Alignment viewer
BLASTN 2.6.0+
Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A.
Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J.
Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of
protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Database: Pantholops_20hodgsonii_20[refseq_20GCF_5F000400835.1_202013-05-28]
15,059 sequences; 2,696,886,330 total letters
Query= NC_002665.1
Length=108873
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
seq889 2497 0.0
seq13435 132 3e-26
>seq889
Length=2431656
Score = 2497 bits (2768), Expect = 0.0
Identities = 1578/1712 (92%), Gaps = 34/1712 (2%)
Strand=Plus/Minus
Query 107071 GTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGACTAGCTGGTTTGCAGCATCAGGTTACAGATGTCCAT 107130
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 2152209 GTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGATCAGCTGGTTTGCAGCGTCAGGTTACAGATCTCCAT 2152150
Query 107131 CCACAAGGGTCTTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTATAGAAGACATCTATCTT 107190
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 2152149 CCACAAGGGTTCTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTAGAGAAGAAATCTATCTT 2152090
Query 107191 TACCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTCT-------------GGATTAGTTTGTAAT 107237
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2152089 TGCCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTCATTGAGGATATTCCGGATTAGTTTGTAAC 2152030
Query 107238 TAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGATCTCCTCCTCCACCTTGCCTGTGCCCAAACTCTC 107297
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2152029 TAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGGTCTCCTCCTCCACCTTCCCTGTACCCAAACTCTA 2151970
Query 107298 CTGATCTCCCATCCCATGAAGATGGCTGGGTGGAAGAAGAAGCTTTGCCGGGGACATCAT 107357
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2151969 CTGACCTCCCATCCCATGAAGATGACTGGGTGGAAGAAGAAGCTCTGCCGGGGGCATCAT 2151910
Query 107358 CTGTGGGCCCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCCGTTGTTTCTCTGAGACTTTCCCTCAGG 107417
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||
Sbjct 2151909 CTGTGGGCCCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCTGTTGTTGCTCTGAGGCTTTCTCTCAGG 2151850
Query 107418 TTTAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAGAGTCAGCACTGT 107477
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 2151849 TTGAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAAAGTCAGCGTTGT 2151790
Query 107478 AGGGACATGTTGTACAATAGCCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCTGGG 107537
|||||| | |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2151789 AGGGACGTCTTGTACAAGAACCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCTGGG 2151730
Query 107538 ATCACGCGAGGGGACCAGGAAGCAGTGGTCCAGGCCCTCCTAGACAACCTGGAAGTGAAG 107597
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2151729 ATCACACGAGGGGACCAGGAAGCGGTGGTCCAGGCTCTCCTGGACAACCTGGAAGTCAAG 2151670
Query 107598 AAAAAGCGGTCGCCTCTCACTGGCACCTATTACCTCAACATAACCAGAGACTGTGAGCGC 107657
|| ||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2151669 AAGAAGCGGTTGCCTTTCACTGACACTTATTACCTCAACATAACCAGGGACTGTGAGCAG 2151610
Query 107658 TTCAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGTAAAGAAGAGCTAGACTTCCCC 107717
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2151609 TTTAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGCAAAGAAGAGCTAGACTTCCCC 2151550
Query 107718 ATTGCCTACTCGATGGTGGTCCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGCTGCTGCGAGCC 107777
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2151549 ATTGCATACTCGATGGTGGTCCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGTTGCTGCGAGCT 2151490
Query 107778 GTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCACGTGGATGTGAAGTCCCCAGAGACTTTC 107837
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2151489 GTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCATGTGGATGTGAAGTCCCCAGAAACTTTC 2151430
Query 107838 AAAGAGGCGGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAGTTG 107897
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2151429 AAAGAGGCAGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAGTTG 2151370
Query 107898 GTCCCGGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAAGCTGACCTGAACTGTATGGAAGAC 107957
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 2151369 GTCCCTGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAGGCCGACCTGAACTGTATGGAAGAC 2151310
Query 107958 TTGCTCCAGAGCTCAGTGCCATGGAAGTACTTACTGAATACATGCGGGACAGACTTCCCC 108017
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2151309 TTGCTCCAGAGCTCGGTGCCATGGAAATACTTACTGAATACATGTGGGACAGACTTCCCC 2151250
Query 108018 ATAAAGACCAATGCCGAGATGGTCCTGGCCCTCAAGATGTTGAAGGGTAAGAACAGTATG 108077
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2151249 ATAAAGACCAATGCCGAGATGGTCCTGGCCCTCAAGATGTTGAATGGGAAGAACAGTATG 2151190
Query 108078 GAGTCTGAGGTACCTTCTGAGTCCaaaaaaaaTCGCTGGAAATACCGCTATGAGGTGACA 108137
||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2151189 GAGTCTGAGATACCTTCTGAGTACAAAAAAACTCGCTGGAAATACCGCTACGAGGTGACA 2151130
Query 108138 GACACACTGTACCCTACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCCATGTTC 108197
|||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2151129 GACAAACTGTCCCTAACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCTATGTTC 2151070
Query 108198 ACAGGGAATGCCTATTTTGTGGCCTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGACAACCCT 108257
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2151069 ACGGGGAATGCCTATTTTGTGGCTTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGAGAACCCC 2151010
Query 108258 AAATCCCAAAGACTGGTTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCCGACGAACACCTCTGG 108317
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2151009 AAATCCCAAAGACTGATTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCCGACGAACACCTCTGG 2150950
Query 108318 GCCACCCTTCAGCGTGCTCCGTGGATGCCTGGCTCTGTTCCTAGCCACCCCAAGTATCAC 108377
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2150949 GCCACACTTCAGCGTGCTCCGTGGATGCCTGGCTCTGTTCCCTACCACCCCAAGTATCAC 2150890
Query 108378 ATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTCGTCAAGTGGCAGTACCACGAGGGAGATGTC 108437
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2150889 ATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTGGTCAAGTGGCAGGGCCACGAGGGAGATGTC 2150830
Query 108438 AGCATGGGGGCGCCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCGGAGGGCCATCTGCATTTAC 108497
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2150829 AGCATGGGGGCACCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCAGCGGGCCATCTGCATTTAT 2150770
Query 108498 GGGGCCGGGGACCTGTACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTTGAC 108557
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2150769 GGGGCCGGGGACCTGCACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTTGAC 2150710
Query 108558 CCGAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTACCTACGTCATAAGGCCATC 108617
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 2150709 CCAAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTATTTACGCCATAAGGCCATC 2150650
Query 108618 TATGGGACTGAACTTTGAGCTGCACTGT------------------GGGCCAGGGAC-TG 108658
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2150649 TATGGGACTGAACTTTGAGCTGTACTGTGGGCGGATCGATACCCGAGGGCCAGGGACATG 2150590
Query 108659 TGCCAACATGCCCAGGGCGTACTGGTACTGTGTGGGGTGGGGGACGAGGGCTGTGGAATC 108718
|||||||| ||||||| | |||||||||||| |||||||||| |||||| |||||
Sbjct 2150589 TGCCAACAGAGCCAGGGCATGCTGGTACTGTGTAGGGTGGGGGA--TGGGCTGCGGAATT 2150532
Query 108719 CATGGCATCCCCCAGGGTCAGAGGGCTGCTTT 108750
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2150531 CATGGCATCCCCCAGGGTCAGAGGGCTGCTTT 2150500
>seq13435
Length=492982
Score = 132 bits (146), Expect = 3e-26
Identities = 97/113 (86%), Gaps = 0/113 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 108751 GATGGGGTCAGGATGTTGGCTCCAGGAGAGGCCTGTTCACCCATGTCTCTTGGAGCTCCA 108810
||| | ||||||||| ||||||||| ||| | |||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 478023 GATAGTGTCAGGATGCTGGCTCCAGCAGATGTCTGTTCACCCATTTCTTCTGGAGCTCCA 478082
Query 108811 CATATGAGAGTGTTGGGTAGGGTGATGTTTGGTCCCGAATTAACTTCTCTAAC 108863
| |||||| |||||||||| |||||||||| | || |||| ||||||||||||
Sbjct 478083 CGTATGAGTGTGTTGGGTATGGTGATGTTTAGCCCTGAATCAACTTCTCTAAC 478135
Lambda K H
0.634 0.408 0.912
Gapped
Lambda K H
0.625 0.410 0.780
Effective search space used: 348204881682966
Made in 2017 by Kirill Kryukov This page is placed in public domain using CC0 |