Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Pantholops_20hodgsonii_20[refseq_20GCF_5F000400835.1_202013-05-28] 15,059 sequences; 2,696,886,330 total letters Query= NC_002665.1 Length=108873 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq889 2497 0.0 seq13435 132 3e-26 >seq889 Length=2431656 Score = 2497 bits (2768), Expect = 0.0 Identities = 1578/1712 (92%), Gaps = 34/1712 (2%) Strand=Plus/Minus Query 107071 GTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGACTAGCTGGTTTGCAGCATCAGGTTACAGATGTCCAT 107130 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| Sbjct 2152209 GTCCTAACTCCAGTCCCAGCATGATCAGCTGGTTTGCAGCGTCAGGTTACAGATCTCCAT 2152150 Query 107131 CCACAAGGGTCTTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTATAGAAGACATCTATCTT 107190 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| Sbjct 2152149 CCACAAGGGTTCTAGGCAGGACTTGACTGAGGATATTTGTCTAGAGAAGAAATCTATCTT 2152090 Query 107191 TACCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTCT-------------GGATTAGTTTGTAAT 107237 | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2152089 TGCCATCACTCTGGAGTTGAACTTGATGTTCATTGAGGATATTCCGGATTAGTTTGTAAC 2152030 Query 107238 TAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGATCTCCTCCTCCACCTTGCCTGTGCCCAAACTCTC 107297 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||| Sbjct 2152029 TAAAGGCATTTTGTTCTGTCCAAGGGTCTCCTCCTCCACCTTCCCTGTACCCAAACTCTA 2151970 Query 107298 CTGATCTCCCATCCCATGAAGATGGCTGGGTGGAAGAAGAAGCTTTGCCGGGGACATCAT 107357 |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| Sbjct 2151969 CTGACCTCCCATCCCATGAAGATGACTGGGTGGAAGAAGAAGCTCTGCCGGGGGCATCAT 2151910 Query 107358 CTGTGGGCCCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCCGTTGTTTCTCTGAGACTTTCCCTCAGG 107417 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| Sbjct 2151909 CTGTGGGCCCTGGGCTGCTATATGCTGCTGGCTGTTGTTGCTCTGAGGCTTTCTCTCAGG 2151850 Query 107418 TTTAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAGAGTCAGCACTGT 107477 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| Sbjct 2151849 TTGAAATGTGATGTAGATTCCTTGGATCTGGAGTCCAGGGACTTCCAAAGTCAGCGTTGT 2151790 Query 107478 AGGGACATGTTGTACAATAGCCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCTGGG 107537 |||||| | |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2151789 AGGGACGTCTTGTACAAGAACCTGAAGCTGCCAGCAAAGAGATCCATCAACTGTTCTGGG 2151730 Query 107538 ATCACGCGAGGGGACCAGGAAGCAGTGGTCCAGGCCCTCCTAGACAACCTGGAAGTGAAG 107597 ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| Sbjct 2151729 ATCACACGAGGGGACCAGGAAGCGGTGGTCCAGGCTCTCCTGGACAACCTGGAAGTCAAG 2151670 Query 107598 AAAAAGCGGTCGCCTCTCACTGGCACCTATTACCTCAACATAACCAGAGACTGTGAGCGC 107657 || ||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2151669 AAGAAGCGGTTGCCTTTCACTGACACTTATTACCTCAACATAACCAGGGACTGTGAGCAG 2151610 Query 107658 TTCAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGTAAAGAAGAGCTAGACTTCCCC 107717 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2151609 TTTAAGGCCCAAAGGAAGTTCATACAGTTCCCACTGAGCAAAGAAGAGCTAGACTTCCCC 2151550 Query 107718 ATTGCCTACTCGATGGTGGTCCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGCTGCTGCGAGCC 107777 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2151549 ATTGCATACTCGATGGTGGTCCATGAGAAGATTGAAAACTTTGAACGGTTGCTGCGAGCT 2151490 Query 107778 GTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCACGTGGATGTGAAGTCCCCAGAGACTTTC 107837 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2151489 GTGTATGCCCCTCAGAACATATACTGTGTCCATGTGGATGTGAAGTCCCCAGAAACTTTC 2151430 Query 107838 AAAGAGGCGGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAGTTG 107897 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2151429 AAAGAGGCAGTCAAGGCCATTATTTCCTGCTTCCCCAATGTCTTCATGGCCAGTAAGTTG 2151370 Query 107898 GTCCCGGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAAGCTGACCTGAACTGTATGGAAGAC 107957 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 2151369 GTCCCTGTGGTTTATGCCTCCTGGTCCAGAGTGCAGGCCGACCTGAACTGTATGGAAGAC 2151310 Query 107958 TTGCTCCAGAGCTCAGTGCCATGGAAGTACTTACTGAATACATGCGGGACAGACTTCCCC 108017 |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2151309 TTGCTCCAGAGCTCGGTGCCATGGAAATACTTACTGAATACATGTGGGACAGACTTCCCC 2151250 Query 108018 ATAAAGACCAATGCCGAGATGGTCCTGGCCCTCAAGATGTTGAAGGGTAAGAACAGTATG 108077 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| Sbjct 2151249 ATAAAGACCAATGCCGAGATGGTCCTGGCCCTCAAGATGTTGAATGGGAAGAACAGTATG 2151190 Query 108078 GAGTCTGAGGTACCTTCTGAGTCCaaaaaaaaTCGCTGGAAATACCGCTATGAGGTGACA 108137 ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2151189 GAGTCTGAGATACCTTCTGAGTACAAAAAAACTCGCTGGAAATACCGCTACGAGGTGACA 2151130 Query 108138 GACACACTGTACCCTACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCCATGTTC 108197 |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2151129 GACAAACTGTCCCTAACCAGCAAGATGAAGGACCCTCCCCCTGATAATTTACCTATGTTC 2151070 Query 108198 ACAGGGAATGCCTATTTTGTGGCCTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGACAACCCT 108257 || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2151069 ACGGGGAATGCCTATTTTGTGGCTTCTCGAGCCTTTGTCCAACATGTCTTAGAGAACCCC 2151010 Query 108258 AAATCCCAAAGACTGGTTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCCGACGAACACCTCTGG 108317 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2151009 AAATCCCAAAGACTGATTGAATGGGTCAAAGACACCTATAGCCCCGACGAACACCTCTGG 2150950 Query 108318 GCCACCCTTCAGCGTGCTCCGTGGATGCCTGGCTCTGTTCCTAGCCACCCCAAGTATCAC 108377 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2150949 GCCACACTTCAGCGTGCTCCGTGGATGCCTGGCTCTGTTCCCTACCACCCCAAGTATCAC 2150890 Query 108378 ATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTCGTCAAGTGGCAGTACCACGAGGGAGATGTC 108437 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2150889 ATCTCAGACATGACTGCCATCGCCAGGCTGGTCAAGTGGCAGGGCCACGAGGGAGATGTC 2150830 Query 108438 AGCATGGGGGCGCCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCGGAGGGCCATCTGCATTTAC 108497 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| Sbjct 2150829 AGCATGGGGGCACCTTATGCACCCTGCTCTGGAATCCATCAGCGGGCCATCTGCATTTAT 2150770 Query 108498 GGGGCCGGGGACCTGTACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTTGAC 108557 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2150769 GGGGCCGGGGACCTGCACTGGATTCTCCAGAACCATCACCTCTTGGCAAACAAGTTTGAC 2150710 Query 108558 CCGAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTACCTACGTCATAAGGCCATC 108617 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| Sbjct 2150709 CCAAGGGTGGATGATAACGTCCTGCAGTGCTTAGAAGAGTATTTACGCCATAAGGCCATC 2150650 Query 108618 TATGGGACTGAACTTTGAGCTGCACTGT------------------GGGCCAGGGAC-TG 108658 |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || Sbjct 2150649 TATGGGACTGAACTTTGAGCTGTACTGTGGGCGGATCGATACCCGAGGGCCAGGGACATG 2150590 Query 108659 TGCCAACATGCCCAGGGCGTACTGGTACTGTGTGGGGTGGGGGACGAGGGCTGTGGAATC 108718 |||||||| ||||||| | |||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| Sbjct 2150589 TGCCAACAGAGCCAGGGCATGCTGGTACTGTGTAGGGTGGGGGA--TGGGCTGCGGAATT 2150532 Query 108719 CATGGCATCCCCCAGGGTCAGAGGGCTGCTTT 108750 |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2150531 CATGGCATCCCCCAGGGTCAGAGGGCTGCTTT 2150500 >seq13435 Length=492982 Score = 132 bits (146), Expect = 3e-26 Identities = 97/113 (86%), Gaps = 0/113 (0%) Strand=Plus/Plus Query 108751 GATGGGGTCAGGATGTTGGCTCCAGGAGAGGCCTGTTCACCCATGTCTCTTGGAGCTCCA 108810 ||| | ||||||||| ||||||||| ||| | |||||||||||| ||| |||||||||| Sbjct 478023 GATAGTGTCAGGATGCTGGCTCCAGCAGATGTCTGTTCACCCATTTCTTCTGGAGCTCCA 478082 Query 108811 CATATGAGAGTGTTGGGTAGGGTGATGTTTGGTCCCGAATTAACTTCTCTAAC 108863 | |||||| |||||||||| |||||||||| | || |||| |||||||||||| Sbjct 478083 CGTATGAGTGTGTTGGGTATGGTGATGTTTAGCCCTGAATCAACTTCTCTAAC 478135 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 348204881682966