Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Bos_20taurus_20[refseq_20GCF_5F000003055.6_202014-11-25] 3,144 sequences; 2,670,139,648 total letters Query= NC_002665.1 Length=108873 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq10 2612 0.0 seq13 136 3e-27 >seq10 Length=104305016 Score = 2612 bits (2896), Expect = 0.0 Identities = 1605/1715 (94%), Gaps = 32/1715 (2%) Strand=Plus/Minus Query 107068 CCAGTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGACTAGCTGGTTTGCAGCATCAGGTTACAGATGTC 107127 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 50709619 CCAGTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGATCAGCTGGTTTGCAGCATCAGGTTACAGATCTC 50709560 Query 107128 CATCCACAAGGGTCTTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTATAGAAGACATCTAT 107187 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| Sbjct 50709559 CATCCACAAGGGTCCTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTAGAGAAGAAATCTAT 50709500 Query 107188 CTTTACCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTCT-------------GGATTAGTTTGT 107234 |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 50709499 CTTTGCCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTCCTTGAGGATGTTCCGGATTAGTTTGT 50709440 Query 107235 AATTAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGATCTCCTCCTCCACCTTGCCTGTGCCCAAACT 107294 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 50709439 AACTAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGATCTCCTCCTCCACCTTCCCTGTGCCCAAACT 50709380 Query 107295 CTCCTGATCTCCCATCCCATGAAGATGGCTGGGTGGAAGAAGAAGCTTTGCCGGGGACAT 107354 || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 50709379 CTACTGATCTCCCATCCCATGAAGATGACTGGGTGGAAGAAGAAGCTTTGCCGGGGGCAT 50709320 Query 107355 CATCTGTGGGCCCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCCGTTGTTTCTCTGAGACTTTCCCTC 107414 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| Sbjct 50709319 CATCTGTGGGCTCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCCGTTGTTGCTCTGAGGCTTTCTCTC 50709260 Query 107415 AGGTTTAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAGAGTCAGCAC 107474 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 50709259 AGGTTGAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAAAGTCAGCGT 50709200 Query 107475 TGTAGGGACATGTTGTACAATAGCCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCT 107534 ||||||||| | |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 50709199 TGTAGGGACGTCTTGTACAAGAACCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCT 50709140 Query 107535 GGGATCACGCGAGGGGACCAGGAAGCAGTGGTCCAGGCCCTCCTAGACAACCTGGAAGTG 107594 |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 50709139 GGGATCACACGAGGGGACCAGGAAGCGGTGGTCCAGGCTCTCCTGGACAACCTGGAAGTC 50709080 Query 107595 AAGAAAAAGCGGTCGCCTCTCACTGGCACCTATTACCTCAACATAACCAGAGACTGTGAG 107654 ||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 50709079 AAGAAGAAGCGGTTGCCTTTCACTGACACCTATTACCTCAACATAACCAGAGACTGTGAG 50709020 Query 107655 CGCTTCAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGTAAAGAAGAGCTAGACTTC 107714 | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| Sbjct 50709019 CAGTTTAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGCAAAGAAGAGTTAGACTTC 50708960 Query 107715 CCCATTGCCTACTCGATGGTGGTCCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGCTGCTGCGA 107774 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 50708959 CCCATTGCATACTCGATGGTGGTCCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGCTGCTGCGA 50708900 Query 107775 GCCGTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCACGTGGATGTGAAGTCCCCAGAGACT 107834 || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| Sbjct 50708899 GCTGTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCATGTGGATGTGAAGTCCCCAGAAACT 50708840 Query 107835 TTCAAAGAGGCGGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAG 107894 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 50708839 TTCAAAGAGGCAGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAG 50708780 Query 107895 TTGGTCCCGGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAAGCTGACCTGAACTGTATGGAA 107954 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 50708779 TTGGTCCCAGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAGGCTGACCTGAACTGTATGGAA 50708720 Query 107955 GACTTGCTCCAGAGCTCAGTGCCATGGAAGTACTTACTGAATACATGCGGGACAGACTTC 108014 ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 50708719 GACTTGCTCCAGAGCTCGGTGCCATGGAAATACTTACTGAATACATGTGGGACAGACTTC 50708660 Query 108015 CCCATAAAGACCAATGCCGAGATGGTCCTGGCCCTCAAGATGTTGAAGGGTAAGAACAGT 108074 |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 50708659 CCCATAAAGACCAACGCCGAGATGGTTCTGGCCCTCAAGATGTTGAATGGGAAGAACAGT 50708600 Query 108075 ATGGAGTCTGAGGTACCTTCTGAGTCCaaaaaaaaTCGCTGGAAATACCGCTATGAGGTG 108134 |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 50708599 ATGGAGTCTGAGATACCTTCTGAGTACAAAAAAAATCGCTGGAAATACCGCTATGAGGTG 50708540 Query 108135 ACAGACACACTGTACCCTACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCCATG 108194 ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 50708539 ACAGACAGACTGTACCTAACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCTATG 50708480 Query 108195 TTCACAGGGAATGCCTATTTTGTGGCCTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGACAAC 108254 ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 50708479 TTCACGGGGAATGCCTATTTTGTGGCTTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGAGAAC 50708420 Query 108255 CCTAAATCCCAAAGACTGGTTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCCGACGAACACCTC 108314 || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 50708419 CCCAAATCCCAAAGACTGATTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCCGACGAACACCTC 50708360 Query 108315 TGGGCCACCCTTCAGCGTGCTCCGTGGATGCCTGGCTCTGTTCCTAGCCACCCCAAGTAT 108374 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 50708359 TGGGCCACCCTTCAGCGTGCTCCATGGATGCCTGGCTCTGTTCCTTACCACCCCAAGTAT 50708300 Query 108375 CACATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTCGTCAAGTGGCAGTACCACGAGGGAGAT 108434 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 50708299 CACATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTGGTCAAGTGGCAGGGCCACGAGGGAGAT 50708240 Query 108435 GTCAGCATGGGGGCGCCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCGGAGGGCCATCTGCATT 108494 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| Sbjct 50708239 GTCAGCATGGGGGCGCCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCAGCGGGCCATCTGCATT 50708180 Query 108495 TACGGGGCCGGGGACCTGTACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTT 108554 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 50708179 TACGGGGCCGGGGACCTGCACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTT 50708120 Query 108555 GACCCGAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTACCTACGTCATAAGGCC 108614 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 50708119 GACCCAAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTATTTACGTCATAAGGCC 50708060 Query 108615 ATCTATGGGACTGAACTTTGAGCTGCACTGT------------------GGGCCAGGGAC 108656 ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 50708059 ATCTATGGGACTGAACTTTGAGCTGTACTGTGGGCGGATCGCTACCCAAGGGCCAGGGAC 50708000 Query 108657 -TGTGCCAACATGCCCAGGGCGTACTGGTACTGTGTGGGGTGGGGGACGAGGGCTGTGGA 108715 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 50707999 ATGTGCCAACATGCCCAGGGCGTACTGGTACTGTGTGGGGTGGGGGACGAGGGCTGTGGA 50707940 Query 108716 ATCCATGGCATCCCCCAGGGTCAGAGGGCTGCTTT 108750 || |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 50707939 ATTCATGGCATCCCCCAGGGTCAGAGGGCTGCTTT 50707905 >seq13 Length=84240350 Score = 136 bits (150), Expect = 3e-27 Identities = 98/113 (87%), Gaps = 0/113 (0%) Strand=Plus/Plus Query 108751 GATGGGGTCAGGATGTTGGCTCCAGGAGAGGCCTGTTCACCCATGTCTCTTGGAGCTCCA 108810 ||||| ||||||||| ||||||||||||| | | |||||||||| ||| |||||||||| Sbjct 73287475 GATGGTGTCAGGATGCTGGCTCCAGGAGATGTCCGTTCACCCATTTCTTCTGGAGCTCCA 73287534 Query 108811 CATATGAGAGTGTTGGGTAGGGTGATGTTTGGTCCCGAATTAACTTCTCTAAC 108863 | |||||| ||| |||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||| Sbjct 73287535 CGTATGAGTGTGCTGGGTATGGTGATGTTTGGCCCTGAATCAACTTCTCTAAC 73287587 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 348255455210256