Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Hymenolepis_20diminuta_20[genbank_20GCA_5F000951255.1_202014-09-25] 13,910 sequences; 165,878,914 total letters Query= NC_001422.1 Length=5386 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq6289 2506 0.0 >seq6289 Length=2689 Score = 2506 bits (2778), Expect = 0.0 Identities = 1389/1389 (100%), Gaps = 0/1389 (0%) Strand=Plus/Minus Query 3998 CCCTTCTGAATGTCACGCTGATTATTTTGACTTTGAGCGTATCGAGGCTCTTAAACCTGC 4057 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2689 CCCTTCTGAATGTCACGCTGATTATTTTGACTTTGAGCGTATCGAGGCTCTTAAACCTGC 2630 Query 4058 TATTGAGGCTTGTGGCATTTCTACTCTTTCTCAATCCCCAATGCTTGGCTTCCATAAGCA 4117 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2629 TATTGAGGCTTGTGGCATTTCTACTCTTTCTCAATCCCCAATGCTTGGCTTCCATAAGCA 2570 Query 4118 GATGGATAACCGCATCAAGCTCTTGGAAGAGATTCTGTCTTTTCGTATGCAGGGCGTTGA 4177 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2569 GATGGATAACCGCATCAAGCTCTTGGAAGAGATTCTGTCTTTTCGTATGCAGGGCGTTGA 2510 Query 4178 GTTCGATAATGGTGATATGTATGTTGACGGCCATAAGGCTGCTTCTGACGTTCGTGATGA 4237 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2509 GTTCGATAATGGTGATATGTATGTTGACGGCCATAAGGCTGCTTCTGACGTTCGTGATGA 2450 Query 4238 GTTTGTATCTGTTACTGAGAAGTTAATGGATGAATTGGCACAATGCTACAATGTGCTCCC 4297 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2449 GTTTGTATCTGTTACTGAGAAGTTAATGGATGAATTGGCACAATGCTACAATGTGCTCCC 2390 Query 4298 CCAACTTGATATTAATAACACTATAGACCACCGCCCCGAAGGGGACGAAAAATGGTTTTT 4357 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2389 CCAACTTGATATTAATAACACTATAGACCACCGCCCCGAAGGGGACGAAAAATGGTTTTT 2330 Query 4358 AGAGAACGAGAAGACGGTTACGCAGTTTTGCCGCAAGCTGGCTGCTGAACGCCCTCTTAA 4417 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2329 AGAGAACGAGAAGACGGTTACGCAGTTTTGCCGCAAGCTGGCTGCTGAACGCCCTCTTAA 2270 Query 4418 GGATATTCGCGATGAGTATAATTACCCCAAAAAGAAAGGTATTAAGGATGAGTGTTCAAG 4477 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2269 GGATATTCGCGATGAGTATAATTACCCCAAAAAGAAAGGTATTAAGGATGAGTGTTCAAG 2210 Query 4478 ATTGCTGGAGGCCTCCACTATGAAATCGCGTAGAGGCTTTGCTATTCAGCGTTTGATGAA 4537 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2209 ATTGCTGGAGGCCTCCACTATGAAATCGCGTAGAGGCTTTGCTATTCAGCGTTTGATGAA 2150 Query 4538 TGCAATGCGACAGGCTCATGCTGATGGTTGGTTTATCGTTTTTGACACTCTCACGTTGGC 4597 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2149 TGCAATGCGACAGGCTCATGCTGATGGTTGGTTTATCGTTTTTGACACTCTCACGTTGGC 2090 Query 4598 TGACGACCGATTAGAGGCGTTTTATGATAATCCCAATGCTTTGCGTGACTATTTTCGTGA 4657 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2089 TGACGACCGATTAGAGGCGTTTTATGATAATCCCAATGCTTTGCGTGACTATTTTCGTGA 2030 Query 4658 TATTGGTCGTATGGTTCTTGCTGCCGAGGGTCGCAAGGCTAATGATTCACACGCCGACTG 4717 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2029 TATTGGTCGTATGGTTCTTGCTGCCGAGGGTCGCAAGGCTAATGATTCACACGCCGACTG 1970 Query 4718 CTATCAGTATTTTTGTGTGCCTGAGTATGGTACAGCTAATGGCCGTCTTCATTTCCATGC 4777 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1969 CTATCAGTATTTTTGTGTGCCTGAGTATGGTACAGCTAATGGCCGTCTTCATTTCCATGC 1910 Query 4778 GGTGCACTTTATGCGGACACTTCCTACAGGTAGCGTTGACCCTAATTTTGGTCGTCGGGT 4837 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1909 GGTGCACTTTATGCGGACACTTCCTACAGGTAGCGTTGACCCTAATTTTGGTCGTCGGGT 1850 Query 4838 ACGCAATCGCCGCCAGTTAAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCC 4897 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1849 ACGCAATCGCCGCCAGTTAAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCC 1790 Query 4898 CATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTGA 4957 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1789 CATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTGA 1730 Query 4958 TGCTAAAGGTGAGCCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAA 5017 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1729 TGCTAAAGGTGAGCCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAA 1670 Query 5018 ATACGTTAACAAAAAGTCAGATATGGACCTTGCTGCTAAAGGTCTAGGAGCTAAAGAATG 5077 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1669 ATACGTTAACAAAAAGTCAGATATGGACCTTGCTGCTAAAGGTCTAGGAGCTAAAGAATG 1610 Query 5078 GAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAAT 5137 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1609 GAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAAT 1550 Query 5138 GAGCCGCAACTTCGGGATGAAAATGCTCACAATGACAAATCTGTCCACGGAGTGCTTAAT 5197 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1549 GAGCCGCAACTTCGGGATGAAAATGCTCACAATGACAAATCTGTCCACGGAGTGCTTAAT 1490 Query 5198 CCAACTTACCAAGCTGGGTTACGACGCGACGCCGTTCAACCAGATATTGAAGCAGAACGC 5257 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1489 CCAACTTACCAAGCTGGGTTACGACGCGACGCCGTTCAACCAGATATTGAAGCAGAACGC 1430 Query 5258 AAAAAGAGAGATGAGATTGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGACGTTTTGGCGGCGCA 5317 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1429 AAAAAGAGAGATGAGATTGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGACGTTTTGGCGGCGCA 1370 Query 5318 ACCTGTGACGACAAATCTGCTCAAATTTATGCGCGCTTCGATAAAAATGATTGGCGTATC 5377 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1369 ACCTGTGACGACAAATCTGCTCAAATTTATGCGCGCTTCGATAAAAATGATTGGCGTATC 1310 Query 5378 CAACCTGCA 5386 ||||||||| Sbjct 1309 CAACCTGCA 1301 Score = 2336 bits (2590), Expect = 0.0 Identities = 1298/1300 (99%), Gaps = 0/1300 (0%) Strand=Plus/Minus Query 1 GAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACACTTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAA 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1300 GAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACACTTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAA 1241 Query 61 AAATTATCTTGATAAAGCAGGAATTACTACTGCTTGTTTACGAATTAAATCGAAGTGGAC 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1240 AAATTATCTTGATAAAGCAGGAATTACTACTGCTTGTTTACGAATTAAATCGAAGTGGAC 1181 Query 121 TGCTGGCGGAAAATGAGAAAATTCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTT 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1180 TGCTGGCGGAAAATGAGAAAATTCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTT 1121 Query 181 GCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAG 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1120 GCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAG 1061 Query 241 TGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1060 TGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTT 1001 Query 301 CATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGAT 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1000 CATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGAT 941 Query 361 GCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTT 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 940 GCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTT 881 Query 421 TCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCG 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 880 TCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCG 821 Query 481 AAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAAAGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTG 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 820 AAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAAAGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTG 761 Query 541 CTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCGCT 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 760 CTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTAGGATACCCTCGCT 701 Query 601 TTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACA 660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 700 TTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACA 641 Query 661 TTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCG 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 640 TTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCG 581 Query 721 TCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGAA 780 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 580 TCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGAA 521 Query 781 ACACTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACGTGCGGAAGGAG 840 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 520 ACACTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACGTGCAGAAGGAG 461 Query 841 TGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTT 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 460 TGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTT 401 Query 901 GCGAGGTACTAAAGGCAAGCGTAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATGTAGGTGGTCAACAATT 960 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 400 GCGAGGTACTAAAGGCAAGCGTAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATGTAGGTGGTCAACAATT 341 Query 961 TTAATTGCAGGGGCTTCGGCCCCTTACTTGAGGATAAATTATGTCTAATATTCAAACTGG 1020 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 340 TTAATTGCAGGGGCTTCGGCCCCTTACTTGAGGATAAATTATGTCTAATATTCAAACTGG 281 Query 1021 CGCCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCTTGCTGGTCAGATTGGTCG 1080 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 280 CGCCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCTTGCTGGTCAGATTGGTCG 221 Query 1081 TCTTATTACCATTTCAACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGT 1140 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 220 TCTTATTACCATTTCAACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGT 161 Query 1141 TGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTGCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTACTGTAGACAT 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 160 TGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTGCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTACTGTAGACAT 101 Query 1201 TTTTACTTTTTATGTCCCTCATCGTCACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAA 1260 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 100 TTTTACTTTTTATGTCCCTCATCGTCACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAA 41 Query 1261 GGATGGTGTTAATGCCACTCCTCTCCCGACTGTTAACACT 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 40 GGATGGTGTTAATGCCACTCCTCTCCCGACTGTTAACACT 1 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 17120594865650