Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Clunio_20marinus_20[genbank_20GCA_5F900005825.1_202016-11-28] 23,763 sequences; 85,491,412 total letters Query= NC_001422.1 Length=5386 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq252 2958 0.0 >seq252 Length=3317 Score = 2958 bits (3280), Expect = 0.0 Identities = 1652/1660 (99%), Gaps = 0/1660 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 GAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACACTTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAA 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1658 GAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACACTTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAA 1717 Query 61 AAATTATCTTGATAAAGCAGGAATTACTACTGCTTGTTTACGAATTAAATCGAAGTGGAC 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1718 AAATTATCTTGATAAAGCAGGAATTACTACTGCTTGTTTACGAATTAAATCGAAGTGGAC 1777 Query 121 TGCTGGCGGAAAATGAGAAAATTCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTT 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1778 TGCTGGCGGAAAATGAGAAAATTCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTT 1837 Query 181 GCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAG 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1838 GCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAG 1897 Query 241 TGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1898 TGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTT 1957 Query 301 CATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGAT 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1958 CATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGAT 2017 Query 361 GCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTT 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2018 GCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTT 2077 Query 421 TCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCG 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2078 TCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCG 2137 Query 481 AAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAAAGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTG 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2138 AAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAAAGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTG 2197 Query 541 CTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCGCT 600 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2198 CTCGTCGCTGCATTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTAGGATACCCTCGCT 2257 Query 601 TTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACA 660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2258 TTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACA 2317 Query 661 TTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCG 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2318 TTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCG 2377 Query 721 TCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGAA 780 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2378 TCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGAA 2437 Query 781 ACACTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACGTGCGGAAGGAG 840 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2438 ACACTGACGTTCTAACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACGTGCAGAAGGAG 2497 Query 841 TGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTT 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2498 TGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTT 2557 Query 901 GCGAGGTACTAAAGGCAAGCGTAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATGTAGGTGGTCAACAATT 960 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2558 GCGAGGTACTAAAGGCAAGCGTAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATGTAGGTGGTCAACAATT 2617 Query 961 TTAATTGCAGGGGCTTCGGCCCCTTACTTGAGGATAAATTATGTCTAATATTCAAACTGG 1020 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2618 TTAATTGCAGGGGCTTCGGCCCCTTACTTGAGGATAAATTATGTCTAATATTCAAACTGG 2677 Query 1021 CGCCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCTTGCTGGTCAGATTGGTCG 1080 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2678 CGCCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCCTGGCTTCCTTGCTGGTCAGATTGGTCG 2737 Query 1081 TCTTATTACCATTTCAACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGT 1140 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2738 TCTTATTACCATTTCAACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGT 2797 Query 1141 TGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTGCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTACTGTAGACAT 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2798 TGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTGCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTACTGTAGACAT 2857 Query 1201 TTTTACTTTTTATGTCCCTCATCGTCACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAA 1260 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2858 TTTTACTTTTTATGTCCCTCATCGTCACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAA 2917 Query 1261 GGATGGTGTTAATGCCACTCCTCTCCCGACTGTTAACACTACTGGTTATATTGACCATGC 1320 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2918 GGCTGGTGTTAATGCCACTCCTCTCCCGACTGTTAACACTGCTGGTTATATTGACCATGC 2977 Query 1321 CGCTTTTCTTGGCACGATTAACCCTGATACCAATAAAATCCCTAAGCATTTGTTTCAGGG 1380 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2978 CGCTTTTCTTGGCACGATTAACCCTGATACCAATAAAATCCCTAAGCATTTGTTTCAGGG 3037 Query 1381 TTATTTGAATATCTATAACAACTATTTTAAAGCGCCGTGGATGCCTGACCGTACCGAGGC 1440 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3038 TTATTTGAATATCTATAACAACTATTTTAAAGCGCCGTGGATGCCTGACCGTACCGAGGC 3097 Query 1441 TAACCCTAATGAGCTTAATCAAGATGATGCTCGTTATGGTTTCCGTTGCTGCCATCTCAA 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3098 TAACCCTAATGAGCTTAATCAAGATGATGCTCGTTATGGTTTCCGTTGCTGCCATCTCAA 3157 Query 1501 AAACATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACTGAGCTTTCTCGCCAAATGACGACTTC 1560 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 3158 AAACATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACTGAGCTTTCTCGACAAATGACGACTTC 3217 Query 1561 TACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAAGCTGCTTATGCTAATTTGCATACTGACCA 1620 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3218 TACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAAGCTGCTTATGCTAATTTGCATACTGACCA 3277 Query 1621 AGAACGTGATTACTTCATGCAGCGTTACCATGATGTTATT 1660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3278 AGAACGTGATTACTTCATGCAGCGTTACCATGATGTTATT 3317 Score = 1618 bits (1794), Expect = 0.0 Identities = 903/907 (99%), Gaps = 0/907 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 GAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACACTTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAA 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 48 GAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACACTTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAA 107 Query 61 AAATTATCTTGATAAAGCAGGAATTACTACTGCTTGTTTACGAATTAAATCGAAGTGGAC 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 108 AAATTATCTTGATAAAGCAGGAATTACTACTGCTTGTTTACGAACTAAATCGAAGTGGAC 167 Query 121 TGCTGGCGGAAAATGAGAAAATTCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTT 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 168 TGCTGGCGGAAAATGAGAAAATTCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTT 227 Query 181 GCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAG 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 228 GCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAG 287 Query 241 TGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 288 TGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTT 347 Query 301 CATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGAT 360 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 348 CATGGTAGAGATTCTCTTGTTTACATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGAT 407 Query 361 GCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTT 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 408 GCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTT 467 Query 421 TCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCG 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 468 TCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCG 527 Query 481 AAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAAAGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTG 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 528 AAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAAAGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTG 587 Query 541 CTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCGCT 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 588 CTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTAGGATACCCTCGCT 647 Query 601 TTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACA 660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 648 TTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACA 707 Query 661 TTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCG 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 708 TTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCG 767 Query 721 TCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGAA 780 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 768 TCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGAA 827 Query 781 ACACTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACGTGCGGAAGGAG 840 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 828 ACACTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACGTGCAGAAGGAG 887 Query 841 TGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTT 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 888 TGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTT 947 Query 901 GCGAGGT 907 ||||||| Sbjct 948 GCGAGGT 954 Score = 1267 bits (1404), Expect = 0.0 Identities = 702/702 (100%), Gaps = 0/702 (0%) Strand=Plus/Plus Query 4685 GGGTCGCAAGGCTAATGATTCACACGCCGACTGCTATCAGTATTTTTGTGTGCCTGAGTA 4744 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 956 GGGTCGCAAGGCTAATGATTCACACGCCGACTGCTATCAGTATTTTTGTGTGCCTGAGTA 1015 Query 4745 TGGTACAGCTAATGGCCGTCTTCATTTCCATGCGGTGCACTTTATGCGGACACTTCCTAC 4804 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1016 TGGTACAGCTAATGGCCGTCTTCATTTCCATGCGGTGCACTTTATGCGGACACTTCCTAC 1075 Query 4805 AGGTAGCGTTGACCCTAATTTTGGTCGTCGGGTACGCAATCGCCGCCAGTTAAATAGCTT 4864 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1076 AGGTAGCGTTGACCCTAATTTTGGTCGTCGGGTACGCAATCGCCGCCAGTTAAATAGCTT 1135 Query 4865 GCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGC 4924 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1136 GCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGC 1195 Query 4925 TTTTTCACGTTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTGATGCTAAAGGTGAGCCGCTTAAAGCTAC 4984 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1196 TTTTTCACGTTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTGATGCTAAAGGTGAGCCGCTTAAAGCTAC 1255 Query 4985 CAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAAATACGTTAACAAAAAGTCAGATATGGA 5044 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1256 CAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAAATACGTTAACAAAAAGTCAGATATGGA 1315 Query 5045 CCTTGCTGCTAAAGGTCTAGGAGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTC 5104 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1316 CCTTGCTGCTAAAGGTCTAGGAGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTC 1375 Query 5105 GCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACTTCGGGATGAAAATGCT 5164 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1376 GCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACTTCGGGATGAAAATGCT 1435 Query 5165 CACAATGACAAATCTGTCCACGGAGTGCTTAATCCAACTTACCAAGCTGGGTTACGACGC 5224 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1436 CACAATGACAAATCTGTCCACGGAGTGCTTAATCCAACTTACCAAGCTGGGTTACGACGC 1495 Query 5225 GACGCCGTTCAACCAGATATTGAAGCAGAACGCAAAAAGAGAGATGAGATTGAGGCTGGG 5284 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1496 GACGCCGTTCAACCAGATATTGAAGCAGAACGCAAAAAGAGAGATGAGATTGAGGCTGGG 1555 Query 5285 AAAAGTTACTGTAGCCGACGTTTTGGCGGCGCAACCTGTGACGACAAATCTGCTCAAATT 5344 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1556 AAAAGTTACTGTAGCCGACGTTTTGGCGGCGCAACCTGTGACGACAAATCTGCTCAAATT 1615 Query 5345 TATGCGCGCTTCGATAAAAATGATTGGCGTATCCAACCTGCA 5386 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1616 TATGCGCGCTTCGATAAAAATGATTGGCGTATCCAACCTGCA 1657 Score = 86.0 bits (94), Expect = 2e-13 Identities = 47/47 (100%), Gaps = 0/47 (0%) Strand=Plus/Plus Query 5340 AAATTTATGCGCGCTTCGATAAAAATGATTGGCGTATCCAACCTGCA 5386 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 AAATTTATGCGCGCTTCGATAAAAATGATTGGCGTATCCAACCTGCA 47 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 17118749546545