Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Naegleria_20fowleri_20[genbank_20GCA_5F000499105.1_202013-11-25] 574 sequences; 27,791,290 total letters Query= NC_023500.1 Length=43301 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq554 1483 0.0 >seq554 Length=1012 Score = 1483 bits (1644), Expect = 0.0 Identities = 935/1001 (93%), Gaps = 8/1001 (1%) Strand=Plus/Plus Query 40997 TTTGTCTGTTTTATCAATGATATTTGCGTCTTTTAAAGCGTCTCTTACATTTTTCCACAA 41056 |||| |||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || Sbjct 15 TTTG-CTGTATTATCGATAATATTTGCTTCTTTCAAAGCATCTCTTACATTTTTCCATAA 73 Query 41057 TTCGCTATCTGTTATTTCAGAAGCTTTTGCAACGTTATTAATACCATTATAATTTGAAGA 41116 || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 74 GTCTCTATCTGTTATTTCAGAAGCCTTTGCAACGTTATTAATACCATTATAATTTGAAGA 133 Query 41117 AGAATGAAAACCTGAACCTACTGTTGTTAAAACTAAAGCACTTGCTATTAATGtttttgt 41176 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 134 AGAATGAAAACCTGAACCTACTGTTGTTAAAACTAAAGCACTTGCTATCAATGTTTTTGT 193 Query 41177 taatagttttttattcattttattttCTCCTATAACTTATTTGCAATCGATTACAAAGta 41236 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| Sbjct 194 TAATAGTTTTTTATTCATTTTATTTTCTCCTATAACTTATTTGCAATAGATTATAGAGTA 253 Query 41237 atttt--agaattattatttatgtaaatcaattaaataattattaacaaatccataaaat 41294 || | | ||| ||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 254 TTTATTAACAATAATTATTTATTTGAATTAATTAAATAATTATTAACAAATATATAAAAA 313 Query 41295 tttatCATTGAAATATAATAATTTTGAGCTAGAAATATTCGTCATTTATGCTATAATCGT 41354 ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 314 TTTATCATTGAAATATATTAATTTTAAGCAAGAAATATTCGTCATCTATGCTATAATCGT 373 Query 41355 TTTAGACACAGCAATGTGTTCAAATTTTCATCTATTCGTAAGTTAGCCTTCGGGCTGACT 41414 |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| Sbjct 374 TTTAGACACAGCAATGTGTTCAAAATTTAATCTATTTGTACGTTAGCCTTCGGGCTGACT 433 Query 41415 TTTTATTTCCATTATTCACATGTTAATCTTGTTGTTGTTTAGGCAGATACTTCGGTACTT 41474 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| Sbjct 434 TTTTATTTCCATTATTCACATGTTAATCTTGTTGTTATTTAGGCAGGTACTTCGGTACTT 493 Query 41475 GCCTAtttttttATGCAAATTTTAAAAAACACTTGACTAATAAACATTTGTTTAGTATAA 41534 ||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| Sbjct 494 GCCTATTTTTTTATGCAAATTA-AAAAAACACTCGCTTAATAAACACTTGTTTAGTATAA 552 Query 41535 TTATATTTGTAGGTTAGTTGATGACTTACAAATTATGTGTAAGGAGGTGAAAAGCCTCAT 41594 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 553 TTATATTTGTAGGTTAGTTGATGACTTACAAATTATGTGTAAGGAGGTGAAAAGCCTCAT 612 Query 41595 GCTAGACATAATAAAAACACTTCTAGAACATCAAGTATTGGCAGTACTGATAATTCCAGA 41654 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 613 GCTAGACATAATAAAAACACTTCTAGAACATCAAGTATTGGCAGTACTGATAATTCCAGA 672 Query 41655 AGTGTTAAAACAACTTAGAGAATGGCATCTCGGCTACCTAGACCGAAAGCCAAACAACAA 41714 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 673 AGTGTTAAAACAACTTAGAGAATGGCATCTCGGCTACCTAGACCGAAAGCCAAACAACAA 732 Query 41715 AGATTAACATTATGCTTGGAGCCTGATGGCTCCTCCTTACACTTATATAATATAATATTA 41774 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 733 AGATTAACATTATGCTTGGAGCCTGATGGCTCCTCCTTACACTTATATAATATAATATTA 792 Query 41775 TTTGGAGGTTTTCAATTATGACAGAACAAATGTATTTAATATTGTTTTTATTAAGCCTAC 41834 ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 793 TTTCGAGATTTTCAATTATGACAGAACAAATGTATTTAATATTGTTTTTATTAAGCCTAC 852 Query 41835 CATTGTTATTATTTATCGGGAGAAAAACACATTTTTATTGTTTAGATAAAAAGAATGGAC 41894 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 853 CATTGTTATTATTTATCGGGAGAAAAACACATTTTTATTGTTTAGATAAAAAGAATGGAC 912 Query 41895 GTAGATAATATGAG-TGATTATAAATTAAAAATAATTGAATTGATCAAAAGTGAT-ATAA 41952 |||| | || | ||| |||||| ||||| ||| ||| ||||||| |||| || Sbjct 913 GTAGTTTCGCTGGGAAAATTTTAAATT-TAAATACTTGGATTTATCAAAAATGATCGTAG 971 Query 41953 CA-GGTTACCAAATTCACAAACAAACTGGCGTAGCGCAATA 41992 || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 972 CATGGTTAGCAAATTCACAAACAAACTGGCGTAGCGCAATA 1012 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 138440656347444