Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Bos_20indicus_20[refseq_20GCF_5F000247795.1_202014-11-25] 32 sequences; 2,673,965,444 total letters Query= NC_002665.1 Length=108873 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq10 2610 0.0 seq13 136 3e-27 >seq10 Length=106310653 Score = 2610 bits (2894), Expect = 0.0 Identities = 1604/1715 (94%), Gaps = 32/1715 (2%) Strand=Plus/Minus Query 107068 CCAGTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGACTAGCTGGTTTGCAGCATCAGGTTACAGATGTC 107127 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 51101318 CCAGTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGATCAGCTGGTTTGCAGCATCAGGTTACAGATCTC 51101259 Query 107128 CATCCACAAGGGTCTTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTATAGAAGACATCTAT 107187 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| Sbjct 51101258 CATCCACAAGGGTCCTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTAGAGAAGAAATCTAT 51101199 Query 107188 CTTTACCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTCT-------------GGATTAGTTTGT 107234 |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 51101198 CTTTGCCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTCCTTGAGGATGTTCCGGATTAGTTTGT 51101139 Query 107235 AATTAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGATCTCCTCCTCCACCTTGCCTGTGCCCAAACT 107294 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 51101138 AACTAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGATCTCCTCCTCCACCTTCCCTGTGCCCAAACT 51101079 Query 107295 CTCCTGATCTCCCATCCCATGAAGATGGCTGGGTGGAAGAAGAAGCTTTGCCGGGGACAT 107354 || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 51101078 CTACTGATCTCCCATCCCATGAAGATGACTGGGTGGAAGAAGAAGCTTTGCCGGGGGCAT 51101019 Query 107355 CATCTGTGGGCCCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCCGTTGTTTCTCTGAGACTTTCCCTC 107414 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| Sbjct 51101018 CATCTGTGGGCTCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCCGTTGTTGCTCTGAGGCTTTCTCTC 51100959 Query 107415 AGGTTTAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAGAGTCAGCAC 107474 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 51100958 AGGTTGAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAAAGTCAGCGT 51100899 Query 107475 TGTAGGGACATGTTGTACAATAGCCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCT 107534 ||||||||| | |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 51100898 TGTAGGGACGTCTTGTACAAGAACCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCT 51100839 Query 107535 GGGATCACGCGAGGGGACCAGGAAGCAGTGGTCCAGGCCCTCCTAGACAACCTGGAAGTG 107594 |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 51100838 GGGATCACACGAGGGGACCAGGAAGCGGTGGTCCAGGCTCTCCTGGACAACCTGGAAGTC 51100779 Query 107595 AAGAAAAAGCGGTCGCCTCTCACTGGCACCTATTACCTCAACATAACCAGAGACTGTGAG 107654 ||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 51100778 AAGAAGAAGCGGTTGCCTTTCACTGACACCTATTACCTCAACATAACCAGAGACTGTGAG 51100719 Query 107655 CGCTTCAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGTAAAGAAGAGCTAGACTTC 107714 | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| Sbjct 51100718 CAGTTTAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGCAAAGAAGAGTTAGACTTC 51100659 Query 107715 CCCATTGCCTACTCGATGGTGGTCCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGCTGCTGCGA 107774 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 51100658 CCCATTGCATACTCGATGGTGGTCCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGCTGCTGCGA 51100599 Query 107775 GCCGTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCACGTGGATGTGAAGTCCCCAGAGACT 107834 || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| Sbjct 51100598 GCTGTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCATGTGGATGTGAAGTCCCCAGAAACT 51100539 Query 107835 TTCAAAGAGGCGGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAG 107894 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 51100538 TTCAAAGAGGCAGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAG 51100479 Query 107895 TTGGTCCCGGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAAGCTGACCTGAACTGTATGGAA 107954 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 51100478 TTGGTCCCAGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAGGCTGACCTGAACTGTATGGAA 51100419 Query 107955 GACTTGCTCCAGAGCTCAGTGCCATGGAAGTACTTACTGAATACATGCGGGACAGACTTC 108014 ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 51100418 GACTTGCTCCAGAGCTCGGTGCCATGGAAATACTTACTGAATACATGTGGGACAGACTTC 51100359 Query 108015 CCCATAAAGACCAATGCCGAGATGGTCCTGGCCCTCAAGATGTTGAAGGGTAAGAACAGT 108074 |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 51100358 CCCATAAAGACCAACGCCGAGATGGTTCTGGCCCTCAAGATGTTGAATGGGAAGAACAGT 51100299 Query 108075 ATGGAGTCTGAGGTACCTTCTGAGTCCaaaaaaaaTCGCTGGAAATACCGCTATGAGGTG 108134 |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 51100298 ATGGAGTCTGAGATACCTTCTGAGTACAAAAAAAATCGCTGGAAATACCGCTATGAGGTG 51100239 Query 108135 ACAGACACACTGTACCCTACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCCATG 108194 ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 51100238 ACAGACAGACTGTACCTAACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCTATG 51100179 Query 108195 TTCACAGGGAATGCCTATTTTGTGGCCTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGACAAC 108254 ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 51100178 TTCACGGGGAATGCCTATTTTGTGGCTTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGAGAAC 51100119 Query 108255 CCTAAATCCCAAAGACTGGTTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCCGACGAACACCTC 108314 || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 51100118 CCCAAATCCCAAAGACTGATTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCCGACGAACACCTC 51100059 Query 108315 TGGGCCACCCTTCAGCGTGCTCCGTGGATGCCTGGCTCTGTTCCTAGCCACCCCAAGTAT 108374 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 51100058 TGGGCCACCCTTCAGCGTGCTCCATGGATGCCTGGCTCTGTTCCTTACCACCCCAAGTAT 51099999 Query 108375 CACATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTCGTCAAGTGGCAGTACCACGAGGGAGAT 108434 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 51099998 CACATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTGGTCAAGTGGCAGGGCCACGAGGGAGAT 51099939 Query 108435 GTCAGCATGGGGGCGCCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCGGAGGGCCATCTGCATT 108494 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| Sbjct 51099938 GTCAGCATGGGGGCGCCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCAGCGGGCCATCTGCATT 51099879 Query 108495 TACGGGGCCGGGGACCTGTACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTT 108554 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 51099878 TACGGGGCCGGGGACCTGCACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTT 51099819 Query 108555 GACCCGAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTACCTACGTCATAAGGCC 108614 ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 51099818 GACCCAAGGGTGGATGATAAYGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTATTTACGTCATAAGGCC 51099759 Query 108615 ATCTATGGGACTGAACTTTGAGCTGCACTGT------------------GGGCCAGGGAC 108656 ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 51099758 ATCTATGGGACTGAACTTTGAGCTGTACTGTGGGCGGATCGCTACCCAAGGGCCAGGGAC 51099699 Query 108657 -TGTGCCAACATGCCCAGGGCGTACTGGTACTGTGTGGGGTGGGGGACGAGGGCTGTGGA 108715 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 51099698 ATGTGCCAACATGCCCAGGGCGTACTGGTACTGTGTGGGGTGGGGGACGAGGGCTGTGGA 51099639 Query 108716 ATCCATGGCATCCCCCAGGGTCAGAGGGCTGCTTT 108750 || |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 51099638 ATTCATGGCATCCCCCAGGGTCAGAGGGCTGCTTT 51099604 >seq13 Length=84433108 Score = 136 bits (150), Expect = 3e-27 Identities = 98/113 (87%), Gaps = 0/113 (0%) Strand=Plus/Plus Query 108751 GATGGGGTCAGGATGTTGGCTCCAGGAGAGGCCTGTTCACCCATGTCTCTTGGAGCTCCA 108810 ||||| ||||||||| ||||||||||||| | | |||||||||| ||| |||||||||| Sbjct 73363510 GATGGTGTCAGGATGCTGGCTCCAGGAGATGTCCGTTCACCCATTTCTTCTGGAGCTCCA 73363569 Query 108811 CATATGAGAGTGTTGGGTAGGGTGATGTTTGGTCCCGAATTAACTTCTCTAAC 108863 | |||||| ||| |||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||| Sbjct 73363570 CGTATGAGTGTGCTGGGTATGGTGATGTTTGGCCCTGAATCAACTTCTCTAAC 73363622 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 348268664175168