Alignment viewer
BLASTN 2.6.0+
Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A.
Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J.
Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of
protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Database: Phytophthora_20nicotianae_20[genbank_20GCA_5F001482985.1_202015-12-
29] 5,317 sequences; 71,413,976 total letters
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Query 76 AAACTTCCATTGGCTGGA--AGCCAATAGTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACCATAG 132
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Query 133 TCGAT----GGGGCTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGACA 188
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Query 189 AATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTA 248
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Query 76 AAACTTCCATTGGCTGGA--AGCCAATAGTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACCATAG 132
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Query 133 TCGAT----GGGGCTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGACA 188
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Query 189 AATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTA 248
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Query 76 AAACTTCCATTGGCTGGA--AGCCAATAGTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACCATAG 132
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Query 133 TCGAT----GGGGCTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGACA 188
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Query 189 AATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTA 248
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Query 76 AAACTTCCATTGGCTGGA--AGCCAATAGTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACCATAG 132
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Query 133 TCGAT----GGGGCTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGACA 188
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Query 189 AATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTA 248
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Query 249 TCAATCTGTC 258
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Query 76 AAACTTCCATTGGCTGGA--AGCCAATAGTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACCATAG 132
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Query 133 TCGAT----GGGGCTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGACA 188
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Query 189 AATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTA 248
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Query 249 TCAATCTGTC 258
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Query 16 TCAGTGTAGCGCGCGTGCGGCCCAGAACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGCCTC 75
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Query 76 AAACTTCCATTGGCTGGA--AGCCAATAGTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACCATAG 132
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Query 133 TCGAT----GGGGCTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGACA 188
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Sbjct 1908 ATGGTAAGCGGAACTATTTAGCACGCGGAGGTCTCGTTCGTTAACGGAATTAACCAGACA 1967
Query 189 AATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTA 248
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Query 249 TCAATCTGTC 258
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Query 76 AAACTTCCATTGGCTGGA--AGCCAATAGTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACCATAG 132
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Sbjct 3125 CAACTTCCTTTGGTTTGATTACCCAAAAGTCCCTCTAAGAAGTCCACACACCTACCAAAA 3066
Query 133 TCGAT----GGGGCTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGACA 188
| | || |||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||
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Query 189 AATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTA 248
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query 249 TCAATCTGTC 258
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Query 16 TCAGTGTAGCGCGCGTGCGGCCCAGAACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGCCTC 75
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Query 76 AAACTTCCATTGGCTGGA--AGCCAATAGTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACCATAG 132
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Query 133 TCGAT----GGGGCTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGACA 188
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Query 189 AATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTA 248
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Query 249 TCAATCTGTC 258
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Query 76 AAACTTCCATTGGCTGGA--AGCCAATAGTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACCATAG 132
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Query 133 TCGAT----GGGGCTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGACA 188
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Query 189 AATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTA 248
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Query 249 TCAATCTGTC 258
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Query 76 AAACTTCCATTGGCTGGA--AGCCAATAGTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACCATAG 132
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Query 133 TCGAT----GGGGCTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGACA 188
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Query 189 AATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTA 248
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Sbjct 8649 AATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTC 8590
Query 249 TCAATCTGTC 258
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Query 76 AAACTTCCATTGGCTGGA--AGCCAATAGTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACCATAG 132
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Query 189 AATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTA 248
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 8659 AATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTC 8600
Query 249 TCAATCTGTC 258
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Sbjct 8599 TCAATCTGTC 8590
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Length=3371
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Query 16 TCAGTGTAGCGCGCGTGCGGCCCAGAACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGCCTC 75
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Sbjct 943 TCAGTGTAGCGCGCGTGCGGCCCAGAACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGCCTC 884
Query 76 AAACTTCCATTGGCTGGAAG-CCAATAGTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACCATAGT 133
||||||| |||| | || |||| ||||||||||||||| ||| |||| |||| |
Sbjct 883 CAACTTCCTTTGGTTTGATTACCAAAAGTCCCTCTAAGAAGTCCACACACCTACCAAAAA 824
Query 134 CGAT----GGGGCTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGACAA 189
| | || |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 823 TGGTAAGCGGAACTATTTAGCACGCGGAGGTCTCGTTCGTTAACGGAATTAACCAGACAA 764
Query 190 ATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTAT 249
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 763 ATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTCT 704
Query 250 CAATCTGTC 258
|||||||||
Sbjct 703 CAATCTGTC 695
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Query 16 TCAGTGTAGCGCGCGTGCGGCCCAGAACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGCCTC 75
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4682 TCAGTGTAGCGCGCGTGCGGCCCAGAACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGCCTC 4741
Query 76 AAACTTCCATTGGCTGGA--AGCCAATA-GTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACCATA 131
||||||| |||| | || | |||| | |||||||||||||| ||| |||| |||| |
Sbjct 4742 CAACTTCCTTTGGTTTGATTACCCAAAAAGTCCCTCTAAGAAGTCCACACACCTACCAAA 4801
Query 132 GTCGAT----GGGGCTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGAC 187
| | || |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4802 AATGGTAAGCGGAACTATTTAGCACGCGGAGGTCTCGTTCGTTAACGGAATTAACCAGAC 4861
Query 188 AAATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCT 247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4862 AAATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCT 4921
Query 248 ATCAATCTGTC 258
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Sbjct 4922 CTCAATCTGTC 4932
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Length=5267
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Query 16 TCAGTGTAGCGCGCGTGCGGCCCAGAACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGCCTC 75
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1033 TCAGTGTAGCGCGCGTGCGGCCCAGAACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGCCTC 974
Query 76 AAACTTCCATTGGCTGGA--AGCCAATAGTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACCATAG 132
||||||| |||| | || | |||| ||||| ||||||||| ||| |||| |||| |
Sbjct 973 CAACTTCCTTTGGTTTGATTACCCAAAAGTCC-TCTAAGAAGTCCACACACCTACCAAAA 915
Query 133 TCGAT----GGGGCTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGACA 188
| | || |||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 914 ATGGTAAGCGGAACTATTTAGCACGCGGAGGTCTCGTTCGTTAACGGAATTAACCAGACA 855
Query 189 AATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTA 248
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Sbjct 854 AATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTC 795
Query 249 TCAATCTGTC 258
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Sbjct 794 TCAATCTGTC 785
>seq2691
Length=5787
Score = 306 bits (338), Expect = 6e-81
Identities = 220/250 (88%), Gaps = 8/250 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 TCAGTGTAGCGCGCGTGCGGCCCAGAACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGCCTC 75
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Sbjct 5231 TCAGTGTAGCGCGCGTGCGGCCCAGAACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGCCTC 5290
Query 76 AAACTTCCATTGGCTGGA--AGCCAATAGTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACC---- 128
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Sbjct 5291 CAACTTCCTTTGGTTTGATTACCCAAAAGTCCCTCTAAGAAGTCCACACACCTACCAAAA 5350
Query 129 ATAGTCGATGGGGCTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGACA 188
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Sbjct 5351 ATGGTAAGCGGAACTATTTAGCACGCGGAGGTCTCGTTCGTTAACGGAATTAACCAGACA 5410
Query 189 AATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTA 248
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Sbjct 5411 AATCACTCCACCAACTAA-AACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTC 5469
Query 249 TCAATCTGTC 258
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Sbjct 5470 TCAATCTGTC 5479
>seq4602
Length=2710
Score = 300 bits (332), Expect = 3e-79
Identities = 214/243 (88%), Gaps = 7/243 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 TCAGTGTAGCGCGCGTGCGGCCCAGAACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGCCTC 75
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Sbjct 2468 TCAGTGTAGCGCGCGTGCGGCCCAGAACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGCCTC 2527
Query 76 AAACTTCCATTGGCTGGA--AGCCAATAGTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACCATAG 132
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Sbjct 2528 CAACTTCCTTTGGTTTGATTACCCAAAAGTCCCTCTAAGAAGTCCACACACCTACCAAAA 2587
Query 133 TCGAT----GGGGCTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGACA 188
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Sbjct 2588 ATGGTAAGCGGAACTATTTAGCACGCGGAGGTCTCGTTCGTTAACGGAATTAACCAGACA 2647
Query 189 AATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTA 248
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Sbjct 2648 AATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTC 2707
Query 249 TCA 251
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Sbjct 2708 TCA 2710
>seq1711
Length=9635
Score = 282 bits (312), Expect = 7e-74
Identities = 216/249 (87%), Gaps = 10/249 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 TCAGTGTAGCGCGCGTGCGGCCCAGAACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGCCTC 75
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Sbjct 2020 TCAGTGTAGCGCGCGTGCGGCCCAGAACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGCCTC 2079
Query 76 AAACTTCCATTGGCTGGAAG-CCAATAGTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACCATAGT 133
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Sbjct 2080 CAACTTCCTTTGGTTTGATTACCAAAAGTCCCT--AAGAAGTCCACACACCTACCAAAAA 2137
Query 134 CGAT----GGGGCTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGACAA 189
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Sbjct 2138 TGGTAAGCGGAACTATTTAGCACGCGGAGGTCTCGTTCGTTAACGGAATTAACCAGACAA 2197
Query 190 ATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTAT 249
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Sbjct 2198 ATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCA-CACCCATAGAATCAAG-AAGAGCTCT 2255
Query 250 CAATCTGTC 258
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Sbjct 2256 CAATCTGTC 2264
>seq3177
Length=4732
Score = 269 bits (298), Expect = 4e-70
Identities = 216/252 (86%), Gaps = 14/252 (6%)
Strand=Plus/Minus
Query 16 TCAGTGTAGCGCGCGTGCGGCCCAGAACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGCCTC 75
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Sbjct 376 TCAGTGTAGCGCGCG--CGGCCCAGAACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGCCTC 319
Query 76 AAACTTCCATTGGCTGGA--AGCCAATA-GTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACCATA 131
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Sbjct 318 CAACTTCCTTTGGTTTGATTACCCAAAAAGTCCCTCTAAGAAGTCCACACACCTACCAAA 259
Query 132 GTCGAT----GGGGCTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGAC 187
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Sbjct 258 AATGGTAAGCGGAACTATTTAGCACGCGGAGGTCTCGTTCGTTAACGGAATTAACCAGAC 199
Query 188 AAATCACTCCACCAACTAAGAAC-GGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGC 246
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Sbjct 198 AAATCACTCCACCAACTAAGAACGGGCCA--CACCA-CACCCATAGAATCAAGAAAGAGC 142
Query 247 TATCAATCTGTC 258
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Sbjct 141 TCTCAATCTGTC 130
>seq3573
Length=4035
Score = 205 bits (226), Expect = 1e-50
Identities = 159/187 (85%), Gaps = 7/187 (4%)
Strand=Plus/Minus
Query 79 CTTCCATTGGCTGGA--AGCCAATAGTCCCTCTAAGAAG-CCAGCCACCAACCATAGTCG 135
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Sbjct 2254 CTTCCTTTGGTTTGATTACCCAAAAGTCCCTCTAAGAAGTCCACACACCTACCAAAAATG 2195
Query 136 AT----GGGGCTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGACAAAT 191
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Sbjct 2194 GTAAGCGGAACTATTTAGCACGCGGAGGTCTCGTTCGTTAACGGAATTAACCAGACAAAT 2135
Query 192 CACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTATCA 251
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Sbjct 2134 CACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTCTCA 2075
Query 252 ATCTGTC 258
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Sbjct 2074 ATCTGTC 2068
>seq3604
Length=3974
Score = 87.8 bits (96), Expect = 3e-15
Identities = 56/61 (92%), Gaps = 0/61 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 142 CTATTTAGCAGGTTAAGGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGACAAATCACTCCACCA 201
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Sbjct 3176 CTATTTAGCACGCGGAGGTCTCGTTCGTTAACGGAATTAACCAGACAAATCACTCCACCA 3117
Query 202 A 202
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Sbjct 3116 A 3116
Lambda K H
0.634 0.408 0.912
Gapped
Lambda K H
0.625 0.410 0.780
Effective search space used: 796758958077
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