Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Haemonchus_20placei_20[genbank_20GCA_5F000951295.1_202014-09-26] 24,923 sequences; 259,125,910 total letters Query= NC_001422.1 Length=5386 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq11052 2336 0.0 >seq11052 Length=2252 Score = 2336 bits (2590), Expect = 0.0 Identities = 1298/1300 (99%), Gaps = 0/1300 (0%) Strand=Plus/Minus Query 1 GAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACACTTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAA 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1300 GAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACACTTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAA 1241 Query 61 AAATTATCTTGATAAAGCAGGAATTACTACTGCTTGTTTACGAATTAAATCGAAGTGGAC 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1240 AAATTATCTTGATAAAGCAGGAATTACTACTGCTTGTTTACGAATTAAATCGAAGTGGAC 1181 Query 121 TGCTGGCGGAAAATGAGAAAATTCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTT 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1180 TGCTGGCGGAAAATGAGAAAATTCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTT 1121 Query 181 GCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAG 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1120 GCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAG 1061 Query 241 TGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1060 TGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTT 1001 Query 301 CATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGAT 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1000 CATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGAT 941 Query 361 GCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTT 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 940 GCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTT 881 Query 421 TCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCG 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 880 TCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCG 821 Query 481 AAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAAAGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTG 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 820 AAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAAAGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTG 761 Query 541 CTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCGCT 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 760 CTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTAGGATACCCTCGCT 701 Query 601 TTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACA 660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 700 TTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACA 641 Query 661 TTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCG 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 640 TTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCG 581 Query 721 TCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGAA 780 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 580 TCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGAA 521 Query 781 ACACTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACGTGCGGAAGGAG 840 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 520 ACACTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACGTGCAGAAGGAG 461 Query 841 TGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTT 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 460 TGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTT 401 Query 901 GCGAGGTACTAAAGGCAAGCGTAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATGTAGGTGGTCAACAATT 960 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 400 GCGAGGTACTAAAGGCAAGCGTAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATGTAGGTGGTCAACAATT 341 Query 961 TTAATTGCAGGGGCTTCGGCCCCTTACTTGAGGATAAATTATGTCTAATATTCAAACTGG 1020 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 340 TTAATTGCAGGGGCTTCGGCCCCTTACTTGAGGATAAATTATGTCTAATATTCAAACTGG 281 Query 1021 CGCCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCTTGCTGGTCAGATTGGTCG 1080 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 280 CGCCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCTTGCTGGTCAGATTGGTCG 221 Query 1081 TCTTATTACCATTTCAACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGT 1140 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 220 TCTTATTACCATTTCAACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGT 161 Query 1141 TGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTGCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTACTGTAGACAT 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 160 TGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTGCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTACTGTAGACAT 101 Query 1201 TTTTACTTTTTATGTCCCTCATCGTCACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAA 1260 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 100 TTTTACTTTTTATGTCCCTCATCGTCACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAA 41 Query 1261 GGATGGTGTTAATGCCACTCCTCTCCCGACTGTTAACACT 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 40 GGATGGTGTTAATGCCACTCCTCTCCCGACTGTTAACACT 1 Score = 1718 bits (1904), Expect = 0.0 Identities = 952/952 (100%), Gaps = 0/952 (0%) Strand=Plus/Minus Query 4435 ATAATTACCCCAAAAAGAAAGGTATTAAGGATGAGTGTTCAAGATTGCTGGAGGCCTCCA 4494 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2252 ATAATTACCCCAAAAAGAAAGGTATTAAGGATGAGTGTTCAAGATTGCTGGAGGCCTCCA 2193 Query 4495 CTATGAAATCGCGTAGAGGCTTTGCTATTCAGCGTTTGATGAATGCAATGCGACAGGCTC 4554 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2192 CTATGAAATCGCGTAGAGGCTTTGCTATTCAGCGTTTGATGAATGCAATGCGACAGGCTC 2133 Query 4555 ATGCTGATGGTTGGTTTATCGTTTTTGACACTCTCACGTTGGCTGACGACCGATTAGAGG 4614 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2132 ATGCTGATGGTTGGTTTATCGTTTTTGACACTCTCACGTTGGCTGACGACCGATTAGAGG 2073 Query 4615 CGTTTTATGATAATCCCAATGCTTTGCGTGACTATTTTCGTGATATTGGTCGTATGGTTC 4674 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2072 CGTTTTATGATAATCCCAATGCTTTGCGTGACTATTTTCGTGATATTGGTCGTATGGTTC 2013 Query 4675 TTGCTGCCGAGGGTCGCAAGGCTAATGATTCACACGCCGACTGCTATCAGTATTTTTGTG 4734 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2012 TTGCTGCCGAGGGTCGCAAGGCTAATGATTCACACGCCGACTGCTATCAGTATTTTTGTG 1953 Query 4735 TGCCTGAGTATGGTACAGCTAATGGCCGTCTTCATTTCCATGCGGTGCACTTTATGCGGA 4794 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1952 TGCCTGAGTATGGTACAGCTAATGGCCGTCTTCATTTCCATGCGGTGCACTTTATGCGGA 1893 Query 4795 CACTTCCTACAGGTAGCGTTGACCCTAATTTTGGTCGTCGGGTACGCAATCGCCGCCAGT 4854 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1892 CACTTCCTACAGGTAGCGTTGACCCTAATTTTGGTCGTCGGGTACGCAATCGCCGCCAGT 1833 Query 4855 TAAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACA 4914 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1832 TAAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACA 1773 Query 4915 CGCAGGACGCTTTTTCACGTTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTGATGCTAAAGGTGAGCCGC 4974 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1772 CGCAGGACGCTTTTTCACGTTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTGATGCTAAAGGTGAGCCGC 1713 Query 4975 TTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAAATACGTTAACAAAAAGT 5034 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1712 TTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAAATACGTTAACAAAAAGT 1653 Query 5035 CAGATATGGACCTTGCTGCTAAAGGTCTAGGAGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAA 5094 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1652 CAGATATGGACCTTGCTGCTAAAGGTCTAGGAGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAA 1593 Query 5095 CCAAGCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACTTCGGGA 5154 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1592 CCAAGCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACTTCGGGA 1533 Query 5155 TGAAAATGCTCACAATGACAAATCTGTCCACGGAGTGCTTAATCCAACTTACCAAGCTGG 5214 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1532 TGAAAATGCTCACAATGACAAATCTGTCCACGGAGTGCTTAATCCAACTTACCAAGCTGG 1473 Query 5215 GTTACGACGCGACGCCGTTCAACCAGATATTGAAGCAGAACGCAAAAAGAGAGATGAGAT 5274 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1472 GTTACGACGCGACGCCGTTCAACCAGATATTGAAGCAGAACGCAAAAAGAGAGATGAGAT 1413 Query 5275 TGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGACGTTTTGGCGGCGCAACCTGTGACGACAAATC 5334 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1412 TGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGACGTTTTGGCGGCGCAACCTGTGACGACAAATC 1353 Query 5335 TGCTCAAATTTATGCGCGCTTCGATAAAAATGATTGGCGTATCCAACCTGCA 5386 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1352 TGCTCAAATTTATGCGCGCTTCGATAAAAATGATTGGCGTATCCAACCTGCA 1301 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 17118532295945