Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Naegleria_20fowleri_20[genbank_20GCA_5F000499105.1_202013-11-25] 574 sequences; 27,791,290 total letters Query= NC_007045.1 Length=15603 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq507 861 0.0 seq533 134 1e-27 >seq507 Length=5681 Score = 861 bits (954), Expect = 0.0 Identities = 549/597 (92%), Gaps = 0/597 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1045 TATACAGAAAAAGAGCAGAAGCAAGTTGTAAAATATATGCGTTCAAATGGACGATATAAG 1104 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| Sbjct 5085 TATACAGAAAAAGAGAAGAAGCAAGTTGTAAAATACATGCGTTCTAATGGTAGATATAAG 5144 Query 1105 CCCTACAATGTCATTGAACGCTTACAGGTTGATTTGTATCAAGCAAGTATTAAACAACGT 1164 | || | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5145 TCGTATGACGTCATTGAACGCTTACAGGTAGATTTGTATCAAGCAAGTATTAAACAACGT 5204 Query 1165 TCAGAACGTCAAAAACAAAGAAATATAGCAATTGAAAATAGCAAGATTGCACGAGTAAAT 1224 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5205 TCAGAACGTCAAAAACAAAGAAATATAGCAATTGAAAATAGCAAGATTGCACGAGTAAAT 5264 Query 1225 GCTTATCACCAATCTTCACATGTAAAAGTGGTGTAACAATGGATAAACAGCAAATAAAAG 1284 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 5265 GCTTATCATCAATCTTCACATGTAAAAGTGGTGTAACAATGGATAAAAAGCAAATAAAAA 5324 Query 1285 GCTTCGTTTGTGATTATCATGAGCGAACTAGAAGTGATGTATTAATAGATGATGATATAA 1344 | || || ||| ||||||| | | ||| | |||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 5325 GTTTTGTGAGTGCTTATCATAAACAAACAAAAAGTGATGTATTGATAGATGATGATATAA 5384 Query 1345 ATACTGATGAATTCTTTTCAATAGGTGATGAAAATTCTAATGAATGGATGGCAGACGATA 1404 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| Sbjct 5385 ATACTGATGAATTCTTTTCAATAGGTGATGAAGATTCTAATGAATGGGCAACAGACGATA 5444 Query 1405 ACATTGATGATCATATTGTAAAGAATCACTTAGAAATGATTGTTGACCAAGTAGCTAATG 1464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || | | Sbjct 5445 ATGTTGATGATCATATTGTAAAGAATCACTTAGAAATGATCGTTGATCAAGTGGCAACCG 5504 Query 1465 ATAAAGAGTTTTATATTTTCGATTCTTTAATACAAGGACGTAGTTTTAAAGATATTAGCA 1524 ||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||| |||| | |||||||||| Sbjct 5505 ATAAAGAGTTTTATATTTTTGAATCTCTTATACAAGGACGGAGTTATCAAGATATTAGTG 5564 Query 1525 ATGTCTTAGAGTGTTCAGAACAATCTGTAAGATTATGGTATGAAACCTTATTAGATAAAA 1584 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5565 ATGTCTTAGAGTGTTCAGAACAATCTGTAAGATTATGGTATGAAACCTTATTAGATAAAA 5624 Query 1585 TTGTGGAGGTTATAGAATGAGTGAGTTAACGGCAAAACAAGCGCGTTTTGTGAATGA 1641 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5625 TTGTGGAGGTGATAGAATGAGTGAGTTAACGGCAAAACAAGCGCGTTTTGTGAATGA 5681 Score = 838 bits (928), Expect = 0.0 Identities = 484/497 (97%), Gaps = 0/497 (0%) Strand=Plus/Plus Query 11948 TGGAGGTAACACATGGATAAAGAGCAACTTAAAAAGTATATATACGATTATGTAAAAGAA 12007 ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 198 TGGAGGTTACACATGGATAAAGAACAACTTAAAAAGACTATATACGATTATGTAAAAGAA 257 Query 12008 TATAAGGAGATACCGATATATCAGTTAGAAGATTTGTTTAAAGAAATGAATCACGACTAT 12067 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| Sbjct 258 TATAAGGAGATACCGATATATCAGTTAGAAGATTTGTTTGAAGAAATAAATCACGACTAT 317 Query 12068 ATAGGGAGAACCAGTGTCACACACGATAAGGATGAGAATATTGTGTTTTGGAGTGGATGG 12127 ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 318 ATAGGGAGAACTAGTATCACACACGATAAGGATGAGAATATTGTGTTTTGGAGTGGATGG 377 Query 12128 AACAAAATTACAATGTTTGCGCTGATTGAATTAGTTAAAAGTGAACAACTTGATTTAGTG 12187 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 378 AACAAAATTACAATGTTTGCGTTGATTGAATTAGTTAAAAGTGAACAACTTGATTTAGTG 437 Query 12188 TATAGAGGTAGTTTTGTAATGCGTTATTTGTTGGATGGTAGAGTTCCTAACTTACCATTA 12247 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 438 TATAGAGGTAGGTTTGTAATGCGTTATTTGTTGGATGGTAGAGTTCCTAATTTACCATTA 497 Query 12248 GCAATTTGTTATCCAGAAGATGGACAACAAACGGACGTGCCCTCATGGGTGCCTATGGTA 12307 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 498 GCTATTTGTTATCCAGAAGATGGACAACAAACGGACGTGCCCTCATGGGTGCCTATGGTA 557 Query 12308 TTAAGAATAAATAAAGAGGAGAAAATCAAATGAACATAGAAACTATCGTAAACCAATTTG 12367 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 558 TTAAGAATAAATAAAGAGGAGAAAATCAAATGAACATAGAAACTATTGTAAACCAATTTG 617 Query 12368 AAACACGAGCAGGCACGTTACTAAGGTACTACACAGGATTATTAGAACATAGTAAAGTGC 12427 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 618 AAACACGAGCAGGCACGTTACTAAGGTACTACACAGGATTATTAGAACATAGTAAAGTGC 677 Query 12428 AACCATGTTGCTTTAAG 12444 ||||||||||||||||| Sbjct 678 AACCATGTTGCTTTAAG 694 Score = 511 bits (566), Expect = 5e-141 Identities = 325/353 (92%), Gaps = 0/353 (0%) Strand=Plus/Plus Query 14050 TATTTAAATTATATAAAAAGGAGCAAGTGATATGAACATAGAAACTATTGTAAACCAATT 14109 |||| | | || ||||| ||||| || | | ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 556 TATTAAGAATAAATAAAGAGGAGAAAATCAAATGAACATAGAAACTATTGTAAACCAATT 615 Query 14110 TGAAACACGAGCAGCCACGTTATTAAGGTACTACACTGGATTATTAGAACATAGTAAAGT 14169 |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 616 TGAAACACGAGCAGGCACGTTACTAAGGTACTACACAGGATTATTAGAACATAGTAAAGT 675 Query 14170 ACAACCGTATTGCTTTAAGTTATATAATGATCCGTTTGATATGTGTTATGTGGTGATGAA 14229 ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||| Sbjct 676 GCAACCATGTTGCTTTAAGTTATATAATGATCCATTTGATATGGTTTACGTGGTAATGAA 735 Query 14230 TAGTAAGTTGTTTGGTCATGTATATATTAAAGATTGTAAAGTAAGGCAATCATTTGAATT 14289 |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 736 CAGTAAGTTATTCGGTCATGTATATATTAAAGATTGTAAAGTAAGGCAATCATTTGAATT 795 Query 14290 AGCGTCACCTAAGCACACTGAGGGGCTTATAAGAAGCATAGAAGGTCATTATGTAGGTTA 14349 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 796 AGCGTCACCTAAGCACACTGAGGGGCTTATAAGAAGCATAGAGGGGCATTATGTAGGTTA 855 Query 14350 TGAATTACATGATGGTAAACAGCTTTCTATTAGTGATGTGATGGCCAGTCAAT 14402 |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| Sbjct 856 TGAATTACATGACGGTAAACAGCTTTCTATTAGCGATATGATGGCCAGTCAAT 908 >seq533 Length=1078 Score = 134 bits (148), Expect = 1e-27 Identities = 146/189 (77%), Gaps = 5/189 (3%) Strand=Plus/Plus Query 2679 CGCTGAGAAACGACCTGTGTTGCAGTGGGGGATAAGATTGTGTAACTAGATATGCTAATC 2738 ||||| |||||| || |||| |||||| || | ||| |||||||||||| ||||| Sbjct 137 CGCTGGGAAACG-CCACTGTTACAGTGGAAGAGGAATTTGGATAACTAGATATGTTAATC 195 Query 2739 GTAAGTGTGACGTCGTGAAATACGACTTCAAACATCGCTGGTCAATCGATATTCGAGATT 2798 |||| |||| |||||||||| |||||||| |||||| | |||||| || || |||||| Sbjct 196 GTAAATGTGGCGTCGTGAAACACGACTTC-AACATCTTCGATCAATCTATCTTTGAGATT 254 Query 2799 GGTCGTAGATTAAAAC--ATGTGAAAAAATGACTTAGCACACGGAGAATTTGGTAAGTGG 2856 ||||| ||||| |||| |||| | |||| ||| ||| | ||| | | ||||||| | Sbjct 255 GGTCGAAGATTGAAACATATGTAAGAAAACGACATAGTTTATGGAAAGCTCGGTAAGTAG 314 Query 2857 CTTGAAAAA 2865 |||||||| Sbjct 315 -TTGAAAAA 322 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 49810869409292