATATTAT 35564055 Query 228552 ATCA--TTACCAAA-ATCAT-TGATTACATTAAATATTAATTCATGTTATATAAAACACA 228607 || ||| | | || || | | || |||| |||| ||| | |||| || | | | Sbjct 35564056 ATATATTTAATATATATAATATAAATATATTATATAT--ATTTAATATATAGAATATAAA 35564113 Query 228608 CTAATTTTATAAATG--ATTTATATAATTTGAAGGAATTGGATATATCTAGAAATTATAA 228665 ||| |||| || || |||| ||| | || ||| |||||| || | | || Sbjct 35564114 TATATTATATATATTTAATATATAGAATATAAATATATTATATATATTTAATATAAAGAA 35564173 Query 228666 TATAAATATTTCATCATTACCAAA-ATCATTAATCAAATTAAATATTAGTGATTGCGATA 228724 ||||||||| | || || || || | ||| || || || || ||| ||| Sbjct 35564174 TATAAATATATTATATATATTTAATATAAAGAATATAAATATATTATATATATTTA-ATA 35564232 Query 228725 TTAAAAATACTAATTT------TATAAATGATTTAGATAATTTGAAAGAATTAGATATAT 228778 | || |||| ||| | |||| | || || | ||| | || |||| |||||| Sbjct 35564233 TAAAGAATATAAATATATTATATATATTTAATATAAAGAATATAAATATATTATATATAT 35564292 Query 228779 CTAACAATTATAATATAAATATTTCATCATTACCAAAAACATTGACTACATTAAATATTA 228838 ||| | || ||||||||||| | || || || | | || || | | |||||| Sbjct 35564293 TTAATATATAGAATATAAATATATTATATATATTTAATATAAAGAATATAA-ATATATTA 35564351 Query 228839 GTTC-ATGTAATATAAAAAATACtaattt------tataattaatttagataatttgaaa 228891 | || ||||||||| |||| ||| | |||| ||||| || | ||| | || Sbjct 35564352 TATATATTTAATATAAAGAATATAAATATATTATATATATTTAATATAAAGAATATAAAT 35564411 Query 228892 gaattagatatatctaaaaattttaatataaatat----ttCATCATTACCAAA-ATCAT 228946 |||| |||||| ||| | | |||||||||||| || || ||| | | || || Sbjct 35564412 ATATTATATATATTTAATATATATAATATAAATATATTATTTATATTTAATATATATAAT 35564471 Query 228947 -TGATTACATTAAATAT---TAATTCATGTTATATAAACCATACTAATTTTATAAATGAT 229002 | | || |||| |||| |||| | | ||||||| ||| || | |||| | || Sbjct 35564472 ATAAATATATTATATATATTTAATATAAATAATATAAAT-ATATTA--TATATATTTAAT 35564528 Query 229003 TTATATAATTTGAAAGAATTAGATATATCTAACAATTATAATATAAATATTTCATCATTA 229062 || ||||| | || |||| |||||| ||| | ||||||||||||| || ||| Sbjct 35564529 ATAAATAATATAAATATATTATATATATTTAATATAAATAATATAAATAT---ATATTTA 35564585 Query 229063 CCAAATACATTAATTGAATTAAATATTAGTTCGTGttatataaaaaatactaattttata 229122 | ||| | |||| || || ||||| | ||||||| |||| ||| | |||| Sbjct 35564586 --ATATA-AATAATATAAATATATATT--------TAATATAAATAATA-TAAATATATA 35564633 Query 229123 attaatttagataatttgaaaaaatta 229149 ||||| || ||||| | || | |||| Sbjct 35564634 TTTAATATAAATAATATAAATATATTA 35564660 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 755450541830400