Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Pongo_20abelii_20[refseq_20GCF_5F000001545.4_202010-03-08] 61,535 sequences; 3,441,244,233 total letters Query= NC_023426.1 Length=245717 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq39285 89.7 8e-13 seq20726 87.8 3e-12 seq46691 86.0 1e-11 >seq39285 Length=117095149 Score = 89.7 bits (98), Expect = 8e-13 Identities = 246/357 (69%), Gaps = 40/357 (11%) Strand=Plus/Plus Query 107226 tatatcatataattgtatatcatatttttcaacattaataatgttatgtctatatattga 107285 |||| |||||| | || | |||| ||| ||||| ||| | |||||| ||||||| | Sbjct 112127638 TATAATATATAAATATAAAATATATATTT--ACATTTATA-TATTATGT--ATATATT-A 112127691 Query 107286 tatatgtaaatttttatctaatattag-tatttc---attata-attaa---atatattt 107337 ||||| || |||| ||| || | || ||||| |||||| ||| | |||||| | Sbjct 112127692 TATATTTATATTTCTATATATTTCTATATATTTATATATTATATATTTATTTATATATAT 112127751 Query 107338 ttgtata-atattggctgta-atttattaa-atattaa-attatcatctatttCTAAGGT 107393 || ||| ||||| |||| ||||||| | ||||||| ||| | || ||||| || | Sbjct 112127752 TTATATCTATATTA--TGTATATTTATTTATATATTAATATTTTTATATATTTATATTAT 112127809 Query 107394 ATCATCTTTGatataataaattatataaagtat----taattcatttctcattcgaatat 107449 | | || ||||| || |||||||| | ||| || | || | | || ||||| Sbjct 112127810 TTAAATATTTATATATTATATTATATATACTATAGTATATATAATATATAATATAAATAT 112127869 Query 107450 tattaata-atatt-taaatatatagattctggcatataatctttatgtgataatataca 107507 ||||| ||| | |||||||||| | | | |||||| |||| | ||||||| Sbjct 112127870 ATATAATATATAATATAAATATATATAATATCTAATATAAATATTATAT-ATAATATC-- 112127926 Query 107508 tctaatatatgatataGATGGATTTTCATTTAGAAATTTATTTATTT-TATAATATA 107563 ||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||||| Sbjct 112127927 ---AATATATAATATATATT-------ATATAGAAATTTATATATTTATATAATATA 112127973 >seq20726 Length=174210431 Score = 87.8 bits (96), Expect = 3e-12 Identities = 238/347 (69%), Gaps = 32/347 (9%) Strand=Plus/Minus Query 107222 TAGTtatatcatataattgtatatcatatttttcaacattaataatgttatgtctatata 107281 || |||||| || || || ||||| ||| | | | ||| || | |||| | |||||| Sbjct 147410068 TATTTATAT-ATTTATTTATATATAATAAATATATATATTTAT--TTTTATTTATATATA 147410012 Query 107282 ttgatatatg-taaatttttatctaatattagtatttcattataattaaatatatttttg 107340 || |||||| || || ||||| | |||| ||| | ||||| ||||||||||||| Sbjct 147410011 TTTATATATAATATATATTTATTTT-TATTTATATATATTTATATATAAATATATTTTTA 147409953 Query 107341 tata-atattggctgta-atttattaaatattaaattatcatctatttCTAAGGTATCAT 107398 ||| || || | || ||||| || ||||| | || || ||||| || ||| || Sbjct 147409952 TATTTATTTTATATTTATATTTAATATATATTTATTTTATATATATTTATAT--TAT-AT 147409896 Query 107399 CTTTGatataataaattatataaagtattaattcatttctcattcgaatattattaataa 107458 ||| ||||| || || |||| ||| ||| |||| | |||| ||| || | Sbjct 147409895 ATTT-ATATATAAATTTTTATA---TATGTATTTATTTAT-------ATAT-ATTTATTA 147409848 Query 107459 tatttaaatatatagattctggcatataatctttatgtgataatatacatctaatatatg 107518 ||| |||||||||| || | ||||| | ||||| | |||||| || || | ||| Sbjct 147409847 TATATAAATATATAT-TTATTTTATATA-TATTTATATATAAATATATATTTATTTTAT- 147409791 Query 107519 atataGATGGATTTTCATTTAGAAATTTATTTATTTTATAATATATT 107565 ||||| ||| || || | || |||||||||||| ||||||| Sbjct 147409790 ATATA------TTTATATATAAATATATATTTATTTTAT-ATATATT 147409751 >seq46691 Length=94050890 Score = 86.0 bits (94), Expect = 1e-11 Identities = 237/341 (70%), Gaps = 38/341 (11%) Strand=Plus/Plus Query 107242 atatcatatttttcaacattaataatgttatgtcta-tatattgatatatgtaaatttt- 107299 |||| |||| || | |||| |||| |||| | || |||| | |||||| || || || Sbjct 70767149 ATATTATATAATTATATATTA-TAATATTATATATAATATAAT-ATATAT-TATATATTA 70767205 Query 107300 tatctaatattagtatttcat-tataattaaatatatttttgtataatattggctgtaat 107358 ||| | |||||| ||| | || |||||| |||||||| | |||||||| | |||| Sbjct 70767206 TATATTATATTA-TATATTATATATAATATAATATATTATA-TATAATATATTATATAAT 70767263 Query 107359 ttattaaatattaaattatcatctatt-tCTAAGGTATCATCTTTGatataataaattat 107417 ||| | |||||| ||| || |||| | | | ||| || | | |||||| ||||| Sbjct 70767264 ATATAATATATTA---TATAATATATTATATTATATATAATATATAATATAA---ATTAT 70767317 Query 107418 ataaagtattaattcatttctcattcgaatattattaataatatttaaatatatagattc 107477 ||| ||||| | || | | || ||||||| ||||||| | | |||||| Sbjct 70767318 ATA---TATTATATAATATATAAT----ATATTATATATAATATATTA-TATATA----- 70767364 Query 107478 tggcatataatct-ttatgtgataatatac-atctaatatatgatataGATGGATTTTCA 107535 ||||||| | |||| | |||||||| || || ||||| ||||| || |||| | Sbjct 70767365 ----ATATAATATATTATAT-ATAATATATTATATATTATATAATATATATA-ATTTATA 70767418 Query 107536 TTTAGAAATTTATTTATTTTATAATATATTGAATAATCTAT 107576 || | | ||| || ||| ||||||||||| ||||| ||| Sbjct 70767419 TT-ATATATT-ATATATAATATAATATATTATATAATATAT 70767457 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 785561690632200