Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Pan_20paniscus_20[refseq_20GCF_5F000258655.2_202015-08-18] 10,274 sequences; 3,286,643,896 total letters Query= NC_005964.2 Length=18855 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq2261 1563 0.0 seq1633 890 0.0 >seq2261 Length=1041 Score = 1563 bits (1732), Expect = 0.0 Identities = 962/1046 (92%), Gaps = 5/1046 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1066 GTGAAATGCTTTATGGTGAAATTCCATCATTTGAAACAATTATGAATGGGCTAAAAAATT 1125 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 GTGAAATGCTTTATGGTGAAATTCCATCATTTGAAACAATTATGAATGGGCTAAAAAATT 60 Query 1126 AGAAAAAGAAATACATAAATTAGGACAAATTAAGTAAATTTTTGTTCGCTAACTAATAGC 1185 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AGAAAAAGAAATACATAAATTAGGACAAATTAAGTAAATTTTTGTTCGCTAACTAATAGC 120 Query 1186 GAACTTTTCTTTATTTATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGA 1245 |||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 121 GAACTTTTCTTTATTTATCACTTTATTTTCTACTTTATTTATTAATCTTTTAAAATTTGA 180 Query 1246 AANNNNNNNNNNNNNNCTAGACTTAAAATTGATTCTTTATTTGCAAATTATAAAAATAAG 1305 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 AATAAAATTTAAAA--CTAGACTTAAAATTGATTCTTTATTTGCAAATTATAAAAATAAG 238 Query 1306 ATAATGtttttttAGGCATTATCTTATTTTGTTCTGCAATATTATTAGGTGTTAATGTAA 1365 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 239 ATAATGTTTTTTTAGGCATTATCTTATTTTGTTCTGCAATATTATTAGGTGTTAATGTAA 298 Query 1366 GGTCAATTCCTTTCTATTGAGAAAGAGAGAATTTACACAAAATTCTAAACAATCTCCTCC 1425 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 299 GGTCAATTCCTTTCTATTGAGAAAGAGAGAATTTACACAAAATTCTAAACAATCTCCTCC 358 Query 1426 CTTAAATTTTTCATAATCTAATTATGAAGCTAATTGAATAAGTCGCTTTTACTTTTTATA 1485 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 359 CTTAAATTTTTCATAATCTAATTATGAAGCTAATTGAATAAGTCGCTTTTACTTTTTATA 418 Query 1486 TAATTTGCACAAAATATCTATAAAAAAGGGTAATTGGTAAATTATAAGTTGTAACTTATT 1545 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 419 TAATTTGCACAAAATATCTATAAAAAAGGGTAATTGGTAAATTATAAGTTGTAACTTATT 478 Query 1546 ATGGTCCAATTGCCattttttcttaagccatttctttcgatcaagtttttatttttaagc 1605 |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 479 ATGGTCCAATTGCCATTTTTTCTTGATCCATTTCTTTCGATCAAGTTTTTATTTTTAAGC 538 Query 1606 tggttaataatttttttaaTATATCCTTCGCTCAAAGATAAGGTACTGCTTAATTGATTT 1665 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 539 TGGTTAATAATTTTTTTAATATATCCTTCGCTCAAAGATAAGGTACTGCTTAATTGATTT 598 Query 1666 ATTGTTATGTTTGATTCTTTTTCTATAGTTTTAATTACTTTGATTTGATTATCNNNNNNN 1725 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 599 ATTGTTATGTTTGATTC-TTTTCTATAGTTTTAATTACTTTGATTTGATTATCATTTAAA 657 Query 1726 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCTTTTAAATCCTTTACGATTAAAAGGAATTTTT 1785 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 658 TTATTTTTATTTTCTTTTTCATTTATTCTTTTAAATCCTTTACGATTAAAAGGAATTTTT 717 Query 1786 ACTCAAATTGTATTTTCGTCAATTTCAAATGCTTCTTCACCGTATTTTTTAACAATTAAA 1845 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 718 ACTCAAATTGTATTTTCGTCAATTTCAAATGCTTCTTCACCGTATTTTTTAACAATTAAA 777 Query 1846 GGCACTCCATGTCCAGTTTGTTCAACTAGATCCAATTGCATAAAAATTTTTTGTAATTTT 1905 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 778 GGCACTCCATGTCCAGTTTGTTCAACTAGATCCAATTGCATAAAAA-TTTTTGTAATTTT 836 Query 1906 TCATTTACTGGTCTACTTACGCCTTTGAAAAATTTCTCTTTAGTCATATTTCTAGGAATT 1965 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 837 TCATTTACTGGTCTACTTACGCCTTTGAAAAATTCCTCTTTAGTCATATTTCTAGGAATT 896 Query 1966 CCGCCATTTGATTCTATTTGAATATAGTCTTTGAATATATTAACTTGAGGTGGGTATTTT 2025 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 897 CCGCCATTTGATTCTATTTGAATATAGTCTTTGAATATATTAACTTGAGGTGGGTATTTT 956 Query 2026 TCATCTCAACGATTATGAATGCATGCATTTAGTCACGCTTCTCTAAAACACTCAAAATTA 2085 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 957 TCATCTCAACGATTATGAATGCATGCATTTAGTCACGCTTCTCTAAAACACTC-AAATTA 1015 Query 2086 AATAATTTTTGTTCACTCCTGGTTGC 2111 |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1016 AATAATTTTTGTTCACTCCTGGTTGC 1041 >seq1633 Length=2573 Score = 890 bits (986), Expect = 0.0 Identities = 526/538 (98%), Gaps = 10/538 (2%) Strand=Plus/Minus Query 1 AAGCTTTAGGCAAAGGCAAAGTTACAAAGTATGAA-CTAACTATTTAAAAAAGAAATTGT 59 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| Sbjct 536 AAGCTTTAGGCAAAGGCAAAGTTACAAAGTATGAAACTAACTATTTAAAAAAGAA-TTGT 478 Query 60 CTATAGAAGATaaaaaaaCTTTACTAAGAGATTGCAGAATGGCAAGTAACTGGGTTTACA 119 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 477 CTATAGAAGATAAAAAAACTTTACTAAGAGATTGCAGAATGGCAAGTAACTGGGTTTACA 418 Query 120 ATGaaatagagaaaatttgtgaggtgcaataaaaat--attcaaatttaaaaaa-gttaa 176 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| Sbjct 417 ATGAAATAGAGAAAATTTGTGAGGTGCAATAAAAAATAATTCAAATTTAAAAAAAGTTAA 358 Query 177 t--aaaaatgaaatgataaaaacaa-ttgaaaatgcacatcatataacaaaaattgaaaa 233 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 357 ATAAAAAATGAAATGATAAAAACAAATTGAAAATGCACATCATATAACAAAAATTGAAAA 298 Query 234 atcaatatttgaaaaaGATTACTGAATTTGTGCTCCACTTAATTTTCTTTTT-AATGAAA 292 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 297 ATCAATATTTGAAAAAGATTACTGAATTTGTGCTCCACTTAATTTTCTTTTTTAATGAAA 238 Query 293 GCAAATGAAAAGACAAAATAATTTTTAAAGGAGGTACAAGCCTATCAAAATGTTATAACT 352 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 237 GCAAATGAAAAGACAAAATAATTTTTAAAGGAGGTACAAGCCTATCAAAATGTTATAACT 178 Query 353 TAATTGAAAGATTTTCTGAAGATATTGATTTAATATTAAATTGAAATGTGCTTAATCTAA 412 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 177 TAATTGAAAGATTTTCTGAAGATATTGATTTAATATTAAATTGAAATGTGCTTAATCTAA 118 Query 413 AAACAGATGAAGTGTGAAAAGAAAGATCAATTACAGCACAAGACAAATTTAATAAACAAG 472 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 117 AAACAGATGAAGTGTGAAAAGAAAGATCAATTACAGCACAAGACAAATTTAATAAACAAG 58 Query 473 TaaaaaaaCAACTTATGACTTTTTAACTATACATTTTGTTAATGAATTGCAAAATTAT 530 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 57 T-AAAAAACAACTTATGACTTTTTAACTATACATTTTGTTAATGAATTGCAAAATTAT 1 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 60210446563116