Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Pan_20troglodytes_20[refseq_20GCF_5F000001515.7_202016-05-03] 44,449 sequences; 3,231,170,666 total letters Query= NC_001993.1 Length=236120 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq1584 104 4e-17 seq1345 96.9 5e-15 seq43700 91.5 2e-13 seq30110 91.5 2e-13 seq1332 89.7 8e-13 seq1481 87.8 3e-12 >seq1584 Length=114021 Score = 104 bits (114), Expect = 4e-17 Identities = 671/1012 (66%), Gaps = 130/1012 (13%) Strand=Plus/Plus Query 228193 attaaatta-aatattag-taattgta--atataataa---atgctagttctttaaaaa- 228244 |||| |||| ||||||| ||||| || ||||||| | ||| || || | || || Sbjct 65251 ATTATATTATAATATTATATAATTATATAATATAATTATATATG-TAATTATATATAATT 65309 Query 228245 --atttaatta-atttaaaagaattggatatatcta-acaattataatataa--atattt 228298 || |||||| || ||| ||| ||| | || | ||||||| ||||| ||||| Sbjct 65310 ATATATAATTATATATAATTATATTATATAATTATATATAATTATA-TATAATTATATTA 65368 Query 228299 CATCATTACCaaaaacattaatta-aattaaatat-tagttcatgtaatataaaaaata- 228355 || |||| | |||| || ||||| |||| || || || |||||||| | ||| Sbjct 65369 TATAATTATATATGTAATTATATATAATTACATATATAATT-ATATAATATAATATATAT 65427 Query 228356 --ctaatt--ttataattaatttagataatttGAAAGAATTAGATATATC--TAGAAATT 228409 |||||| ||||||||| | | ||||| | | ||||| |||||| || | ||| Sbjct 65428 TGCTAATTAATTATAATTATATATGCTAATTATATA-AATTACATATATAATTATATATT 65486 Query 228410 TTAATATAAATAT-----TTCATCATTACCAAAATCATTA---ATCAAATTAAATAT-TA 228460 ||||||| |||| | || ||||| | || |||| || ||||| |||| || Sbjct 65487 ATAATATATATATAATTATATATAATTACATATATAATTATATATATAATTATATATATA 65546 Query 228461 GGACATGTTATATAA----AAAATACTAATTTTATAATTAATTTAGATAATTTGAAAGAA 228516 || ||| ||| | |||| ||||| ||||||||||| ||| ||| || | Sbjct 65547 ATTGATAATATGTAATTATATAATA-TAATTATATAATTAATT---ATAGTTTATAATTA 65602 Query 228517 T-TAGATATATCTAGAAATTTTAATATAAATATTTCATCATTACCAAAATCATTGATTAC 228575 | || ||||| || | ||| |||| | |||| | || || | ||| || |||| Sbjct 65603 TATATATATAATTACATATTATAAT-TTTATATATAATTATATATATAATTAT--ATTAT 65659 Query 228576 ATTAAATATTAATTCATGTTATATAAAACACACTAATTTTATAAATGAT-TTATATAATT 228634 ||| |||| ||| || | ||||||| |||||| ||||| || ||||||||| Sbjct 65660 ATT--ATATAAAT--ATAAT-TATAAAA-----TAATTT--TAAATTATCATATATAATT 65707 Query 228635 --TGAAGGAATTGGATATATCTAGAAATTATAATATAA--ATATTTCATCATTACCAAAA 228690 | |||| |||||| ||||||| ||| ||||| | || | || Sbjct 65708 ACATATATAATTATATATAT-----AATTATATATTAATTATATTATTTTATATATATAA 65762 Query 228691 TCATTAAT-CAAATTAAATATTAGTGATTGCGATATTAAAAATA----CTAATT---TTA 228742 | |||||| |||||| |||||| | || ||| || ||||| ||||| ||| Sbjct 65763 TTATTAATATAAATTATATATTAATTAT----ATAATATAAATATAATATAATTATATTA 65818 Query 228743 TAAATGATTTAGATAATTTGA--AAGAATTAGATA---TATCTAA-CAATTATAATATAA 228796 || || ||| | |||| | | | ||||| ||| ||| ||| || |||||||||| Sbjct 65819 TATAT-ATTAATATAAATATAATATTAATTATATATATTATATAATAAAATATAATATAA 65877 Query 228797 ATATT-TCATCATTACCAAAAACATTGACTACATTA----AATATTA-GTTCATGTAATA 228850 |||| | || |||| | || ||| | || |||| |||||| | || ||||| Sbjct 65878 TTATTATTATAATTA--TATAATATTAAATATATTATAATTATATTATAATTATATAATA 65935 Query 228851 TAAAAAATACtaattttataattaatttagataatttgaa-agaattagatatatctaaa 228909 ||| | || ||||| ||| || | ||| ||||| | || | ||||| |||||| | | Sbjct 65936 TAATATATTATAATTATATTAT--AATTATATAATATAAATATAATTA-ATATATTTTAT 65992 Query 228910 aat--tttaatataaatatttCATCATTACCAAAATCATTGATTACATTAAATATTAATT 228967 ||| | |||||||||||| | || || | ||| | | |||| || ||||| || | Sbjct 65993 AATTATATAATATAAATATATTAT-ATAA--TTAATTA-TAATTATAT--AATATAAAAT 66046 Query 228968 CATGTTATATAAACCATACTA-ATTTTATAA-ATGAT---TTATATAATTTGAAAGAATT 229022 || |||||| || ||| || ||| ||||| || || |||||||||| | |||| Sbjct 66047 -ATATTATAT-AATTATATTATATTATATAATATAATATATTATATAATTATATTTAATT 66104 Query 229023 AGATATATCTAACAATTATAATATA---AATATTTCATCATTACCAAATACATTAA--TT 229077 | ||| || ||| |||| |||| ||| || || |||| | ||| | ||| || Sbjct 66105 ATATA-ATATAA----TATATTATACCTAATTTTATATAATTAATATATATAATAATTTT 66159 Query 229078 GAATTAAATATTAGTTCGTGTTATATAAAAAATACTAATTTTATAAT-TAAT 229128 ||||| || || | | | |||||| |||| ||||| |||||| |||| Sbjct 66160 ATATTAATTAATA--TAATATAATATAATTAATA-TAATTGTATAATATAAT 66208 >seq1345 Length=61309027 Score = 96.9 bits (106), Expect = 5e-15 Identities = 659/1015 (65%), Gaps = 141/1015 (14%) Strand=Plus/Minus Query 228193 attaaattaaatattagtaattgtaatataataaatgctagttctttaaaaaatttaat- 228251 |||| | || ||| || | | |||||||||| || || | || || || |||| Sbjct 46761625 ATTATAATATATAATATATAATATAATATAATATATAATATAT---TATAATATATAATA 46761569 Query 228252 --taatttaa-aagaattggatatatctaacaat-tataatataaatatttCATC-ATTA 228306 |||| ||| || ||| ||||| | ||| |||||||||| ||| | || |||| Sbjct 46761568 TATAATATAATAATAATATATTATATTATATAATATATAATATAA-TATATAATATATTA 46761510 Query 228307 CCaaaaacatta-attaaattaaatattagttcatgtaatataaaaaatactaattttat 228365 | | | | || |||| |||| ||| || | || ||||||| | | || |||| | || Sbjct 46761509 TAATATATAATATATTATATTATATAATATATAATATAATATATATATTA-TAATAT-AT 46761452 Query 228366 aattaatttagataatttGAAAGAATTAGATATATCTAGAAATTTTAATATAAATATTTC 228425 ||| || || |||| | | | ||||| ||||| | || | |||||||||| Sbjct 46761451 AATATATGTATATAAAT--ATATAATTATATATA-----ATATATGTATATAAATAT--- 46761402 Query 228426 ATCATTACCAAAATCATTAATCAAATTAAATATTAGGACATGTTATATAAAAAATACTAA 228485 |||| | | |||| || || ||||| | || ||||||||| | || ||| Sbjct 46761401 ---ATTA----ATTTATTAT--AATTTTAATAT----ATAT-TTATATAAATA-TATTAA 46761357 Query 228486 TTTTATAATTA---ATTTAGATAATTTGAAAGAATTAGATATATCTAGAAATTTTAATAT 228542 || |||| || ||||| ||||| || ||||| ||| || || || | ||||| Sbjct 46761356 TTATATACATATATATTTATATAAT----AATAATTATATACATATATTTATATAAATAT 46761301 Query 228543 AAA--TATTTCATC-ATTACCAAAATCATTGATTACA-TTA-AATATTAATTCATGTTAT 228597 | | ||| |||| ||| | || || |||| | ||| ||||||| || || |||| Sbjct 46761300 ATAATTATATCATATATTTATATAAATATATATTATAATTATAATATTATTTTATATTAT 46761241 Query 228598 ATAAAACACACTAATTTTATAAATGAT----TTATATAATTTGAAGGAATTGGATATATC 228653 ||| ||| | || | ||| || || ||||||| | | || ||| |||||| Sbjct 46761240 ATATAACTAATATATATAATATATAATATATTTATATATTATAAA--AATATAATATAT- 46761184 Query 228654 TAGAAAT-TATAATATAAATATTTCATCATTACCAAAATCATTAATCAAATTAAATATTA 228712 |||| |||||||||||||| || | || || || ||| | ||||||||| Sbjct 46761183 ---AAATATATAATATAAATAT------ATAAATAATATAATAAAT--ATATAAATATTA 46761135 Query 228713 GTGATTGCGATATTAAAAATACTAATTTTATAAATGATTTAGATAATTTGAAAGAATTAG 228772 | | ||| || ||||| ||| ||||||| ||||| ||||| | | | ||| Sbjct 46761134 TAAAAT---ATA-TATAAATA-TAA--ATATAAATAATTTATATAAT---ATATATTTA- 46761086 Query 228773 ATATATCTAACAATTATAATATAAATATTTCATCATTACCAAAAACATTGACTACATTAA 228832 |||||| || || ||| |||||||||| | | ||| || | || || || Sbjct 46761085 ATATAT-TA--AAATATTATATAAATATAT----------ATAAATATATAATATATAAA 46761039 Query 228833 ATATTAGTTCATGTA-ATATAAAAAATACta-at-tttataattaatttagata-atttg 228888 ||||| | || || || || || ||| || || |||||| ||| |||| ||| |||| Sbjct 46761038 ATATTTATAAATATATATTTATAATATAGTATATATTTATATTTATTTTATATAGATTTT 46760979 Query 228889 aaagaattagata----tatctaaaaatttta------atataaatatttCAT-CATTAC 228937 | | ||||| ||| ||| || ||||| || |||| |||||| || |||| Sbjct 46760978 ATATAATTATATATATTTATATATAAATTATATATAATTTATATATATTTTATATATTA- 46760920 Query 228938 CAAAATCATTGA--TTACATTAAATATTAATTCATGTTATATA-AACCATA-CTAATTT- 228992 | || ||| | || |||| |||| ||| || ||||||| || ||| |||||| Sbjct 46760919 -TATATAATTTAATATATATTATATATATATTTATATTATATATAAATATATATAATTTA 46760861 Query 228993 TATAAAT------GATTTATATAATTTGAAAGAATTAGATATATCTAACAATTATA--AT 229044 |||| || ||||||||||| | | | ||| |||||| | |||||| || Sbjct 46760860 TATATATTTTATATATTTATATAATAT-ATATTATTTTATATATTT----ATTATAACAT 46760806 Query 229045 ATAAATATTTCATCATTACCAAATACATTAATTGAATTAAATATTAGTTCGTGTTATATA 229104 |||||||| | | | || |||| | | || | ||| ||||| |||| Sbjct 46760805 ATAAATATATATTTAATATATAATATAAT-ATATATTTATATATT-----------TATA 46760758 Query 229105 AAAAATACTAATTTTATAATTAATTTAGATAATTTGAAAAAATTAGAGATATCTA 229159 ||| ||| || | |||||||| || || ||| || | | | ||| | |||| || Sbjct 46760757 AAATATA-TATTATTATAATTTATATAAATATATTTATATATTTATAAATATATA 46760704 >seq43700 Length=11641 Score = 91.5 bits 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-TTAAATATTAATTCATGTTATATA--AACCATACTAATTTTATAAATGATTTATATAAT 229011 ||| | ||| ||| || | ||||| || ||| |||| | || || | ||||||||| Sbjct 7870 TTTATAAATT-ATTTATATCATATACTAATAATA-TAATATAATTAA--AATTATATAAT 7815 Query 229012 TTGA-AAGAATTAGATATATCTAACAATTATAATATAAATATTTCATCATTACCA-AATA 229069 | | ||| |||| |||||| ||| || ||||| ||| ||||||||||| || | |||| Sbjct 7814 ATAATAAGTATTA-ATATATTTAAAAAATATAA-ATATATATTTCATCAATATAATAATA 7757 Query 229070 CATTAAT----TGAATTAAATAT 229088 | |||| | ||||||||| Sbjct 7756 TAATAATAAAATATATTAAATAT 7734 >seq30110 Length=6998 Score = 91.5 bits (100), Expect = 2e-13 Identities = 514/777 (66%), Gaps = 82/777 (11%) Strand=Plus/Plus Query 228191 taattaaattaaatatt-agta-attgtaatataataaatgctagttctttaaaaaattt 228248 || ||| || | ||||| | || || ||| ||| ||||| || | || ||| |||| Sbjct 4217 TATTTATATAATATATTTATTATATAATAAAATATTAAATTATAATAATT-AAATAATTA 4275 Query 228249 aattaatt---taa-aagaattggatatatc-taacaattataatataaatatttCATCA 228303 ||||||| ||| || || | |||||| || ||||| ||||||||||| | || | Sbjct 4276 TATTAATTATATAATAAAAAATAAATATATAATATAAATTAAAATATAAATATAT-ATAA 4334 Query 228304 TTACCaaaaacattaattaaattaaatattagttcatgtaatataaaaa---atactaat 228360 ||| || | ||||||| | |||| || | || || ||||||| ||| |||| Sbjct 4335 TTAGGTAATA---TAATTAATTATAATAATAATAAATATA-TATAAAATTGTATAGTAAT 4390 Query 228361 tttataattaatttagataatttGAAAGAATTAGATATATCTAGAAATTTTAATATAAAT 228420 | ||| || | ||||| | ||| ||||| ||||| ||||||| ||| ||| Sbjct 4391 ATACAAAT--ATACATATAATATTAAA-AATTATATATAAAATATAATTTTACTATTAAT 4447 Query 228421 ATTTCATCATTACCAAAATCATTAATCAAATTAAATATTAGGACATGTTA-TATAAAAAA 228479 |||| || |||| | || || || | |||| | | || | || ||| ||| || || Sbjct 4448 ATTTTATAATTATAATTAT-ATAAAATATATTATAAAATAAAATATATTAATATTAATAA 4506 Query 228480 TACTAATTTTATAATTA-ATTTAGATAATTTGAAAGAATTAGATATATCTAGAAATTT-T 228537 || |||| ||||| | ||| |||| | | | ||| | | |||| || || | | | Sbjct 4507 TAAAAATT----AATTATAATTATATAAATATATATAATAATA-ATAT-TAAAAGTATAT 4560 Query 228538 AATATAAATATTT-CATCAT-TACCAAAATCATTGATTACATTA--AATATTAATTCATG 228593 ||||||||||||| || || || ||||| ||| ||| ||| ||||| ||| || Sbjct 4561 AATATAAATATTTATATAATATAATAAAATTATT-ATTTTTTTACTAATATATATT-ATA 4618 Query 228594 TTATATAAAACACACTAAT-TTTATA-AATGATTT-------ATATAATTTGAAGGAATT 228644 |||||||| | | || | |||||| ||| |||| ||||||| | | |||| Sbjct 4619 ATATATAAATAAAAATATTATTTATATAATAATTTAATAATAATATAATATTA---AATT 4675 Query 228645 GGATATATCTAGAAATTATAATATAAATATTTCATCATTACCAAAATCATTAATCA--AA 228702 ||| | | | |||| ||| |||||| | || |||| ||||| ||||| | || Sbjct 4676 --ATAAAAATTTTATTTATTATAAAAATATATAATAATTAAAAAAATAATTAAAAAATAA 4733 Query 228703 T-TAAATATTAGTGATTGCGATATTAAAAATACTAATT---TTATAA--------ATGAT 228750 | |||||| | ||| ||||| || ||| ||||| ||||| || || Sbjct 4734 TAAAAATATATTTAATTTATATATTTAATATA-TAATTAAAATATAAAAAAAAATATAAT 4792 Query 228751 TTAGATAATTTGAAAGAATTAGATATATCTAACAATTATAATATAAATAT---TTCATCA 228807 | | |||||| ||| | ||| |||||| ||| | |||| ||| | ||| || || Sbjct 4793 TAATATAATT--AAAAATTTATATATATATAATA--TATATTATTATTATAAATTAATAT 4848 Query 228808 TTACCAAAAACATTGACTACATTAAATATTAGTTCATGTAATATAAAAAATACtaatttt 228867 || | ||| ||| | || || |||| | || ||||| |||| | | ||| | | Sbjct 4849 ATAATATAAATATT-AATA-ATATAATACAA----ATATAATAAAAAATAAAATAAATAT 4902 Query 228868 ataat--taatt-tagataatttgaaagaat-tagatatatctaaaaattttaatat 228920 ||||| ||||| || | ||||| | ||| || |||||| ||| || ||||||| Sbjct 4903 ATAATCATAATTATATAAAATTTTTATAAATATAAATATATATAATAA-ATTAATAT 4958 >seq1332 Length=78221452 Score = 89.7 bits (98), Expect = 8e-13 Identities = 226/331 (68%), Gaps = 26/331 (8%) Strand=Plus/Plus Query 166337 ATATAGATATTAAATTTATcaatggatacaaattaattcttaacaataatgcaatacaat 166396 ||| | |||||| || ||| || ||| || ||||| || ||||| | | ||| Sbjct 41588645 ATAAATATATTATATATATGAAAATATATAA-TTAATATATAT--ATAATATATAATAAT 41588701 Query 166397 atatattaaatattaataatgtaagatatgtagatctttataataataata--tTTCTAC 166454 |||||| ||| || ||||| || |||| | ||| | | ||||||||||| | | || Sbjct 41588702 ATATATGAAA-ATATATAATATATAATATATTGATGTAT-TAATAATAATAAATATATAT 41588759 Query 166455 AATTGATTCTATT-TCTATT-TACAACATATCATATTTAAATGtattaaaaaataatatt 166512 ||| ||| ||| | |||| || || |||| |||| | || ||| | | || ||||| Sbjct 41588760 AATATATTATATAATATATTATATAATATATTATATATTTAT-TATATATATATTATATT 41588818 Query 166513 atatgtaatagaacaactttatatacttatttaaaatatacatatattattcctataAAC 166572 || | | ||| | ||||||| |||| ||| |||| ||||||||| | || | Sbjct 41588819 ATTTATTATATA------TTATATAATTATATAATATAT---TATATTATTTAT-TATA- 41588867 Query 166573 ATTAAAATAGCATGTAAAATGGGAAAAGATGAATATGATATTGAAAATATAATTTGTaaa 166632 ||| ||| || ||| | | | || ||| | |||||| |||||||| ||||| Sbjct 41588868 --TAATATATTATATAATAAATTATATAATAAATGTAATATTGTAAATATAA---GTAAA 41588922 Query 166633 aaaaTTAAAGATGTGTATTTAAATAAATATA 166663 || |||| || | |||||||||||||||| Sbjct 41588923 TAATATAAATATATATATTTAAATAAATATA 41588953 >seq1481 Length=155549662 Score = 87.8 bits (96), Expect = 3e-12 Identities = 586/892 (66%), Gaps = 102/892 (11%) Strand=Plus/Plus Query 228193 attaaattaaatattagtaattgtaatataataaatgctagttctttaaaaaatttaat- 228251 |||| 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TAT-ATA--TAATATAAT-ATTAATATAATATAAATAT------ATGTTATGTAATATAT 57686373 Query 228481 ACTAATT-TTATA-ATTAATTTAGATAATTTGAAAGAATTAGATATATCTAGAAATTTTA 228538 | || | ||||| |||||| || |||| || | | | || |||||| || || | Sbjct 57686374 ATTATTACTTATATATTAATATATATAAATT-ATATTAGTACATATATATAATTATAATT 57686432 Query 228539 ATATAA-ATATTTCATCATTACCAAAATCATTGATTACATTAAATATTAAT-TCATGTTA 228596 || ||| |||| | | |||| | || || || || || ||| | || | || || Sbjct 57686433 ATGTAATATATATAA--ATTAT--ATATTAT--ATAACTATATATAATTATATTATTATA 57686486 Query 228597 TATAAAACACA-CTA-ATTTTATAA------ATGATTTATATAATTTGAAGGAATTGGAT 228648 |||||| | | ||| ||| ||||| || ||||||||||| || | || | Sbjct 57686487 TATAAATTATATCTATATTATATAATATATCATAATTTATATAAT---AATGTATATAAA 57686543 Query 228649 ATATCTAGAAATTATAATATAAATATTTCATCATTACCAAAATCATTAATCAAATTAAAT 228708 |||| || | | || | |||||||||| || || |||| |||| |||||| || Sbjct 57686544 ATATATATATAATA-ATTATAAATATTATAT-AT-----AAATTTATAAT-AAATTATAT 57686595 Query 228709 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