Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Naegleria_20fowleri_20[genbank_20GCA_5F000499105.1_202013-11-25] 574 sequences; 27,791,290 total letters Query= NC_029010.1 Length=40592 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq554 1489 0.0 >seq554 Length=1012 Score = 1489 bits (1650), Expect = 0.0 Identities = 936/1001 (94%), Gaps = 8/1001 (1%) Strand=Plus/Plus Query 30346 TTTGTCTGTTTTATCAATGATATTTGCGTCTTTTAAAGCGTCTCTTACATTTTTCCACAA 30405 |||| |||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || Sbjct 15 TTTG-CTGTATTATCGATAATATTTGCTTCTTTCAAAGCATCTCTTACATTTTTCCATAA 73 Query 30406 TTCGCTATCTGTTATTTCAGAAGCTTTTGCAACGTTATTAATACCATTATAATTTGAAGA 30465 || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 74 GTCTCTATCTGTTATTTCAGAAGCCTTTGCAACGTTATTAATACCATTATAATTTGAAGA 133 Query 30466 AGAATGAAAACCTGAACCTACTGTTGTTAAAACTAAAGCACTTGCTATCAATGtttttgt 30525 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 134 AGAATGAAAACCTGAACCTACTGTTGTTAAAACTAAAGCACTTGCTATCAATGTTTTTGT 193 Query 30526 taatagttttttattcattttattttCTCCTATAACTTATTTGCAATCGATTACAAAGTA 30585 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| Sbjct 194 TAATAGTTTTTTATTCATTTTATTTTCTCCTATAACTTATTTGCAATAGATTATAGAGTA 253 Query 30586 ATTTT--AGAATTATTATTTATGTAAACCAATTAAATAATTATTAACAAATCCATAAAAT 30643 || | | ||| ||||||||| | || |||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 254 TTTATTAACAATAATTATTTATTTGAATTAATTAAATAATTATTAACAAATATATAAAAA 313 Query 30644 TTTATCATTGAAATATAATAATTTTGAGCTAGAAATATTCGTCATTTATGCTATAATCGT 30703 ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 314 TTTATCATTGAAATATATTAATTTTAAGCAAGAAATATTCGTCATCTATGCTATAATCGT 373 Query 30704 TTTAGACACAGCAATGTGTTCAAATTTTCATCTATTCGTAAGTTAGCCTTCGGGCTGACT 30763 |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| Sbjct 374 TTTAGACACAGCAATGTGTTCAAAATTTAATCTATTTGTACGTTAGCCTTCGGGCTGACT 433 Query 30764 TTTTATTTCCATTATTCACATGTTAATCTTGTTGTTGTTTAGGCAGGTACTTCGGTACTT 30823 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 434 TTTTATTTCCATTATTCACATGTTAATCTTGTTGTTATTTAGGCAGGTACTTCGGTACTT 493 Query 30824 GCCTAtttttttATGCAAATTTTAAAAAACACTTGACTAATAAACATTTGTTTAGTATAA 30883 ||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| Sbjct 494 GCCTATTTTTTTATGCAAATTA-AAAAAACACTCGCTTAATAAACACTTGTTTAGTATAA 552 Query 30884 TTATATTTGTAGGTTAGTTGATGACTTACAAATTATGTGTAAGGAGGTGAAAAGCCTCAT 30943 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 553 TTATATTTGTAGGTTAGTTGATGACTTACAAATTATGTGTAAGGAGGTGAAAAGCCTCAT 612 Query 30944 GCTAGACATAATAAAAACACTTCTAGAACATCAAGTATTGGCAGTACTGATAATTCCAGA 31003 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 613 GCTAGACATAATAAAAACACTTCTAGAACATCAAGTATTGGCAGTACTGATAATTCCAGA 672 Query 31004 AGTGTTAAAACAACTTAGAGAATGGCATCTCGGCTACCTAGACCGAAAGCCAAACAACAA 31063 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 673 AGTGTTAAAACAACTTAGAGAATGGCATCTCGGCTACCTAGACCGAAAGCCAAACAACAA 732 Query 31064 AGATTAACATTATGCTTGGAGCCTGATGGCTCCTCCTTACACTTATATAATATAATATTA 31123 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 733 AGATTAACATTATGCTTGGAGCCTGATGGCTCCTCCTTACACTTATATAATATAATATTA 792 Query 31124 TTTGGAGGTTTTCAATTATGACAGAACAAATGTATTTAATATTGTTTTTATTAAGCCTAC 31183 ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 793 TTTCGAGATTTTCAATTATGACAGAACAAATGTATTTAATATTGTTTTTATTAAGCCTAC 852 Query 31184 CATTGTTATTATTTATCGGGAGAAAAACACATTTTTATTGTTTAGATAAAAAGAATGGAC 31243 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 853 CATTGTTATTATTTATCGGGAGAAAAACACATTTTTATTGTTTAGATAAAAAGAATGGAC 912 Query 31244 GTAGATAATATGAG-TGATTATAAATTAAAAATAATTGAATTGATCAAAAGTGAT-ATAA 31301 |||| | || | ||| |||||| ||||| ||| ||| ||||||| |||| || Sbjct 913 GTAGTTTCGCTGGGAAAATTTTAAATT-TAAATACTTGGATTTATCAAAAATGATCGTAG 971 Query 31302 CA-GGTTACCAAATTCACAAACAAACTGGCGTAGCGCAATA 31341 || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 972 CATGGTTAGCAAATTCACAAACAAACTGGCGTAGCGCAATA 1012 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 129771915436152