Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Bison_20bison_20bison_20[refseq_20GCF_5F000754665.1_202014-10-08] 128,431 sequences; 2,828,031,685 total letters Query= NC_002665.1 Length=108873 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq123224 2603 0.0 seq123645 136 3e-27 >seq123224 Length=7868901 Score = 2603 bits (2886), Expect = 0.0 Identities = 1603/1715 (93%), Gaps = 32/1715 (2%) Strand=Plus/Plus Query 107068 CCAGTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGACTAGCTGGTTTGCAGCATCAGGTTACAGATGTC 107127 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 7784861 CCAGTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGATCAGCTGGTTTGCAGCATCAGGTTACAGATCTC 7784920 Query 107128 CATCCACAAGGGTCTTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTATAGAAGACATCTAT 107187 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| Sbjct 7784921 CATCCACAAGGGTCCTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTAGAGAAGAAATCTAT 7784980 Query 107188 CTTTACCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTCT-------------GGATTAGTTTGT 107234 |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 7784981 CTTTGCCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTCCTTGAGGATGTTCCGGATTAGTTTGT 7785040 Query 107235 AATTAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGATCTCCTCCTCCACCTTGCCTGTGCCCAAACT 107294 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 7785041 AACTAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGATCTCCTCCTCCACCTTCCCTGTGCCCAAACT 7785100 Query 107295 CTCCTGATCTCCCATCCCATGAAGATGGCTGGGTGGAAGAAGAAGCTTTGCCGGGGACAT 107354 || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 7785101 CTACTGATCTCCCATCCCATGAAGATGACTGGGTGGAAGAAGAAGCTTTGCCGGGGGCAT 7785160 Query 107355 CATCTGTGGGCCCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCCGTTGTTTCTCTGAGACTTTCCCTC 107414 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| Sbjct 7785161 CATCTGTGGGCTCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCCGTTGTTGCTCTGAGGCTTTCTCTC 7785220 Query 107415 AGGTTTAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAGAGTCAGCAC 107474 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 7785221 AGGTTGAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAAAGTCAGCGT 7785280 Query 107475 TGTAGGGACATGTTGTACAATAGCCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCT 107534 ||||||||| | |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 7785281 TGTAGGGACGTCTTGTACAAGAACCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCT 7785340 Query 107535 GGGATCACGCGAGGGGACCAGGAAGCAGTGGTCCAGGCCCTCCTAGACAACCTGGAAGTG 107594 |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 7785341 GGGATCACACGAGGGGACCAGGAAGCGGTGGTCCAGGCTCTCCTGGACAACCTGGAAGTC 7785400 Query 107595 AAGAAAAAGCGGTCGCCTCTCACTGGCACCTATTACCTCAACATAACCAGAGACTGTGAG 107654 ||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 7785401 AAGAAGAAGCGGTTGCCTTTCACTGACACCTATTACCTCAACATAACCAGAGACTGTGAG 7785460 Query 107655 CGCTTCAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGTAAAGAAGAGCTAGACTTC 107714 | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| Sbjct 7785461 CAGTTTAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGCAAAGAAGAGTTAGACTTC 7785520 Query 107715 CCCATTGCCTACTCGATGGTGGTCCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGCTGCTGCGA 107774 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 7785521 CCCATTGCATACTCGATGGTGGTCCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGCTGCTGCGA 7785580 Query 107775 GCCGTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCACGTGGATGTGAAGTCCCCAGAGACT 107834 || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| Sbjct 7785581 GCTGTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCATGTGGATGTGAAGTCCCCAGAAACT 7785640 Query 107835 TTCAAAGAGGCGGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAG 107894 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 7785641 TTCAAAGAGGCAGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAG 7785700 Query 107895 TTGGTCCCGGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAAGCTGACCTGAACTGTATGGAA 107954 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 7785701 TTGGTCCCAGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAGGCTGACCTGAACTGTATGGAA 7785760 Query 107955 GACTTGCTCCAGAGCTCAGTGCCATGGAAGTACTTACTGAATACATGCGGGACAGACTTC 108014 ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 7785761 GACTTGCTCCAGAGCTCGGTGCCATGGAAATACTTACTGAATACATGCGGGACAGACTTC 7785820 Query 108015 CCCATAAAGACCAATGCCGAGATGGTCCTGGCCCTCAAGATGTTGAAGGGTAAGAACAGT 108074 |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 7785821 CCCATAAAGACCAACGCCGAGATGGTTCTGGCCCTCAAGATGTTGAATGGGAAGAACAGT 7785880 Query 108075 ATGGAGTCTGAGGTACCTTCTGAGTCCaaaaaaaaTCGCTGGAAATACCGCTATGAGGTG 108134 |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 7785881 ATGGAGTCTGAGATACCTTCTGAGTACAAAAAAAATCGCTGGAAATACCGCTATGAGGTG 7785940 Query 108135 ACAGACACACTGTACCCTACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCCATG 108194 ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 7785941 ACAGACAGACTGTACCTAACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCTATG 7786000 Query 108195 TTCACAGGGAATGCCTATTTTGTGGCCTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGACAAC 108254 ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 7786001 TTCACGGGGAATGCCTATTTTGTGGCTTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGAGAAC 7786060 Query 108255 CCTAAATCCCAAAGACTGGTTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCCGACGAACACCTC 108314 || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 7786061 CCCAAATCCCAAAGACTGATTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCCGACGAACACCTC 7786120 Query 108315 TGGGCCACCCTTCAGCGTGCTCCGTGGATGCCTGGCTCTGTTCCTAGCCACCCCAAGTAT 108374 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 7786121 TGGGCCACCCTTCAGCGTGCTCCATGGATGCCTGGCTCTGTTCCTTACCACCCCAAGTAT 7786180 Query 108375 CACATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTCGTCAAGTGGCAGTACCACGAGGGAGAT 108434 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 7786181 CACATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTGGTCAAGTGGCAGGGCCACGAGGGAGAT 7786240 Query 108435 GTCAGCATGGGGGCGCCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCGGAGGGCCATCTGCATT 108494 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| Sbjct 7786241 GTCAGCATGGGGGCGCCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCAGCGGGCCATCTGCATT 7786300 Query 108495 TACGGGGCCGGGGACCTGTACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTT 108554 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 7786301 TACGGGGCCGGGGACCTGCACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTT 7786360 Query 108555 GACCCGAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTACCTACGTCATAAGGCC 108614 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 7786361 GACCCAAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTATTTACGTCATAAGGCC 7786420 Query 108615 ATCTATGGGACTGAACTTTGAGCTGCACTGT------------------GGGCCAGGGAC 108656 ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 7786421 ATCTATGGGACTGAACTTTGAGCTGTACTGTGGGCGGATCGCTACCCAAGGGCCAGGGAC 7786480 Query 108657 -TGTGCCAACATGCCCAGGGCGTACTGGTACTGTGTGGGGTGGGGGACGAGGGCTGTGGA 108715 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| Sbjct 7786481 ATGTGCCAACATGCCCAGGGCGTACTGGTACTGTGCGGGGTGGGGGGCGAGGGCTGTGGA 7786540 Query 108716 ATCCATGGCATCCCCCAGGGTCAGAGGGCTGCTTT 108750 || |||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 7786541 ATTCATGGCATCCCCCAGGGTCAGACGGCTGCTTT 7786575 >seq123645 Length=8294821 Score = 136 bits (150), Expect = 3e-27 Identities = 98/113 (87%), Gaps = 0/113 (0%) Strand=Plus/Minus Query 108751 GATGGGGTCAGGATGTTGGCTCCAGGAGAGGCCTGTTCACCCATGTCTCTTGGAGCTCCA 108810 ||||| ||||||||| ||||||||||||| | | |||||||||| ||| |||||||||| Sbjct 266104 GATGGTGTCAGGATGCTGGCTCCAGGAGATGTCCGTTCACCCATTTCTTCTGGAGCTCCA 266045 Query 108811 CATATGAGAGTGTTGGGTAGGGTGATGTTTGGTCCCGAATTAACTTCTCTAAC 108863 | |||||| ||| |||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||| Sbjct 266044 CGTATGAGTGTGCTGGGTATGGTGATGTTTGGCCCTGAATCAACTTCTCTAAC 265992 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 347723671281294