Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Carica_20papaya_20[genbank_20GCA_5F000150535.1_202008-05-06] 17,764 sequences; 369,781,828 total letters Query= NC_001416.1 Length=48502 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq4995 2069 0.0 seq4503 1855 0.0 >seq4995 Length=1147 Score = 2069 bits (2294), Expect = 0.0 Identities = 1147/1147 (100%), Gaps = 0/1147 (0%) Strand=Plus/Minus Query 29712 GTAAAGAAACAGTAAGATAATACTCAACCCGATGTTTGAGTACGGTCATCATCTGACACT 29771 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1147 GTAAAGAAACAGTAAGATAATACTCAACCCGATGTTTGAGTACGGTCATCATCTGACACT 1088 Query 29772 ACAGACTCTGGCATCGCTGTGAAGACGACGCGAAATTCAGCATTTTCACAAGCGTTATCT 29831 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1087 ACAGACTCTGGCATCGCTGTGAAGACGACGCGAAATTCAGCATTTTCACAAGCGTTATCT 1028 Query 29832 TTTACAAAACCGATCTCACTCTCCTTTGATGCGAATGCCAGCGTCAGACATCATATGCAG 29891 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1027 TTTACAAAACCGATCTCACTCTCCTTTGATGCGAATGCCAGCGTCAGACATCATATGCAG 968 Query 29892 ATACTCACCTGCATCCTGAACCCATTGACCTCCAACCCCGTAATAGCGATGCGTAATGAT 29951 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 967 ATACTCACCTGCATCCTGAACCCATTGACCTCCAACCCCGTAATAGCGATGCGTAATGAT 908 Query 29952 GTCGATAGTTACTAACGGGTCTTGTTCGATTAACTGCCGCAGAAACTCTTCCAGGTCACC 30011 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 907 GTCGATAGTTACTAACGGGTCTTGTTCGATTAACTGCCGCAGAAACTCTTCCAGGTCACC 848 Query 30012 AGTGCAGTGCTTGATAACAGGAGTCTTCCCAGGATGGCGAACAACAAGAAACTGGTTTCC 30071 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 847 AGTGCAGTGCTTGATAACAGGAGTCTTCCCAGGATGGCGAACAACAAGAAACTGGTTTCC 788 Query 30072 GTCTTCACGGACTTCGTTGCTTTCCAGTTTAGCAATACGCTTACTCCCATCCGAGATAAC 30131 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 787 GTCTTCACGGACTTCGTTGCTTTCCAGTTTAGCAATACGCTTACTCCCATCCGAGATAAC 728 Query 30132 ACCTTCGTAATACTCACGCTGCTCGTTGAGTTTTGATTTTGCTGTTTCAAGCTCAACACG 30191 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 727 ACCTTCGTAATACTCACGCTGCTCGTTGAGTTTTGATTTTGCTGTTTCAAGCTCAACACG 668 Query 30192 CAGTTTCCCTACTGTTAGCGCAATATCCTCGTTCTCCTGGTCGCGGCGTTTGATGTATTG 30251 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 667 CAGTTTCCCTACTGTTAGCGCAATATCCTCGTTCTCCTGGTCGCGGCGTTTGATGTATTG 608 Query 30252 CTGGTTTCTTTCCCGTTCATCCAGCAGTTCCAGCACAATCGATGGTGTTACCAATTCATG 30311 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 607 CTGGTTTCTTTCCCGTTCATCCAGCAGTTCCAGCACAATCGATGGTGTTACCAATTCATG 548 Query 30312 GAAAAGGTCTGCGTCAAATCCCCAGTCGTCATGCATTGCCTGCTCTGCCGCTTCACGCAG 30371 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 547 GAAAAGGTCTGCGTCAAATCCCCAGTCGTCATGCATTGCCTGCTCTGCCGCTTCACGCAG 488 Query 30372 TGCCTGAGAGTTAATTTCGCTCACTTCGAACCTCTCTGTTTACTGATAAGTTCCAGATCC 30431 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 487 TGCCTGAGAGTTAATTTCGCTCACTTCGAACCTCTCTGTTTACTGATAAGTTCCAGATCC 428 Query 30432 TCCTGGCAACTTGCACAAGTCCGACAACCCTGAACGACCAGGCGTCTTCGTTCATCTATC 30491 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 427 TCCTGGCAACTTGCACAAGTCCGACAACCCTGAACGACCAGGCGTCTTCGTTCATCTATC 368 Query 30492 GGATCGCCACACTCACAACAATGAGTGGCAGATATAGCCTGGTGGTTCAGGCGGCGCATT 30551 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 367 GGATCGCCACACTCACAACAATGAGTGGCAGATATAGCCTGGTGGTTCAGGCGGCGCATT 308 Query 30552 TTTATTGCTGTGTTGCGCTGTAATTCTTCTATTTCTGATGCTGAATCAATGATGTCTGCC 30611 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 307 TTTATTGCTGTGTTGCGCTGTAATTCTTCTATTTCTGATGCTGAATCAATGATGTCTGCC 248 Query 30612 ATCTTTCATTAATCCCTGAACTGTTGGTTAATACGCTTGAGGGTGAATGCGAATAATAAA 30671 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 247 ATCTTTCATTAATCCCTGAACTGTTGGTTAATACGCTTGAGGGTGAATGCGAATAATAAA 188 Query 30672 AAAGGAGCCTGTAGCTCCCTGATGATTTTGCTTTTCATGTTCATCGTTCCTTAAAGACGC 30731 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 187 AAAGGAGCCTGTAGCTCCCTGATGATTTTGCTTTTCATGTTCATCGTTCCTTAAAGACGC 128 Query 30732 CGTTTAACATGCCGATTGCCAGGCTTAAATGAGTCGGTGTGAATCCCATCAGCGTTACCG 30791 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 127 CGTTTAACATGCCGATTGCCAGGCTTAAATGAGTCGGTGTGAATCCCATCAGCGTTACCG 68 Query 30792 TTTCGCGGTGCTTCTTCAGTACGCTACGGCAAATGTCATCGACGTTTTTATCCGGAAACT 30851 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 67 TTTCGCGGTGCTTCTTCAGTACGCTACGGCAAATGTCATCGACGTTTTTATCCGGAAACT 8 Query 30852 GCTGTCT 30858 ||||||| Sbjct 7 GCTGTCT 1 >seq4503 Length=1033 Score = 1855 bits (2056), Expect = 0.0 Identities = 1031/1033 (99%), Gaps = 0/1033 (0%) Strand=Plus/Plus Query 37585 AGCTCAGGTGAGAACATCCCTGCCTGAACATGAGAAAAAACAGGGTACTCATACTCACTT 37644 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 AGCTTAGGTGAGAACATCCCTGCCTGAACATGAGAAAAAACAGGGTACTCATACTCACTT 60 Query 37645 CTAAGTGACGGCTGCATACTAACCGCTTCATACATCTCGTAGATTTCTCTGGCGATTGAA 37704 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 CTAAGTGACGGCTGCATACTAACCGCTTCATACATCTCGTAGATTTCTCTGGCGATTGAA 120 Query 37705 GGGCTAAATTCTTCAACGCTAACTTTGAGAATTTTTGCAAGCAATGCGGCGTTATAAGCA 37764 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 121 GGGCTAAATTCTTCAACGCTAACTTTGAGAATTTTTGTAAGCAATGCGGCGTTATAAGCA 180 Query 37765 TTTAATGCATTGATGCCATTAAATAAAGCACCAACGCCTGACTGCCCCATCCCCATCTTG 37824 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 TTTAATGCATTGATGCCATTAAATAAAGCACCAACGCCTGACTGCCCCATCCCCATCTTG 240 Query 37825 TCTGCGACAGATTCCTGGGATAAGCCAAGTTCAtttttctttttttCATAAATTGCTTTA 37884 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 TCTGCGACAGATTCCTGGGATAAGCCAAGTTCATTTTTCTTTTTTTCATAAATTGCTTTA 300 Query 37885 AGGCGACGTGCGTCCTCAAGCTGCTCTTGTGTTAATGGTTTCTTTTTTGTGCTCATACGT 37944 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 AGGCGACGTGCGTCCTCAAGCTGCTCTTGTGTTAATGGTTTCTTTTTTGTGCTCATACGT 360 Query 37945 TAAATCTATCACCGCAAGGGATAAATATCTAACACCGTGCGTGTTGACTATTTTACCTCT 38004 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 TAAATCTATCACCGCAAGGGATAAATATCTAACACCGTGCGTGTTGACTATTTTACCTCT 420 Query 38005 GGCGGTGATAATGGTTGCATGTACTAAGGAGGTTGTATGGAACAACGCATAACCCTGAAA 38064 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 GGCGGTGATAATGGTTGCATGTACTAAGGAGGTTGTATGGAACAACGCATAACCCTGAAA 480 Query 38065 GATTATGCAATGCGCTTTGGGCAAACCAAGACAGCTAAAGATCTCGGCGTATATCAAAGC 38124 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 GATTATGCAATGCGCTTTGGGCAAACCAAGACAGCTAAAGATCTCGGCGTATATCAAAGC 540 Query 38125 GCGATCAACAAGGCCATTCATGCAGGCCGAAAGAtttttttAACTATAAACGCTGATGGA 38184 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 GCGATCAACAAGGCCATTCATGCAGGCCGAAAGATTTTTTTAACTATAAACGCTGATGGA 600 Query 38185 AGCGTTTATGCGGAAGAGGTAAAGCCCTTCCCGAGTAACaaaaaaaCAACAGCATAAATA 38244 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 AGCGTTTATGCGGAAGAGGTAAAGCCCTTCCCGAGTAACAAAAAAACAACAGCATAAATA 660 Query 38245 ACCCCGCTCTTACACATTCCAGCCCTGAAAAAGGGCATCAAATTAAACCACACCTATGGT 38304 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 ACCCCGCTCTTACACATTCCAGCCCTGAAAAAGGGCATCAAATTAAACCACACCTATGGT 720 Query 38305 GTATGCATTTATTTGCATACATTCAATCAATTGTTATCTAAGGAAATACTTACATATGGT 38364 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 GTATGCATTTATTTGCATACATTCAATCAATTGTTATCTAAGGAAATACTTACATATGGT 780 Query 38365 TCGTGCAAACAAACGCAACGAGGCTCTACGAATCGAGAGTGCGTTGCTTAACAAAATCGC 38424 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 TCGTGCAAACAAACGCAACGAGGCTCTACGAATCGAGAGTGCGTTGCTTAACAAAATCGC 840 Query 38425 AATGCTTGGAACTGAGAAGACAGCGGAAGCTGTGGGCGTTGATAAGTCGCAGATCAGCAG 38484 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 AATGCTTGGAACTGAGAAGACAGCGGAAGCTGTGGGCGTTGATAAGTCGCAGATCAGCAG 900 Query 38485 GTGGAAGAGGGACTGGATTCCAAAGTTCTCAATGCTGCTTGCTGTTCTTGAATGGGGGGT 38544 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 GTGGAAGAGGGACTGGATTCCAAAGTTCTCAATGCTGCTTGCTGTTCTTGAATGGGGGGT 960 Query 38545 CGTTGACGACGACATGGCTCGATTGGCGCGACAAGTTGCTGCGATTCTCACCAATAAAAA 38604 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 961 CGTTGACGACGACATGGCTCGATTGGCGCGACAAGTTGCTGCGATTCTCACCAATAAAAA 1020 Query 38605 ACGCCCGGCGGCA 38617 ||||||||||||| Sbjct 1021 ACGCCCGGCGGCA 1033 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 155052085249152