Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Bos_20mutus_20[refseq_20GCF_5F000298355.1_202013-01-09] 41,192 sequences; 2,645,161,911 total letters Query= NC_002665.1 Length=108873 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq1948 2599 0.0 seq1849 136 3e-27 >seq1948 Length=2921559 Score = 2599 bits (2882), Expect = 0.0 Identities = 1602/1715 (93%), Gaps = 32/1715 (2%) Strand=Plus/Minus Query 107068 CCAGTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGACTAGCTGGTTTGCAGCATCAGGTTACAGATGTC 107127 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2643629 CCAGTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGATCAGCTGGTTTGCAGCATCAGGTTACAGATCTC 2643570 Query 107128 CATCCACAAGGGTCTTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTATAGAAGACATCTAT 107187 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| Sbjct 2643569 CATCCACAAGGGTCCTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTAGAGAAGAAATCTAT 2643510 Query 107188 CTTTACCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTCT-------------GGATTAGTTTGT 107234 |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2643509 CTTTGCCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTCCTTGAGGATGTTCCGGATTAGTTTGT 2643450 Query 107235 AATTAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGATCTCCTCCTCCACCTTGCCTGTGCCCAAACT 107294 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2643449 AACTAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGATCTCCTCCTCCACCTTCCCTGTGCCCAAACT 2643390 Query 107295 CTCCTGATCTCCCATCCCATGAAGATGGCTGGGTGGAAGAAGAAGCTTTGCCGGGGACAT 107354 || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2643389 CTACTGATCTCCCATCCCATGAAGATGACTGGGTGGAAGAAGAAGCTTTGCCGGGGGCAT 2643330 Query 107355 CATCTGTGGGCCCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCCGTTGTTTCTCTGAGACTTTCCCTC 107414 ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| Sbjct 2643329 CATCTGTGGGCTCTGGGCTGCTATAGCCTGCTGGCCGTTGTTGCTCTGAGGCTTTCTCTC 2643270 Query 107415 AGGTTTAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAGAGTCAGCAC 107474 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2643269 AGGTTGAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAAAGTCAGCGT 2643210 Query 107475 TGTAGGGACATGTTGTACAATAGCCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCT 107534 ||||||||| | |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2643209 TGTAGGGACGTCTTGTACAAGAACCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCT 2643150 Query 107535 GGGATCACGCGAGGGGACCAGGAAGCAGTGGTCCAGGCCCTCCTAGACAACCTGGAAGTG 107594 |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 2643149 GGGATCACAAGAGGGGACCAGGAAGCGGTGGTCCAGGCTCTCCTGGACAACCTGGAAGTC 2643090 Query 107595 AAGAAAAAGCGGTCGCCTCTCACTGGCACCTATTACCTCAACATAACCAGAGACTGTGAG 107654 ||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2643089 AAGAAGAAGCGGTTGCCTTTCACTGACACCTATTACCTCAACATAACCAGAGACTGTGAG 2643030 Query 107655 CGCTTCAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGTAAAGAAGAGCTAGACTTC 107714 | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| Sbjct 2643029 CAGTTTAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGCAAAGAAGAGTTAGACTTC 2642970 Query 107715 CCCATTGCCTACTCGATGGTGGTCCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGCTGCTGCGA 107774 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2642969 CCCATTGCATACTCGATGGTGGTCCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGCTGCTGCGA 2642910 Query 107775 GCCGTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCACGTGGATGTGAAGTCCCCAGAGACT 107834 || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2642909 GCTGTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCATGTGGATGTGAAGTCCCCAGAAACT 2642850 Query 107835 TTCAAAGAGGCGGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAG 107894 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2642849 TTCAAAGAGGCAGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAG 2642790 Query 107895 TTGGTCCCGGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAAGCTGACCTGAACTGTATGGAA 107954 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2642789 TTGGTCCCAGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAGGCTGACCTGAACTGTATGGAA 2642730 Query 107955 GACTTGCTCCAGAGCTCAGTGCCATGGAAGTACTTACTGAATACATGCGGGACAGACTTC 108014 ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2642729 GACTTGCTCCAGAGCTCGGTGCCATGGAAATACTTACTGAATACATGTGGGACAGACTTC 2642670 Query 108015 CCCATAAAGACCAATGCCGAGATGGTCCTGGCCCTCAAGATGTTGAAGGGTAAGAACAGT 108074 |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 2642669 CCCATAAAGACCAACGCCGAGATGGTTCTGGCCCTCAAGATGTTGAATGGGAAGAACAGT 2642610 Query 108075 ATGGAGTCTGAGGTACCTTCTGAGTCCaaaaaaaaTCGCTGGAAATACCGCTATGAGGTG 108134 |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2642609 ATGGAGTCTGAGATACCTTCTGAGTACAAAAAAAATCGCTGGAAATACCGCTATGAGGTG 2642550 Query 108135 ACAGACACACTGTACCCTACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCCATG 108194 ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2642549 ACAGACAGACTGTACCTAACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCTATG 2642490 Query 108195 TTCACAGGGAATGCCTATTTTGTGGCCTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGACAAC 108254 ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2642489 TTCACGGGGAATGCCTATTTTGTGGCTTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGAGAAC 2642430 Query 108255 CCTAAATCCCAAAGACTGGTTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCCGACGAACACCTC 108314 || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2642429 CCCAAATCCCAAAGACTGATTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCCGACGAACACCTC 2642370 Query 108315 TGGGCCACCCTTCAGCGTGCTCCGTGGATGCCTGGCTCTGTTCCTAGCCACCCCAAGTAT 108374 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2642369 TGGGCCACCCTTCAGCGTGCTCCATGGATGCCTGGCTCTGTTCCTTACCACCCCAAGTAT 2642310 Query 108375 CACATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTCGTCAAGTGGCAGTACCACGAGGGAGAT 108434 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2642309 CACATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTGGTCAAGTGGCAGGGCCACGAGGGAGAT 2642250 Query 108435 GTCAGCATGGGGGCGCCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCGGAGGGCCATCTGCATT 108494 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| Sbjct 2642249 GTCAGCATGGGGGCGCCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCAGCGGGCCATCTGCATT 2642190 Query 108495 TACGGGGCCGGGGACCTGTACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTT 108554 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2642189 TACGGGGCCGGGGACCTGCACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTT 2642130 Query 108555 GACCCGAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTACCTACGTCATAAGGCC 108614 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2642129 GACCCAAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTATTTACGTCATAAGGCC 2642070 Query 108615 ATCTATGGGACTGAACTTTGAGCTGCACTGT------------------GGGCCAGGGAC 108656 ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 2642069 ATCTATGGGACTGAACTTTGAGCTGTACTGTGGGCGGATCGCTACCCAAGGGCCAGGGAC 2642010 Query 108657 -TGTGCCAACATGCCCAGGGCGTACTGGTACTGTGTGGGGTGGGGGACGAGGGCTGTGGA 108715 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2642009 ATGTGCCAACATGCCCAGGGCGTACTGGTACTGTGTGGGGTGGGGGACGAGGGCTGTGGA 2641950 Query 108716 ATCCATGGCATCCCCCAGGGTCAGAGGGCTGCTTT 108750 || |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2641949 ATTCATGGCATCCCCCAGGGTCAGAGGGCTGCTTT 2641915 >seq1849 Length=1210812 Score = 136 bits (150), Expect = 3e-27 Identities = 98/113 (87%), Gaps = 0/113 (0%) Strand=Plus/Minus Query 108751 GATGGGGTCAGGATGTTGGCTCCAGGAGAGGCCTGTTCACCCATGTCTCTTGGAGCTCCA 108810 ||||| ||||||||| ||||||||||||| | | |||||||||| ||| |||||||||| Sbjct 915882 GATGGTGTCAGGATGCTGGCTCCAGGAGATGTCCGTTCACCCATTTCTTCTGGAGCTCCA 915823 Query 108811 CATATGAGAGTGTTGGGTAGGGTGATGTTTGGTCCCGAATTAACTTCTCTAAC 108863 | |||||| ||| |||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||| Sbjct 915822 CGTATGAGTGTGCTGGGTATGGTGATGTTTGGCCCTGAATCAACTTCTCTAAC 915770 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 348093959485008