Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Ammotragus_20lervia_20[genbank_20GCA_5F002201775.1_202017-06-20] 77,320 sequences; 2,650,836,958 total letters Query= NC_002665.1 Length=108873 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq64303 2538 0.0 seq58749 154 1e-32 >seq64303 Length=392065 Score = 2538 bits (2814), Expect = 0.0 Identities = 1584/1705 (93%), Gaps = 25/1705 (1%) Strand=Plus/Minus Query 107071 GTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGACTAGCTGGTTTGCAGCATCAGGTTACAGATGTCCAT 107130 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| Sbjct 199942 GTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGATCAGCTGGTTTGCAGCGTCAGGTTACAGATCTCCAT 199883 Query 107131 CCACAAGGGTCTTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTATAGAAGACATCTATCTT 107190 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| Sbjct 199882 CCACAAGGGTCCTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTAGAGAAGAAATCTATCTT 199823 Query 107191 TACCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTC-------------TGGATTAGTTTGTAAT 107237 | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 199822 TGCCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTCATTGAGGATATTCTGGATTAGTTTGTAAC 199763 Query 107238 TAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGATCTCCTCCTCCACCTTGCCTGTGCCCAAACTCTC 107297 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| Sbjct 199762 TAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGATCTCCTCCTCCACCTTCCCTGTACCCAAACTCTA 199703 Query 107298 CTGATCTCCCATCCCATGAAGATGGCTGGGTGGAAGAAGAAGCTTTGCCGGGGACATCAT 107357 |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| Sbjct 199702 CTGACCTCCCATCCCATGAAGATGACTGGGTGGAAGAAGAAGCTCTGCCGGGGGCATCAT 199643 Query 107358 CTGTGGGCCCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCCGTTGTTTCTCTGAGACTTTCCCTCAGG 107417 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| Sbjct 199642 CTGTGGGCCCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCTGTTGTTGCTCTGAGGCTTTCTCTCAGG 199583 Query 107418 TTTAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAGAGTCAGCACTGT 107477 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| Sbjct 199582 TTGAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAAAGTCAGCGTTGT 199523 Query 107478 AGGGACATGTTGTACAATAGCCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCTGGG 107537 |||||| | |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 199522 AGGGACGTCTTGTACAAGAACCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCTGGG 199463 Query 107538 ATCACGCGAGGGGACCAGGAAGCAGTGGTCCAGGCCCTCCTAGACAACCTGGAAGTGAAG 107597 ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||| Sbjct 199462 ATCACACGAGGGGACCAGGAAGCGGTGGTTCAGGCTCTCCTGGACAACCTGGAAGTCAAG 199403 Query 107598 AAAAAGCGGTCGCCTCTCACTGGCACCTATTACCTCAACATAACCAGAGACTGTGAGCGC 107657 || ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 199402 AAGAAGCGGTTGCCTTTCACTGACACCTATTACCTCAACATAACCAGGGACTGTGAGCAG 199343 Query 107658 TTCAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGTAAAGAAGAGCTAGACTTCCCC 107717 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 199342 TTTAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGCAAAGAAGAGCTAGACTTCCCC 199283 Query 107718 ATTGCCTACTCGATGGTGGTCCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGCTGCTGCGAGCC 107777 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 199282 ATTGCATACTCGATGGTGGTCCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGCTGCTGCGAGCT 199223 Query 107778 GTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCACGTGGATGTGAAGTCCCCAGAGACTTTC 107837 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 199222 GTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCATGTGGATGTGAAGTCCCCAGAAACTTTC 199163 Query 107838 AAAGAGGCGGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAGTTG 107897 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 199162 AAAGAGGCAGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAGTTG 199103 Query 107898 GTCCCGGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAAGCTGACCTGAACTGTATGGAAGAC 107957 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 199102 GTCCCCGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAGGCCGACCTGAACTGTATGGAAGAC 199043 Query 107958 TTGCTCCAGAGCTCAGTGCCATGGAAGTACTTACTGAATACATGCGGGACAGACTTCCCC 108017 |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 199042 TTGCTCCAGAGCTCGGTGCCATGGAAATACTTACTGAATACATGTGGGACAGACTTCCCC 198983 Query 108018 ATAAAGACCAATGCCGAGATGGTCCTGGCCCTCAAGATGTTGAAGGGTAAGAACAGTATG 108077 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| Sbjct 198982 ATAAAGACCAATGCCGAGATGGTCCTGGCCCTCAAGATGTTGAATGGGAAGAACAGTATG 198923 Query 108078 GAGTCTGAGGTACCTTCTGAGTCCaaaaaaaaTCGCTGGAAATACCGCTATGAGGTGACA 108137 ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 198922 GAGTCTGAGATACCTTCTGAGTACAAAAAAACTCGCTGGAAATACCGCTACGAGGTGACA 198863 Query 108138 GACACACTGTACCCTACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCCATGTTC 108197 |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 198862 GACAGACTGTCCCTAACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCTATGTTC 198803 Query 108198 ACAGGGAATGCCTATTTTGTGGCCTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGACAACCCT 108257 || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 198802 ACGGGGAATGCCTATTTTGTGGCTTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGAGAACCCC 198743 Query 108258 AAATCCCAAAGACTGGTTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCCGACGAACACCTCTGG 108317 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 198742 AAATCCCAAAGACTGATTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCTGACGAACACCTCTGG 198683 Query 108318 GCCACCCTTCAGCGTGCTCCGTGGATGCCTGGCTCTGTTCCTAGCCACCCCAAGTATCAC 108377 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 198682 GCCACCCTTCAGCGTGCTCCATGGATGCCTGGCTCTGTTCCCTACCACCCCAAGTATCAC 198623 Query 108378 ATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTCGTCAAGTGGCAGTACCACGAGGGAGATGTC 108437 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 198622 ATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTGGTCAAGTGGCAGGGCCACGAGGGAGATGTC 198563 Query 108438 AGCATGGGGGCGCCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCGGAGGGCCATCTGCATTTAC 108497 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| Sbjct 198562 AGCATGGGGGCACCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCAGCGGGCCATCTGCATTTAT 198503 Query 108498 GGGGCCGGGGACCTGTACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTTGAC 108557 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 198502 GGGGCCGGGGACCTGCACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTTGAC 198443 Query 108558 CCGAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTACCTACGTCATAAGGCCATC 108617 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| Sbjct 198442 CCAAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTATTTACGCCATAAGGCCATC 198383 Query 108618 TATGGGACTGAACTTTGAGCTGCACTGT-----------GGGCCAGGGAC-TGTGCCAAC 108665 |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| Sbjct 198382 TATGGGACTGAACTTTGAGCTGTACTGTGGGATACCCGAGGGCCAGGGACATGTGCCAAC 198323 Query 108666 ATGCCCAGGGCGTACTGGTACTGTGTGGGGTGGGGGACGAGGGCTGTGGAATCCATGGCA 108725 | | ||||||| | |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||| ||||||| Sbjct 198322 AGGGCCAGGGCATGCTGGTACTGTGTAGGGTGGGGGATGGGGGCTGTGGAATTCATGGCA 198263 Query 108726 TCCCCCAGGGTCAGAGGGCTGCTTT 108750 ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 198262 TCCCCCAGGGTCAGAGGGCTGCTTT 198238 >seq58749 Length=2680103 Score = 154 bits (170), Expect = 1e-32 Identities = 102/113 (90%), Gaps = 0/113 (0%) Strand=Plus/Minus Query 108751 GATGGGGTCAGGATGTTGGCTCCAGGAGAGGCCTGTTCACCCATGTCTCTTGGAGCTCCA 108810 ||| | ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||| Sbjct 1012025 GATAGTGTCAGGATGTTGGCTCCAGGAGATGTCTGTTCACCCATTTCTTCTGGAGCTCCA 1011966 Query 108811 CATATGAGAGTGTTGGGTAGGGTGATGTTTGGTCCCGAATTAACTTCTCTAAC 108863 | |||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1011965 CGTATGAGTGTGTTGGGTATGGTGATGTTTGGCCCCGAATTAACTTCTCTAAC 1011913 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 347940613249680