Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Helicosporidium_20sp._20ATCC_2050920_20[genbank_20GCA_5F000690575.1_ 202014-05-13] 5,666 sequences; 12,373,820 total letters Query= NC_001422.1 Length=5386 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq4415 1512 0.0 seq4884 1251 0.0 >seq4415 Length=843 Score = 1512 bits (1676), Expect = 0.0 Identities = 841/843 (99%), Gaps = 0/843 (0%) Strand=Plus/Plus Query 225 GTTGGATGAGGAGAAGTGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATA 284 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 GTTGGATGAGGAGAAGTGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATA 60 Query 285 TGAGTCACATTTTGTTCATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATT 344 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 TGAGTCACATTTTGTTCATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATT 120 Query 345 ACTATCTGAGTCCGATGCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACT 404 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 ACTATCTGAGTCCGATGCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACT 180 Query 405 GAACAATCCGTACGTTTCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCC 464 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 GAACAATCCGTACGTTTCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCC 240 Query 465 GTTTTGGATTTAACCGAAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAAAGTTTGGATTGCT 524 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 GTTTTGGATTTAACCGAAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAAAGTTTGGATTGCT 300 Query 525 ACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTT 584 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 ACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTT 360 Query 585 GTGGGATACCCTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTAT 644 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 GTAGGATACCCTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTAT 420 Query 645 GTTCATCCCGTCAACATTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAA 704 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 GTTCATCCCGTCAACATTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAA 480 Query 705 AACATTATTAATGGCGTCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTG 764 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 AACATTATTAATGGCGTCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTG 540 Query 765 CGTGTACGCGCAGGAAACACTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAA 824 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 CGTGTACGCGCAGGAAACACTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAA 600 Query 825 TTACGTGCGGAAGGAGTGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTG 884 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 TTACGTGCAGAAGGAGTGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTG 660 Query 885 GTCGTCCGCAGCCGTTGCGAGGTACTAAAGGCAAGCGTAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATG 944 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 GTCGTCCGCAGCCGTTGCGAGGTACTAAAGGCAAGCGTAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATG 720 Query 945 TAGGTGGTCAACAATTTTAATTGCAGGGGCTTCGGCCCCTTACTTGAGGATAAATTATGT 1004 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 TAGGTGGTCAACAATTTTAATTGCAGGGGCTTCGGCCCCTTACTTGAGGATAAATTATGT 780 Query 1005 CTAATATTCAAACTGGCGCCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCTTG 1064 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 CTAATATTCAAACTGGCGCCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCTTG 840 Query 1065 CTG 1067 ||| Sbjct 841 CTG 843 >seq4884 Length=693 Score = 1251 bits (1386), Expect = 0.0 Identities = 693/693 (100%), Gaps = 0/693 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1056 GCTTCCTTGCTGGTCAGATTGGTCGTCTTATTACCATTTCAACTACTCCGGTTATCGCTG 1115 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 GCTTCCTTGCTGGTCAGATTGGTCGTCTTATTACCATTTCAACTACTCCGGTTATCGCTG 60 Query 1116 GCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTGCGTCGTGGCC 1175 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 GCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTGCGTCGTGGCC 120 Query 1176 TTGCTATTGACTCTACTGTAGACATTTTTACTTTTTATGTCCCTCATCGTCACGTTTATG 1235 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 TTGCTATTGACTCTACTGTAGACATTTTTACTTTTTATGTCCCTCATCGTCACGTTTATG 180 Query 1236 GTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGATGGTGTTAATGCCACTCCTCTCCCGACTGTTA 1295 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 GTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGATGGTGTTAATGCCACTCCTCTCCCGACTGTTA 240 Query 1296 ACACTACTGGTTATATTGACCATGCCGCTTTTCTTGGCACGATTAACCCTGATACCAATA 1355 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 ACACTACTGGTTATATTGACCATGCCGCTTTTCTTGGCACGATTAACCCTGATACCAATA 300 Query 1356 AAATCCCTAAGCATTTGTTTCAGGGTTATTTGAATATCTATAACAACTATTTTAAAGCGC 1415 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 AAATCCCTAAGCATTTGTTTCAGGGTTATTTGAATATCTATAACAACTATTTTAAAGCGC 360 Query 1416 CGTGGATGCCTGACCGTACCGAGGCTAACCCTAATGAGCTTAATCAAGATGATGCTCGTT 1475 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CGTGGATGCCTGACCGTACCGAGGCTAACCCTAATGAGCTTAATCAAGATGATGCTCGTT 420 Query 1476 ATGGTTTCCGTTGCTGCCATCTCAAAAACATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACTG 1535 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 ATGGTTTCCGTTGCTGCCATCTCAAAAACATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACTG 480 Query 1536 AGCTTTCTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAAGCTG 1595 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 AGCTTTCTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAAGCTG 540 Query 1596 CTTATGCTAATTTGCATACTGACCAAGAACGTGATTACTTCATGCAGCGTTACCATGATG 1655 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 CTTATGCTAATTTGCATACTGACCAAGAACGTGATTACTTCATGCAGCGTTACCATGATG 600 Query 1656 TTATTTCTTCATTTGGAGGTAAAACCTCTTATGACGCTGACAACCGTCCTTTACTTGTCA 1715 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 TTATTTCTTCATTTGGAGGTAAAACCTCTTATGACGCTGACAACCGTCCTTTACTTGTCA 660 Query 1716 TGCGCTCTAATCTCTGGGCATCTGGCTATGATG 1748 ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 TGCGCTCTAATCTCTGGGCATCTGGCTATGATG 693 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 17122138843190