Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Hymenolepis_20microstoma_20[genbank_20GCA_5F000469805.2_202015-12- 11] 3,643 sequences; 182,136,974 total letters Query= NC_001422.1 Length=5386 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq3217 1330 0.0 seq592 1002 0.0 >seq3217 Length=1214 Score = 1330 bits (1474), Expect = 0.0 Identities = 739/740 (99%), Gaps = 0/740 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 GAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACACTTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAA 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 475 GAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACACTTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAA 534 Query 61 AAATTATCTTGATAAAGCAGGAATTACTACTGCTTGTTTACGAATTAAATCGAAGTGGAC 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 535 AAATTATCTTGATAAAGCAGGAATTACTACTGCTTGTTTACGAATTAAATCGAAGTGGAC 594 Query 121 TGCTGGCGGAAAATGAGAAAATTCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTT 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 595 TGCTGGCGGAAAATGAGAAAATTCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTT 654 Query 181 GCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAG 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 655 GCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAG 714 Query 241 TGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 715 TGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTT 774 Query 301 CATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGAT 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 775 CATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGAT 834 Query 361 GCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTT 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 835 GCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTT 894 Query 421 TCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCG 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 895 TCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCG 954 Query 481 AAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAAAGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTG 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 955 AAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAAAGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTG 1014 Query 541 CTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCGCT 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1015 CTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTAGGATACCCTCGCT 1074 Query 601 TTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACA 660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1075 TTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACA 1134 Query 661 TTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCG 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1135 TTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCG 1194 Query 721 TCGAGCGTCCGGTTAAAGCC 740 |||||||||||||||||||| Sbjct 1195 TCGAGCGTCCGGTTAAAGCC 1214 Score = 856 bits (948), Expect = 0.0 Identities = 474/474 (100%), Gaps = 0/474 (0%) Strand=Plus/Plus Query 4913 CACGCAGGACGCTTTTTCACGTTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTGATGCTAAAGGTGAGCC 4972 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 CACGCAGGACGCTTTTTCACGTTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTGATGCTAAAGGTGAGCC 60 Query 4973 GCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAAATACGTTAACAAAAA 5032 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 GCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAAATACGTTAACAAAAA 120 Query 5033 GTCAGATATGGACCTTGCTGCTAAAGGTCTAGGAGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAA 5092 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 GTCAGATATGGACCTTGCTGCTAAAGGTCTAGGAGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAA 180 Query 5093 AACCAAGCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACTTCGG 5152 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 AACCAAGCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACTTCGG 240 Query 5153 GATGAAAATGCTCACAATGACAAATCTGTCCACGGAGTGCTTAATCCAACTTACCAAGCT 5212 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 GATGAAAATGCTCACAATGACAAATCTGTCCACGGAGTGCTTAATCCAACTTACCAAGCT 300 Query 5213 GGGTTACGACGCGACGCCGTTCAACCAGATATTGAAGCAGAACGCAAAAAGAGAGATGAG 5272 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 GGGTTACGACGCGACGCCGTTCAACCAGATATTGAAGCAGAACGCAAAAAGAGAGATGAG 360 Query 5273 ATTGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGACGTTTTGGCGGCGCAACCTGTGACGACAAA 5332 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 ATTGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGACGTTTTGGCGGCGCAACCTGTGACGACAAA 420 Query 5333 TCTGCTCAAATTTATGCGCGCTTCGATAAAAATGATTGGCGTATCCAACCTGCA 5386 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 TCTGCTCAAATTTATGCGCGCTTCGATAAAAATGATTGGCGTATCCAACCTGCA 474 >seq592 Length=555 Score = 1002 bits (1110), Expect = 0.0 Identities = 555/555 (100%), Gaps = 0/555 (0%) Strand=Plus/Minus Query 1824 GTTTCTTTGTTCCTGAGCATGGCACTATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTA 1883 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 555 GTTTCTTTGTTCCTGAGCATGGCACTATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTA 496 Query 1884 CTGCGACTAAAGAGATTCAGTACCTTAACGCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTG 1943 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 495 CTGCGACTAAAGAGATTCAGTACCTTAACGCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTG 436 Query 1944 CTGGCGACCCTGTTTTGTATGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTCTATGAAGGATGTTT 2003 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 435 CTGGCGACCCTGTTTTGTATGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTCTATGAAGGATGTTT 376 Query 2004 TCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAGTTTAAGATTGCTGAGGGTCAGTGGTATCGTTATG 2063 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 375 TCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAGTTTAAGATTGCTGAGGGTCAGTGGTATCGTTATG 316 Query 2064 CGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGAAGGCTTCCCATTCATTCAGGAAC 2123 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 315 CGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGAAGGCTTCCCATTCATTCAGGAAC 256 Query 2124 CGCCTTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCACCATGATTATGACCAGTGTT 2183 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 255 CGCCTTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCACCATGATTATGACCAGTGTT 196 Query 2184 TCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAGTCAGGTTAAATTTAATGTGACCGTTTATC 2243 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 195 TCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAGTCAGGTTAAATTTAATGTGACCGTTTATC 136 Query 2244 GCAATCTGCCGACCACTCGCGATTCAATCATGACTTCGTGATAAAAGATTGAGTGTGAGG 2303 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 135 GCAATCTGCCGACCACTCGCGATTCAATCATGACTTCGTGATAAAAGATTGAGTGTGAGG 76 Query 2304 TTATAACGCCGAAGCGGTAAAAATTTTAATTTTTGCCGCTGAGGGGTTGACCAAGCGAAG 2363 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 75 TTATAACGCCGAAGCGGTAAAAATTTTAATTTTTGCCGCTGAGGGGTTGACCAAGCGAAG 16 Query 2364 CGCGGTAGGTTTTCT 2378 ||||||||||||||| Sbjct 15 CGCGGTAGGTTTTCT 1 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 17122517720745