Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Nomascus_20leucogenys_20[refseq_20GCF_5F000146795.2_202012-12-08] 17,484 sequences; 2,962,060,179 total letters Query= NC_023426.1 Length=245717 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq565 91.5 2e-13 seq1 87.8 3e-12 seq406 86.0 1e-11 seq334 84.2 3e-11 >seq565 Length=117381234 Score = 91.5 bits (100), Expect = 2e-13 Identities = 195/277 (70%), Gaps = 31/277 (11%) Strand=Plus/Minus Query 158420 tatattgataatataaatcataatatatgcgaattaattgtat--atgatataatCAAAA 158477 |||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||| || ||||||| | | Sbjct 38363821 TATATTGATAATATAAAT----ATATAT---AATATATTATATTGATAATATAAT--ATA 38363771 Query 158478 CAATTTCTgataatataataatttattt-taatatagatacgcccataaaattagataat 158536 || | ||||||||||||| |||| | | |||| |||| ||||| || ||||| Sbjct 38363770 TTATAT-TGATAATATAATATATTATATATTATATTGATAAT---ATAAATATATATAAT 38363715 Query 158537 gaatta-attgataataagaatat-tctatatattaaatttgataatacaatta-ataat 158593 |||| |||||||||| ||||| | | ||||||| ||| ||||||| || || ||| | Sbjct 38363714 ATATTATATTGATAATATAAATATATATTTATATTATATT-GATAATATAAATATATATT 38363656 Query 158594 gat-ttaaataaaacatttgaat---tatttaaattatGTTCTTATTTTTACTATAAAAA 158649 || ||| || | || | ||| |||||| ||||| ||| || |||||| Sbjct 38363655 TATATTATATTGATAATATAAATGTATATTTATATTAT------ATTGATAATATAAATG 38363602 Query 158650 TCCTCATATATTTTATTAATAT-AATCGAAATTATAT 158685 | |||||| ||||||||| ||| | ||||||| Sbjct 38363601 TATATTTATATTATATTAATATAAATATATATTATAT 38363565 >seq1 Length=122973662 Score = 87.8 bits (96), Expect = 3e-12 Identities = 294/431 (68%), Gaps = 49/431 (11%) Strand=Plus/Plus Query 107153 ATATATAAATATCTGAATAAAGTATTTCCT-TATTATTATTCA-ATACTATTTTTAATTT 107210 |||||||||||| | |||| | ||||| | ||| | |||| | ||| |||| | |||| Sbjct 12858832 ATATATAAATATATAAATATA-TATTTAATATATAAATATTTATATA-TATTATATATTT 12858889 Query 107211 ---GGGATTATAACTAGTtatatcatataattgtatatcatatttttcaacattaataat 107267 |||||| || |||||| |||| | | ||||| |||| ||| | ||| ||||| Sbjct 12858890 ATATATATTATA--TATTTATAT-ATATTA-TATATATTATATATTTATATATTTATAAT 12858945 Query 107268 gt----tatgtctatatattgatatatgta-aatttttatcta-atattagtatttcatt 107321 | ||| | |||||||| ||| || || ||| | ||| || |||||| ||| | || Sbjct 12858946 ATAATATATATTTATATATTTATAAATATATAATATATATTTATATATTA-TATAT--TT 12859002 Query 107322 ataattaaatatatttttgtataatattggctgtaatttattaaatat---taaattat- 107377 ||||| ||||||| ||| |||| | | |||| || || |||| || ||||| Sbjct 12859003 ATAATATAATATATATTTATATATT------TATAATATAATATATATTTATATATTATA 12859056 Query 107378 catctatttCTAAGGTATCATCTTTGatataataaattatataaagtattaattcatttc 107437 || ||||| | | ||| || | | | || ||| | |||||||| ||| ||| || | Sbjct 12859057 TATATATTTAT-ATATATAATATGT-AAAT-ATATAATATATAAAATATAAAT--ATATA 12859111 Query 107438 tcat-tcgaatat-tatta-ataatat-ttaaatatatagattctggcatataatcttta 107493 || | ||||| || || ||||||| | ||||||||| | | |||||| | || Sbjct 12859112 ATATATAAAATATATAATATATAATATATAAAATATATAATATATAATATATAAAATATA 12859171 Query 107494 tgtgataatatacatctaatatatgatataGATGGATTTTCATTTAGAAATTTATTTATT 107553 | | |||| |||| | ||||||| || || ||| || | || ||| |||| Sbjct 12859172 TATTATAAAATACTCCAAATATATTATGTA-------TTTTATACATAA---TATATATT 12859221 Query 107554 TTATAATATAT 107564 |||||||||| Sbjct 12859222 ATATAATATAT 12859232 >seq406 Length=121039945 Score = 86.0 bits (94), Expect = 1e-11 Identities = 248/361 (69%), Gaps = 53/361 (15%) Strand=Plus/Plus Query 107227 atatcatataattgtatatcatatttttcaacatta-ataatgttatgtc-tatatattg 107284 |||| ||||||| ||||| |||||| | |||| ||||| | || | |||||||| Sbjct 20752623 ATATAATATAATATTATATTATATTTAT----ATTATATAATATAATATAATATATATT- 20752677 Query 107285 atatatgtaaatttttatcta--atattagtatttcattataattaaatatatttttgta 107342 |||||| ||| | ||| | |||||| ||||| ||| || |||||| | | || Sbjct 20752678 ATATATATAATATAATATAAATTATATTA-TATTTA--TATTATATAATATAATATATTA 20752734 Query 107343 taatattggctgtaatttattaaatattaaattatcatctat-ttCTAAGGTATCATCTT 107401 |||||| | | |||| |||| |||||| ||||| || ||| || ||| ||| || Sbjct 20752735 TAATATAAG-TATAAT--ATTATATATTATATTAT-ATTTATATTATAATATATAAT--- 20752787 Query 107402 TGatataataaattatataaagtattaattcatttctcattcgaatat-tattaataata 107460 |||||||| || |||||| ||||| |||| | ||| ||||| ||||| ||| Sbjct 20752788 --ATATAATATATAATATAATATATTAT---ATTTAT-ATTATAATATATATTAT--ATA 20752839 Query 107461 tttaaatat-atagattctggcatataatctttatgtgataatatacatctaatatatga 107519 |||| |||| ||| ||| ||||| | |||||||| || | |||||| | Sbjct 20752840 TTTATATATTATATATT-----ATATATT---------ATAATATAAATATTATATATTA 20752885 Query 107520 tataGATGGATTTTCATTTAGAAATT-TATTT-AT-TTTATAATATATTGAATAATCTAT 107576 |||| || | | | | ||| ||||| || |||||||||||||| ||| | ||| Sbjct 20752886 TATA------TTATATATAATATATTATATTTTATATTTATAATATATTGTATATTATAT 20752939 Query 107577 A 107577 | Sbjct 20752940 A 20752940 >seq334 Length=143122389 Score = 84.2 bits (92), Expect = 3e-11 Identities = 249/360 (69%), Gaps = 52/360 (14%) Strand=Plus/Plus Query 107226 tatatcatata---attgtatatcatatttttca-acatta---ataatgttatgtctat 107278 ||||| ||||| ||| ||||| |||||| | | | |||| ||||| || | ||| Sbjct 48467934 TATATAATATATTTATTATATATTATATTTATTATATATTATATATAATATTTATTATAT 48467993 Query 107279 atattgatatatgtaaatttttatctaatattagtatttcattata-attaaatatattt 107337 ||| |||||| ||| ||||| |||||| ||||| |||||| |||| ||||| | Sbjct 48467994 ATA---ATATAT---AATATTTATTACATATTA-TATTT-ATTATATATTATATATAATA 48468045 Query 107338 t--tgtat--aatat-tggctgtaatttattaaatattaaatt-atcatctatt---tCT 107388 | ||||| | ||| | ||| || ||| | |||||| ||| || || |||| | | Sbjct 48468046 TATTGTATTTATTATATATATGTCATATATAATATATTATATTTATAATATATTATATAT 48468105 Query 107389 AAGGTATCATCTTTGatataataaattatataaagtattaattcatttctcattcgaata 107448 || ||| || ||| |||||| |||||||| | ||| | | |||| | || ||| Sbjct 48468106 AATATATTATATTT---ATAATATATTATATATAATAT-ATTATATTTATAAT----ATA 48468157 Query 107449 ttat-taata-atatttaaatatatagattctggcatataatctttatgtgataatatac 107506 |||| | ||| ||||||| ||||||| || |||| | | ||| | |||||||| Sbjct 48468158 TTATATTATATATATTTATATATATA--TT------TATATT-TATATTT-ATAATATA- 48468206 Query 107507 atctaatatatgatataGATGGATTTTCATTTAGAAATT-TATTTATTTTATAATATATT 107565 | |||||| ||||| | ||| | | | | ||| |||||||| ||||||||||| Sbjct 48468207 ---TTATATATAATATATTT--ATTATATATAATATATTATATTTATTATATAATATATT 48468261 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 785994583333280