Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Eragrostis_20tef_20[genbank_20GCA_5F000970635.1_202015-04-08] 13,883 sequences; 607,317,615 total letters Query= NC_005258.1 Length=14935 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq13765 1137 0.0 seq13747 937 0.0 seq13745 531 5e-147 >seq13765 Length=656 Score = 1137 bits (1260), Expect = 0.0 Identities = 656/677 (97%), Gaps = 21/677 (3%) Strand=Plus/Minus Query 11597 GGCAAAGAGTGGAGCAAAGAAAGTTACAAAGTCTTCCCCACGATCTAAGGGATATAAAAA 11656 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 656 GGCAAAGAGTGGAGCAAAGAAAGTTACAAAGTCTTCCCCACGATCTAAGGGATATAAAAA 597 Query 11657 AGTAAAACCGAAAGGCGGTGCTACGAATGGCGGAACTACAGGGACTCAAACTAAACGACA 11716 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 596 AGTAAAACCGAAAGGCGGTGCTACGAATGGCGGAACTACAGGGACTCAAACTAAACGACA 537 Query 11717 AGTTGAAGCAAGTATATGACAAGGCGTTATCCCTTGGTTTGCGATTCACAAGCGGATACC 11776 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 536 A--------------ATGACAAGGCGTTATCCCTTGGTTTGCGATTCACAAGCGGATACC 491 Query 11777 GCCCCGGTTCTACCGGACCAAGTGGGAGACCGGATAGCCATTCCCAAGGCATGGCTATGG 11836 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 490 GCCCCGGTTCTACCGGACCAAGTGGGAGACCGGATAGCCATTCCCAAGGCATGGCTATGG 431 Query 11837 ACTTCGCGGGTTCAAAAGATAAAATGGACGAATTTGCAAAATGGGCGAAAACGTCACCGC 11896 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 430 ACTTCGCGGGTTCAAAAGATAAAATGGACGAATTTGCAAAATGGGCGAAAACGTCACCGC 371 Query 11897 TATTTACGGAAGTGTTATGGCAAACGGCTGGGCACTACGATCATGTACACGTCGGGTGGC 11956 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 370 TATTTACGGAAGTGTTATGGCAAACGGCTGGGCACTACGATCATGTACACGTCGGGTGGC 311 Query 11957 AAGAGGGAAAACACCAAGCCGGAAAGATGTACGTAGGCGATAAAACATTGATAGACAGGC 12016 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 310 AAGAGGGAAAACACCAAGCCGGAAAGATG-------GCGATAAAACATTGATAGACAGGC 258 Query 12017 CAACGGGTGACGGTGGCGGTGCGCTAAGTACGGGTACGGCTTCCCCAAATTCCGACAAAG 12076 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 257 CAACGGGTGACGGTGGCGGTGCGCTAAGTACGGGTACGGCTTCCCCAAATTCCGACAAAG 198 Query 12077 GATTTATTACAAGTGCATTTATGGGAATCATACGCGCCGTTATGATCTTGGTGTTTTTAA 12136 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 197 GATTTATTACAAGTGCATTTATGGGAATCATACGCGCCGTTATGATCTTGGTGTTTTTAA 138 Query 12137 TTATAGCTGTATATTTCTTCTTCCAAGCCTTCCCAGATATGAAAGTAAAACTACTATAAG 12196 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 137 TTATAGCTGTATATTTCTTCTTCCAAGCCTTCCCAGATATGAAAGTAAAACTACTATAAG 78 Query 12197 GAGTTGAGAACATGACGAAGGATAATACATGGCGTGAGGTCACACTCACATTACCGCCTA 12256 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 77 GAGTTGAGAACATGACGAAGGATAATACATGGCGTGAGGTCACACTCACATTACCGCCTA 18 Query 12257 GAATGGCGTATACACAC 12273 ||||||||||||||||| Sbjct 17 GAATGGCGTATACACAC 1 >seq13747 Length=1152 Score = 937 bits (1038), Expect = 0.0 Identities = 552/582 (95%), Gaps = 29/582 (5%) Strand=Plus/Plus Query 4442 AGTCGAATGTACGTAAGTCATAAGACAGCACATCGCTATTTAATGCAATTGGAAAGTAAA 4501 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 AGTCGAATGTACGTAAGTCATAAGACAGCACATCGCTATTTAATGCAATTGGAAAGTAAA 60 Query 4502 GGACGTATTAGGAGAGTACATCAAAGACCTAGAGCCATCCAGTTGTTATAAGGAGGGAAA 4561 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 GGACGTATTAGGAGAGTACATCAAAGACCTAGAGCCATCCAGTTGTTATAAGGAGGGAAA 120 Query 4562 AGGTATGCGTGACAAATTGCTCGACTTTATCATCGAACTATCACAATCTAGCAAACAAGT 4621 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 AGGTATGCGTGACAAATTGCTCGACTTTATCATCGAACTATCACAATCTAGCAAACAAGT 180 Query 4622 CGTAAGCAAGTCGTATGTCATTGATAGACTGATGCAAGTAACAAAAGAAGACTACAAGGA 4681 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 CGTAAGCAAGTCGTATGTCATTGATAGACTGATGCAAGTAACAAAAGAAGACTACAAGGA 240 Query 4682 ACTAGAAAAGAATGTGGAGGGGAAGAAGGATGACTGATAAACAGTATGCGGATTGTTGGA 4741 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 ACTAGAAAAGAATGTGGAGGGGAAGAAGGATGACTGATAAACAGTATGCGGATTGTTGGA 300 Query 4742 AAGCATTAAGGAGACAAGCAAAACCGACATTACTTGAAACCATGAAGGCAATAGAGATTC 4801 |||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 301 AAGCATTAAGGAGACAAGCA-----------------------------AATAGAGATTC 331 Query 4802 TTGTTGAACAAGGAATAGTAGAAAAGGACTAGCAAAGTTGCTAGTCTTTTTTATTTGTCC 4861 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 332 TTGTTGAACAAGGAATAGTAGAAAAGGACTAGCAAAGTTGCTAGTCTTTTTTATTTGTCC 391 Query 4862 AAAATGACACACGTGTGACGTTATGCGGAACACTCGTTCGTATTATAGTATACATATAGC 4921 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 392 AAAATGACACACGCGTGACGTTATGCGGAACACTCGTTCGTATTATAGTATACATATAGC 451 Query 4922 GAACAAACATTCGATAAGGAGTGTGACAAAGTGGATGCTTTAACGGAACTAATCATAGCT 4981 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 452 GAACAAACATTCGATAAGGAGTGTGACAAAGTGGATGCTTTAACGGAACTAATCATAGCT 511 Query 4982 AACAATAAAGTGGAAATGCTTGTGCGTCATGCAACTACGATT 5023 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 512 AACAATAAAGTGGAAATGCTTGTGCGTCATGCAACTACGATT 553 Score = 681 bits (754), Expect = 0.0 Identities = 408/436 (94%), Gaps = 28/436 (6%) Strand=Plus/Plus Query 5824 CTATGTGAACCGATAGAGAACATGTTAGCAAAAACGTCAGCACTTGAAAAAGTCGGGGAA 5883 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 745 CTATGTGAACCGATAGAGAACATGTTAGCAAAAACGTCAGCACTTGAAAAAGTCGGGGAA 804 Query 5884 AATAGTGACGCGATTGCACTTGCTATCGCATGTTTTACAATCTTTGTACCAAAATTCTTG 5943 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 805 AATAGTGACGCGATTGCACTTGCTATCGCATGTTTTACAATCTTTGTACCAAAATTCTTG 864 Query 5944 ATGTGGAATGCCACACGAAAACAAAAGAAAGCGCAGGTGGTAACAAATTATGCTAAACCA 6003 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 865 ATGTGGAATGCCACACGAAAACAAAAGAAAGCGCAGGTGGTAACAAATTATGCTAAACCA 924 Query 6004 ATTCAACCTACCGGAAACGCCGGGGGAAACAAAACAAGAGAGACTGGAACAAGTAGCGGA 6063 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 925 ATTCAACCTACCGGAAACGCCGGGGGAAACAAAACAAGAGAGACTGGAACAAGTAGCGGA 984 Query 6064 CCAAGTGCTAGACCATCTACCGTTTCCGGTCAAAGTTTTAGCGGGGAACTCAATCAACTC 6123 |||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 985 CCAAGTGCTAGACCAT----------------------------GGAACTCAATCAACTC 1016 Query 6124 ATTCCGGCAAGCGCTCCATTTTGAGGACTTTGACGAGCAAATCGACAATGGTCTTGAAAA 6183 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1017 ATTCCGGCAAGCGCTCCATTTTGAGGACTTTGACGAGCAAATCGACAATGGTCTTGAAAA 1076 Query 6184 GCTGAAAGAAGTGATTGACTATGTCCAATACGGTACTTATCCGAGCGAGTAGGTGTATCT 6243 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1077 GCTGAAAGAAGTGATTGACTATGTCCAATACGGTACTTATCCGAGCGAGTAGGTGTATCT 1136 Query 6244 ATTCTATACCGCTAGG 6259 |||||||||||||||| Sbjct 1137 ATTCTATACCGCTAGG 1152 >seq13745 Length=323 Score = 531 bits (588), Expect = 5e-147 Identities = 323/349 (93%), Gaps = 26/349 (7%) Strand=Plus/Plus Query 8054 CAAATAAACAATCATTAAACTTTGTGGAAAACGTAGCAACAACAGCCGGTAAAGATAATG 8113 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 CAAATAAACAATCATTAAACTTTGTGGAAAACGTAGCAACAACAGCCGGTAAAGATAATG 60 Query 8114 AAATTCAATTTACCGTTCCGATCCCTGTAAGTTTAAATGACCGTGACCCTGTAGGTATGG 8173 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AAATTCAATTTACCGTTCCGATCCCTGTAAGTTTAAATGACCGTGACCCTGTAGGTATGG 120 Query 8174 TTATGTTACAAAACAATACGGCTAACGTGAATCTAACAGTATCCGTTGACCAACTAGCGA 8233 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 TTATGTTACAAAACAATACGGCTAACGTGAATCTAACAGTATCCGTTGACC--------- 171 Query 8234 ATGCGTACAAATTAAATGCGTCAAATAGTGACCAAGTGACATTTAAATCTATGTCCATTA 8293 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 172 -----------------GCGTCAAATAGTGACCAAGTGACATTTAAATCTATGTCCATTA 214 Query 8294 CACCTGTTATCGAAACGTTTTCGATTCCTTCTATCCCGGGCGGTCAACCGGATATGTCTG 8353 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 215 CACCTGTTATCGAAACGTTTTCGATTCCTTCTATCCCGGGCGGTCAACCGGATATGTCTG 274 Query 8354 TACTGAAACTCGTACAATCGAAGTCGGACTTATTCTCGGGCGGAGGACA 8402 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 275 TACTGAAACTCGTACAATCGAAGTCGGACTTATTCTCGGGCGGAGGACA 323 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 47665947329442