Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Rattus_20norvegicus_20[refseq_20GCF_5F000001895.5_202014-07-01] 955 sequences; 2,870,184,193 total letters Query= NC_005856.1 Length=94800 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq97 2165 0.0 seq80 2165 0.0 seq1 1452 0.0 >seq97 Length=173707219 Score = 2165 bits (2400), Expect = 0.0 Identities = 1202/1203 (99%), Gaps = 0/1203 (0%) Strand=Plus/Plus Query 7649 TAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTT 7708 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173429333 TAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTT 173429392 Query 7709 CATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTC 7768 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173429393 CATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTC 173429452 Query 7769 TTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATT 7828 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173429453 TTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATT 173429512 Query 7829 TGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTC 7888 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173429513 TGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTC 173429572 Query 7889 AGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGG 7948 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173429573 AGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGG 173429632 Query 7949 TGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTC 8008 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173429633 TGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTC 173429692 Query 8009 TTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCC 8068 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173429693 TTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCC 173429752 Query 8069 ACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAG 8128 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173429753 ACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAG 173429812 Query 8129 ACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCC 8188 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173429813 ACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCC 173429872 Query 8189 GCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTC 8248 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173429873 GCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTC 173429932 Query 8249 ATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGC 8308 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173429933 ATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGC 173429992 Query 8309 TCTTTGTTCTTGGTCGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCGACCAAGGTGCCTTGA 8368 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173429993 TCTTTGTTCTTGGTCGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCGACCAAGGTGCCTTGA 173430052 Query 8369 GTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCC 8428 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173430053 GTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCC 173430112 Query 8429 AGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGGTCCGGCAAGGCG 8488 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173430113 AGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGGTCCGGCAAGGCG 173430172 Query 8489 CTATCCAGGGATAACCGGGCAAACAGACGCATGGAGGCGATTTCGTACAGAGCATCTTCC 8548 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173430173 CTATCCAGGGATAACCGGGCAAACAGACGCATGGAGGCGATTTCGTACAGAGCATCTTCC 173430232 Query 8549 ATCGCGCCATCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCC 8608 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173430233 ATCGCGCCATCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCC 173430292 Query 8609 AGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACC 8668 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173430293 AGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACC 173430352 Query 8669 ATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGA 8728 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173430353 ATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGA 173430412 Query 8729 CGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCT 8788 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 173430413 CGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCT 173430472 Query 8789 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT 8848 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 173430473 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCT 173430532 Query 8849 AGC 8851 ||| Sbjct 173430533 AGC 173430535 >seq80 Length=184226339 Score = 2165 bits (2400), Expect = 0.0 Identities = 1205/1207 (99%), Gaps = 1/1207 (0%) Strand=Plus/Minus Query 7649 TAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTT 7708 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157608295 TAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTT 157608236 Query 7709 CATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTC 7768 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157608235 CATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTC 157608176 Query 7769 TTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATT 7828 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157608175 TTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATT 157608116 Query 7829 TGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTC 7888 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157608115 TGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTC 157608056 Query 7889 AGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGG 7948 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157608055 AGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGG 157607996 Query 7949 TGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTC 8008 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157607995 TGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTC 157607936 Query 8009 TTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCC 8068 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157607935 TTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCC 157607876 Query 8069 ACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAG 8128 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157607875 ACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAG 157607816 Query 8129 ACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCC 8188 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157607815 ACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCC 157607756 Query 8189 GCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTC 8248 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157607755 GCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTC 157607696 Query 8249 ATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGC 8308 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157607695 ATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGC 157607636 Query 8309 TCTTTGTTCTTGGTCGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCGACCAAGGTGCCTTGA 8368 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157607635 TCTTTGTTCTTGGTCGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCGACCAAGGTGCCTTGA 157607576 Query 8369 GTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCC 8428 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157607575 GTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCC 157607516 Query 8429 AGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGGTCCGGCAAGGCG 8488 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157607515 AGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGGTCCGGCAAGGCG 157607456 Query 8489 CTATCCAGGGATAACCGGGCAAACAGACGCATGGAGGCGATTTCGTACAGAGCATCTTCC 8548 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157607455 CTATCCAGGGATAACCGGGCAAACAGACGCATGGAGGCGATTTCGTACAGAGCATCTTCC 157607396 Query 8549 ATCGCGCCATCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCC 8608 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157607395 ATCGCGCCATCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCC 157607336 Query 8609 AGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACC 8668 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157607335 AGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACC 157607276 Query 8669 ATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGA 8728 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157607275 ATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGA 157607216 Query 8729 CGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCT 8788 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 157607215 CGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCT 157607156 Query 8789 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT 8848 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 157607155 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCT 157607096 Query 8849 AG-CGTA 8854 || |||| Sbjct 157607095 AGACGTA 157607089 >seq1 Length=282763074 Score = 1452 bits (1610), Expect = 0.0 Identities = 805/805 (100%), Gaps = 0/805 (0%) Strand=Plus/Plus Query 7649 TAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTT 7708 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 162984447 TAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTT 162984506 Query 7709 CATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTC 7768 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 162984507 CATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTC 162984566 Query 7769 TTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATT 7828 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 162984567 TTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATT 162984626 Query 7829 TGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTC 7888 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 162984627 TGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTC 162984686 Query 7889 AGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGG 7948 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 162984687 AGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGG 162984746 Query 7949 TGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTC 8008 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 162984747 TGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTC 162984806 Query 8009 TTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCC 8068 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 162984807 TTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCC 162984866 Query 8069 ACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAG 8128 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 162984867 ACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAG 162984926 Query 8129 ACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCC 8188 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 162984927 ACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCC 162984986 Query 8189 GCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTC 8248 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 162984987 GCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTC 162985046 Query 8249 ATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGC 8308 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 162985047 ATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGC 162985106 Query 8309 TCTTTGTTCTTGGTCGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCGACCAAGGTGCCTTGA 8368 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 162985107 TCTTTGTTCTTGGTCGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCGACCAAGGTGCCTTGA 162985166 Query 8369 GTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCC 8428 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 162985167 GTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCC 162985226 Query 8429 AGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGC 8453 ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 162985227 AGTTGATGCTGCTCCAGCAGGTGGC 162985251 Score = 343 bits (380), Expect = 9e-90 Identities = 195/198 (98%), Gaps = 0/198 (0%) Strand=Plus/Plus Query 8653 CTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAAT 8712 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 162985412 CTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCAGGCGGGACAAGAAAAT 162985471 Query 8713 CTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATG 8772 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 162985472 CTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATG 162985531 Query 8773 ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACT 8832 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 162985532 ACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACTAACATGATCTCATATCAGGGACT 162985591 Query 8833 TGTTCGCACCTTCCTTAG 8850 |||||||||||||| ||| Sbjct 162985592 TGTTCGCACCTTCCCTAG 162985609 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 303231670626555