Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Capra_20aegagrus_20[genbank_20GCA_5F000978405.1_202015-04-24] 89,498 sequences; 2,828,873,048 total letters Query= NC_002665.1 Length=108873 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq10 2507 0.0 seq13 145 5e-30 >seq10 Length=107483571 Score = 2507 bits (2780), Expect = 0.0 Identities = 1580/1712 (92%), Gaps = 32/1712 (2%) Strand=Plus/Minus Query 107071 GTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGACTAGCTGGTTTGCAGCATCAGGTTACAGATGTCCAT 107130 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| Sbjct 50657051 GTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGATCAGCTGGTTTGCAGCGTCAGGTTACAGATCTCCAT 50656992 Query 107131 CCACAAGGGTCTTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTATAGAAGACATCTATCTT 107190 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| Sbjct 50656991 CCACAAGGGTCCTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTAGAGAAGAAATCTGTCTT 50656932 Query 107191 TACCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTCT-------------GGATTAGTTTGTAAT 107237 | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 50656931 TGCCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTCATTGGGGATATTCCGGATTAGTTTGTAAC 50656872 Query 107238 TAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGATCTCCTCCTCCACCTTGCCTGTGCCCAAACTCTC 107297 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| Sbjct 50656871 TAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGATCTCCTCCTCCACCTTCCCTGTACCCAAACTCTA 50656812 Query 107298 CTGATCTCCCATCCCATGAAGATGGCTGGGTGGAAGAAGAAGCTTTGCCGGGGACATCAT 107357 |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| Sbjct 50656811 CTGACCTCCCATCCCATGAAGATGACTGGGTGGAAGAAGAAGCTCTGCCGGGGGCATCAT 50656752 Query 107358 CTGTGGGCCCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCCGTTGTTTCTCTGAGACTTTCCCTCAGG 107417 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| Sbjct 50656751 CTGTGGGCCCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCTGTTGTTGCTCTGAGGCTTTCTCTCAGG 50656692 Query 107418 TTTAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAGAGTCAGCACTGT 107477 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| Sbjct 50656691 TTGAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAAAGTCAGCGTTGT 50656632 Query 107478 AGGGACATGTTGTACAATAGCCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCTGGG 107537 |||||| | |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 50656631 AGGGACGTCTTGTACAAGAACCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCTGGG 50656572 Query 107538 ATCACGCGAGGGGACCAGGAAGCAGTGGTCCAGGCCCTCCTAGACAACCTGGAAGTGAAG 107597 ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| Sbjct 50656571 ATCACAAGAGGGGACCAGGAAGCAGTGGTCCAGGCTCTCCTGGACAACCTGGAAGTCAAG 50656512 Query 107598 AAAAAGCGGTCGCCTCTCACTGGCACCTATTACCTCAACATAACCAGAGACTGTGAGCGC 107657 || |||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 50656511 AAGAAGCGGCTGCCTTTCACTGACACCTATTACCTCAACATAACCAGGGACTGTGAGCAG 50656452 Query 107658 TTCAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGTAAAGAAGAGCTAGACTTCCCC 107717 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 50656451 TTTAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGCAAAGAAGAGCTAGACTTCCCC 50656392 Query 107718 ATTGCCTACTCGATGGTGGTCCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGCTGCTGCGAGCC 107777 ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 50656391 ATTGCATACTCGATGGTGGTGCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGCTGCTGCGAGCT 50656332 Query 107778 GTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCACGTGGATGTGAAGTCCCCAGAGACTTTC 107837 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 50656331 GTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCATGTGGATGTGAAGTCCCCAGAAACTTTC 50656272 Query 107838 AAAGAGGCGGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAGTTG 107897 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 50656271 AAAGAGGCAGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAGTTG 50656212 Query 107898 GTCCCGGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAAGCTGACCTGAACTGTATGGAAGAC 107957 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 50656211 GTCCCCGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAGGCTGACCTGAACTGTATGGAAGAC 50656152 Query 107958 TTGCTCCAGAGCTCAGTGCCATGGAAGTACTTACTGAATACATGCGGGACAGACTTCCCC 108017 |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 50656151 TTGCTCCAGAGCTCGGTGCCATGGAAATACTTACTGAATACATGTGGGACAGACTTCCCC 50656092 Query 108018 ATAAAGACCAATGCCGAGATGGTCCTGGCCCTCAAGATGTTGAAGGGTAAGAACAGTATG 108077 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| Sbjct 50656091 ATAAAGACCAATGCCGAGATGGTCCTGGCCCTCAAGATGTTGAATGGGAAGAACAGTATG 50656032 Query 108078 GAGTCTGAGGTACCTTCTGAGTCCaaaaaaaaTCGCTGGAAATACCGCTATGAGGTGACA 108137 ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 50656031 GAGTCTGAGATACCTTCTGAGTACAAAAAAACTCGCTGGAAATACCACTATGAGGTGACA 50655972 Query 108138 GACACACTGTACCCTACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCCATGTTC 108197 |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 50655971 GACAGACTGTCCCTAACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCTATGTTC 50655912 Query 108198 ACAGGGAATGCCTATTTTGTGGCCTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGACAACCCT 108257 || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 50655911 ACGGGGAATGCCTATTTTGTGGCTTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGAGAACCCC 50655852 Query 108258 AAATCCCAAAGACTGGTTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCCGACGAACACCTCTGG 108317 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 50655851 AAATCCCAAAGACTGATTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCCGACGAACACCTCTGG 50655792 Query 108318 GCCACCCTTCAGCGTGCTCCGTGGATGCCTGGCTCTGTTCCTAGCCACCCCAAGTATCAC 108377 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| Sbjct 50655791 GCCACCCTTCAGCGTGCTCCATGGATGCCTGGCTCTATTCCCTACCACCCCAAGTATCAC 50655732 Query 108378 ATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTCGTCAAGTGGCAGTACCACGAGGGAGATGTC 108437 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 50655731 ATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTGGTCAAGTGGCAGGGCCACGAGGGAGATGTC 50655672 Query 108438 AGCATGGGGGCGCCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCGGAGGGCCATCTGCATTTAC 108497 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| Sbjct 50655671 AGCATGGGGGCACCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCAGCGGGCCATCTGCATTTAT 50655612 Query 108498 GGGGCCGGGGACCTGTACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTTGAC 108557 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 50655611 GGGGCCGGGGACCTGCACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTTGAC 50655552 Query 108558 CCGAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTACCTACGTCATAAGGCCATC 108617 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| Sbjct 50655551 CCAAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTATTTACGCCATAAGGCCATC 50655492 Query 108618 TATGGGACTGAACTTTGAGCTGCACTGT------------------GGGCCAGGGAC-TG 108658 |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| || Sbjct 50655491 TATGGGACTGAACTTTGATCTGTACTGTGGGCGGATCAATACCCGAGGGCCAGGGACATG 50655432 Query 108659 TGCCAACATGCCCAGGGCGTACTGGTACTGTGTGGGGTGGGGGACGAGGGCTGTGGAATC 108718 |||||||| | ||||||| | |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||| Sbjct 50655431 TGCCAACAGGGCCAGGGCATGCTGGTACTGTGTAGGGTGGGGGATGGGGGCTGTGGAATT 50655372 Query 108719 CATGGCATCCCCCAGGGTCAGAGGGCTGCTTT 108750 |||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 50655371 CATGGCATCCCCCAGGGTCAGAGGACTGCTTT 50655340 >seq13 Length=83176210 Score = 145 bits (160), Expect = 5e-30 Identities = 100/113 (88%), Gaps = 0/113 (0%) Strand=Plus/Plus Query 108751 GATGGGGTCAGGATGTTGGCTCCAGGAGAGGCCTGTTCACCCATGTCTCTTGGAGCTCCA 108810 ||| | ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||| Sbjct 74306294 GATAGTGTCAGGATGCTGGCTCCAGGAGATGTCTGTTCACCCATTTCTTCTGGAGCTCCA 74306353 Query 108811 CATATGAGAGTGTTGGGTAGGGTGATGTTTGGTCCCGAATTAACTTCTCTAAC 108863 | |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||| Sbjct 74306354 CGTATGAGTGTGTTGGGTATGGTGATGTTTGGCCCCGAATCAACTTCTCTAAC 74306406 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 347888923412052