Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Capra_20hircus_20[refseq_20GCF_5F001704415.1_202016-08-24] 29,907 sequences; 2,922,813,246 total letters Query= NC_002665.1 Length=108873 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq10 2507 0.0 seq13 145 5e-30 >seq10 Length=101087560 Score = 2507 bits (2780), Expect = 0.0 Identities = 1580/1712 (92%), Gaps = 32/1712 (2%) Strand=Plus/Plus Query 107071 GTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGACTAGCTGGTTTGCAGCATCAGGTTACAGATGTCCAT 107130 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| Sbjct 52494226 GTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGATCAGCTGGTTTGCAGCGTCAGGTTACAGATCTCCAT 52494285 Query 107131 CCACAAGGGTCTTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTATAGAAGACATCTATCTT 107190 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| Sbjct 52494286 CCACAAGGGTCCTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTAGAGAAGAAATCTGTCTT 52494345 Query 107191 TACCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTCT-------------GGATTAGTTTGTAAT 107237 | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 52494346 TGCCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTCATTGGGGATATTCCGGATTAGTTTGTAAC 52494405 Query 107238 TAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGATCTCCTCCTCCACCTTGCCTGTGCCCAAACTCTC 107297 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| Sbjct 52494406 TAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGATCTCCTCCTCCACCTTCCCTGTACCCAAACTCTA 52494465 Query 107298 CTGATCTCCCATCCCATGAAGATGGCTGGGTGGAAGAAGAAGCTTTGCCGGGGACATCAT 107357 |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| Sbjct 52494466 CTGACCTCCCATCCCATGAAGATGACTGGGTGGAAGAAGAAGCTCTGCCGGGGGCATCAT 52494525 Query 107358 CTGTGGGCCCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCCGTTGTTTCTCTGAGACTTTCCCTCAGG 107417 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| Sbjct 52494526 CTGTGGGCCCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCTGTTGTTGCTCTGAGGCTTTCTCTCAGG 52494585 Query 107418 TTTAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAGAGTCAGCACTGT 107477 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| Sbjct 52494586 TTGAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAAAGTCAGCGTTGT 52494645 Query 107478 AGGGACATGTTGTACAATAGCCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCTGGG 107537 |||||| | |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 52494646 AGGGACGTCTTGTACAAGAACCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCTGGG 52494705 Query 107538 ATCACGCGAGGGGACCAGGAAGCAGTGGTCCAGGCCCTCCTAGACAACCTGGAAGTGAAG 107597 ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| Sbjct 52494706 ATCACAAGAGGAGACCAGGAAGCAGTGGTCCAGGCTCTCCTGGACAACCTGGAAGTCAAG 52494765 Query 107598 AAAAAGCGGTCGCCTCTCACTGGCACCTATTACCTCAACATAACCAGAGACTGTGAGCGC 107657 || ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 52494766 AAGAAGCGGTTGCCTTTCACTGACACCTATTACCTCAACATAACCAGGGACTGTGAGCAG 52494825 Query 107658 TTCAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGTAAAGAAGAGCTAGACTTCCCC 107717 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 52494826 TTTAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGCAAAGAAGAGCTAGACTTCCCC 52494885 Query 107718 ATTGCCTACTCGATGGTGGTCCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGCTGCTGCGAGCC 107777 ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 52494886 ATTGCATACTCGATGGTGGTGCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGCTGCTGCGAGCT 52494945 Query 107778 GTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCACGTGGATGTGAAGTCCCCAGAGACTTTC 107837 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 52494946 GTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCATGTGGATGTGAAGTCCCCAGAAACTTTC 52495005 Query 107838 AAAGAGGCGGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAGTTG 107897 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 52495006 AAAGAGGCAGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAGTTG 52495065 Query 107898 GTCCCGGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAAGCTGACCTGAACTGTATGGAAGAC 107957 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 52495066 GTCCCCGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAGGCTGACCTGAACTGTATGGAAGAC 52495125 Query 107958 TTGCTCCAGAGCTCAGTGCCATGGAAGTACTTACTGAATACATGCGGGACAGACTTCCCC 108017 |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 52495126 TTGCTCCAGAGCTCGGTGCCATGGAAATACTTACTGAATACATGTGGGACAGACTTCCCC 52495185 Query 108018 ATAAAGACCAATGCCGAGATGGTCCTGGCCCTCAAGATGTTGAAGGGTAAGAACAGTATG 108077 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| Sbjct 52495186 ATAAAGACCAATGCCGAGATGGTCCTGGCCCTCAAGATGTTGAATGGGAAGAACAGTATG 52495245 Query 108078 GAGTCTGAGGTACCTTCTGAGTCCaaaaaaaaTCGCTGGAAATACCGCTATGAGGTGACA 108137 ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 52495246 GAGTCTGAGATACCTTCTGAGTACAAAAAAACTCGCTGGAAATACCACTATGAGGTGACA 52495305 Query 108138 GACACACTGTACCCTACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCCATGTTC 108197 |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 52495306 GACAGACTGTCCCTAACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCTATGTTC 52495365 Query 108198 ACAGGGAATGCCTATTTTGTGGCCTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGACAACCCT 108257 || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 52495366 ACGGGGAATGCCTATTTTGTGGCTTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGAGAACCCC 52495425 Query 108258 AAATCCCAAAGACTGGTTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCCGACGAACACCTCTGG 108317 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 52495426 AAATCCCAAAGACTGATTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCCGACGAACACCTCTGG 52495485 Query 108318 GCCACCCTTCAGCGTGCTCCGTGGATGCCTGGCTCTGTTCCTAGCCACCCCAAGTATCAC 108377 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| Sbjct 52495486 GCCACCCTTCAGCGTGCTCCATGGATGCCTGGCTCTATTCCCTACCACCCCAAGTATCAC 52495545 Query 108378 ATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTCGTCAAGTGGCAGTACCACGAGGGAGATGTC 108437 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 52495546 ATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTGGTCAAGTGGCAGGGCCACGAGGGAGATGTC 52495605 Query 108438 AGCATGGGGGCGCCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCGGAGGGCCATCTGCATTTAC 108497 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| Sbjct 52495606 AGCATGGGGGCACCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCAGCGGGCCATCTGCATTTAT 52495665 Query 108498 GGGGCCGGGGACCTGTACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTTGAC 108557 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 52495666 GGGGCCGGGGACCTGCACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTTGAC 52495725 Query 108558 CCGAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTACCTACGTCATAAGGCCATC 108617 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| Sbjct 52495726 CCAAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTATTTACGCCATAAGGCCATC 52495785 Query 108618 TATGGGACTGAACTTTGAGCTGCACTGT------------------GGGCCAGGGAC-TG 108658 |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| || Sbjct 52495786 TATGGGACTGAACTTTGATCTGTACTGTGGGCGGATCAATACCCGAGGGCCAGGGACATG 52495845 Query 108659 TGCCAACATGCCCAGGGCGTACTGGTACTGTGTGGGGTGGGGGACGAGGGCTGTGGAATC 108718 |||||||| | ||||||| | |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||| Sbjct 52495846 TGCCAACAGGGCCAGGGCATGCTGGTACTGTGTAGGGTGGGGGATGGGGGCTGTGGAATT 52495905 Query 108719 CATGGCATCCCCCAGGGTCAGAGGGCTGCTTT 108750 |||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 52495906 CATGGCATCCCCCAGGGTCAGAGGACTGCTTT 52495937 >seq13 Length=83034183 Score = 145 bits (160), Expect = 5e-30 Identities = 100/113 (88%), Gaps = 0/113 (0%) Strand=Plus/Plus Query 108751 GATGGGGTCAGGATGTTGGCTCCAGGAGAGGCCTGTTCACCCATGTCTCTTGGAGCTCCA 108810 ||| | ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||| Sbjct 72113587 GATAGTGTCAGGATGCTGGCTCCAGGAGATGTCTGTTCACCCATTTCTTCTGGAGCTCCA 72113646 Query 108811 CATATGAGAGTGTTGGGTAGGGTGATGTTTGGTCCCGAATTAACTTCTCTAAC 108863 | |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||| Sbjct 72113647 CGTATGAGTGTGTTGGGTATGGTGATGTTTGGCCCCGAATCAACTTCTCTAAC 72113699 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 348141858960918