Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Bubalus_20bubalis_20[refseq_20GCF_5F000471725.1_202013-09-30] 366,983 sequences; 2,836,166,969 total letters Query= NC_002665.1 Length=108873 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq350397 2628 0.0 seq350193 149 4e-31 >seq350397 Length=1728484 Score = 2628 bits (2914), Expect = 0.0 Identities = 1607/1714 (94%), Gaps = 31/1714 (2%) Strand=Plus/Minus Query 107068 CCAGTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGACTAGCTGGTTTGCAGCATCAGGTTACAGATGTC 107127 || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 586818 CCGGTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGACCAGCTGGTTTGCAGCATCAGGTTACAGATCTC 586759 Query 107128 CATCCACAAGGGTCTTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTATAGAAGACATCTAT 107187 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| Sbjct 586758 CATCCACAAGGGTCCTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTAGAGAAGAAATCTAT 586699 Query 107188 CTTTACCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTC-------------TGGATTAGTTTGT 107234 |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 586698 CTTTGCCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTCCTTGAGGATGTTCTGGATTAGTTTGT 586639 Query 107235 AATTAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGATCTCCTCCTCCACCTTGCCTGTGCCCAAACT 107294 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 586638 AACTAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGATCTCCTCCTCCACCTTCCCTGTGCCCAAACT 586579 Query 107295 CTCCTGATCTCCCATCCCATGAAGATGGCTGGGTGGAAGAAGAAGCTTTGCCGGGGACAT 107354 || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 586578 CTACTGATCTCCCATCCCATGAAGATGACTGGGTGGAAGAAGAAGCTTTGCCGGGGGCAT 586519 Query 107355 CATCTGTGGGCCCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCCGTTGTTTCTCTGAGACTTTCCCTC 107414 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| Sbjct 586518 CATCTGTGGGCCCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCCGTTGTTGCTCTGAGGCTTTCTCTC 586459 Query 107415 AGGTTTAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAGAGTCAGCAC 107474 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | Sbjct 586458 AGGTTGAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAAAGTCAGCGC 586399 Query 107475 TGTAGGGACATGTTGTACAATAGCCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCT 107534 ||||||||| | |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 586398 TGTAGGGACGTCTTGTACAAGAACCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCT 586339 Query 107535 GGGATCACGCGAGGGGACCAGGAAGCAGTGGTCCAGGCCCTCCTAGACAACCTGGAAGTG 107594 |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 586338 GGGATCACACGAGGGGACCAGGAAGCGGTGGTCCAGGCTCTCCTGGACAACCTGGAAGTC 586279 Query 107595 AAGAAAAAGCGGTCGCCTCTCACTGGCACCTATTACCTCAACATAACCAGAGACTGTGAG 107654 ||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 586278 AAGAAGAAGCGGTTGCCTTTCACTGACACCTATTACCTCAACATAACCAGAGACTGTGAG 586219 Query 107655 CGCTTCAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGTAAAGAAGAGCTAGACTTC 107714 | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| Sbjct 586218 CAGTTTAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGCAAAGAAGAGTTAGACTTC 586159 Query 107715 CCCATTGCCTACTCGATGGTGGTCCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGCTGCTGCGA 107774 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 586158 CCCATTGCATACTCGATGGTGGTCCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGCTGCTGCGA 586099 Query 107775 GCCGTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCACGTGGATGTGAAGTCCCCAGAGACT 107834 || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || Sbjct 586098 GCTGTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCATGTGGATGTGAAGTCCCCAGAAGCT 586039 Query 107835 TTCAAAGAGGCGGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAG 107894 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 586038 TTCAAAGAGGCAGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAG 585979 Query 107895 TTGGTCCCGGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAAGCTGACCTGAACTGTATGGAA 107954 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 585978 TTGGTCCCAGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAGGCTGACCTGAACTGTATGGAA 585919 Query 107955 GACTTGCTCCAGAGCTCAGTGCCATGGAAGTACTTACTGAATACATGCGGGACAGACTTC 108014 ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 585918 GACTTGCTCCAGAGCTCGGTGCCATGGAAATACTTACTGAATACATGTGGGACAGACTTC 585859 Query 108015 CCCATAAAGACCAATGCCGAGATGGTCCTGGCCCTCAAGATGTTGAAGGGTAAGAACAGT 108074 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 585858 CCCATAAAGACCAATGCCGAGATGGTTCTGGCCCTCAAGATGTTGAATGGGAAGAACAGT 585799 Query 108075 ATGGAGTCTGAGGTACCTTCTGAGTCCaaaaaaaaTCGCTGGAAATACCGCTATGAGGTG 108134 |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 585798 ATGGAGTCTGAGATACCTTCTGAGTACAAAAAAAATCGCTGGAAATACCGCTATGAGGTG 585739 Query 108135 ACAGACACACTGTACCCTACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCCATG 108194 ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 585738 ACAGACAGACTGTACCTAACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCTATG 585679 Query 108195 TTCACAGGGAATGCCTATTTTGTGGCCTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGACAAC 108254 ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 585678 TTCACGGGGAATGCCTATTTTGTGGCTTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGAGAAC 585619 Query 108255 CCTAAATCCCAAAGACTGGTTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCCGACGAACACCTC 108314 || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 585618 CCCAAATCCCAAAGACTGATTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCTGACGAACACCTC 585559 Query 108315 TGGGCCACCCTTCAGCGTGCTCCGTGGATGCCTGGCTCTGTTCCTAGCCACCCCAAGTAT 108374 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 585558 TGGGCCACCCTTCAGCGTGCTCCATGGATGCCTGGCTCTGTTCCTTACCACCCCAAGTAT 585499 Query 108375 CACATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTCGTCAAGTGGCAGTACCACGAGGGAGAT 108434 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 585498 CACATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTCGTCAAGTGGCAGAACCACGAGGGAGAT 585439 Query 108435 GTCAGCATGGGGGCGCCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCGGAGGGCCATCTGCATT 108494 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| Sbjct 585438 GTCAGCATGGGGGCACCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCAGCGGGCCATCTGCATT 585379 Query 108495 TACGGGGCCGGGGACCTGTACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTT 108554 |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 585378 TACGGGGCCGGGGACCTGCACTGGATTCTTCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTT 585319 Query 108555 GACCCGAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTACCTACGTCATAAGGCC 108614 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 585318 GACCCAAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTATTTACGTCATAAGGCC 585259 Query 108615 ATCTATGGGACTGAACTTTGAGCTGCACTGT------------------GGGCCAGGGAC 108656 ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 585258 ATCTATGGGACTGAACTTTGAGCTGTACTGTGGGCGGATTGCTACCCAAGGGCCAGGGAC 585199 Query 108657 TGTGCCAACATGCCCAGGGCGTACTGGTACTGTGTGGGGTGGGGGACGAGGGCTGTGGAA 108716 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 585198 TGTGCCAACATGCCCAGGGCGTACTGGTACTGTGTGGGGTGGGGGACGAGGGCTGTGGAA 585139 Query 108717 TCCATGGCATCCCCCAGGGTCAGAGGGCTGCTTT 108750 | |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 585138 TTCATGGCATCCCCCAGGGTCAGAGGGCTGCTTT 585105 >seq350193 Length=1170484 Score = 149 bits (164), Expect = 4e-31 Identities = 100/112 (89%), Gaps = 0/112 (0%) Strand=Plus/Plus Query 108752 ATGGGGTCAGGATGTTGGCTCCAGGAGAGGCCTGTTCACCCATGTCTCTTGGAGCTCCAC 108811 |||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| Sbjct 919244 ATGGTGTCAGGATGCTGGCTCCAGGAGAGGTCTGTTCACCCATTTCTTCTGGAGCTCCAC 919303 Query 108812 ATATGAGAGTGTTGGGTAGGGTGATGTTTGGTCCCGAATTAACTTCTCTAAC 108863 ||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||| |||||| ||||| Sbjct 919304 ATATGAGTGTGTTGGGTATGGTGATGTTTGGCCCTGAATCAACTTCCCTAAC 919355 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 346711131114942