Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Salmo_20salar_20[refseq_20GCF_5F000233375.1_202015-06-10] 232,155 sequences; 2,966,890,203 total letters Query= NC_007366.1 Length=1762 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq215665 2899 0.0 >seq215665 Length=1765 Score = 2899 bits (3214), Expect = 0.0 Identities = 1700/1762 (96%), Gaps = 0/1762 (0%) Strand=Plus/Minus Query 1 AGCAAAAGCAGGGGATAATTCTATTAACCATGAAGACTATCATTGCTTTGAGCTACATTC 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1762 AGCAAAAGCAGGGGATAATTCTATTAACCATGAAGACTATCATTGCTTTGAGCTACATTC 1703 Query 61 TATGTCTGGTTTTCGCTCAAAAACTTCCCGGAAATGACAACAGCACGGCAACGCTGTGCC 120 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1702 TATGTCTGGTTTTCGCTCAAAAACTTCCTGGAAATGACAATAGCACGGCAACGCTGTGCC 1643 Query 121 TTGGGCACCATGCAGTACCAAACGGAACGATAGTGAAAACAATCACGAATGACCAAATTG 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1642 TTGGGCACCATGCAGTACCAAACGGAACGATAGTGAAAACAATCACGAATGACCGAATTG 1583 Query 181 AAGTCACTAATGCTACTGAACTGGTTCAGAGTTCCTCAACAGGTGGAATATGCGACAGTC 240 |||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 1582 AAGTTACTAATGCTACTGAGCTGGTTCAGAATTCCTCAATAGGTGAAATATGCGACAGTC 1523 Query 241 CTCATCAGATCCTTGATGGAGAAAACTGCACACTAATAGATGCTCTATTGGGAGACCCTC 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1522 CTCATCAGATCCTTGATGGAGAAAACTGCACACTAATAGATGCTCTATTGGGAGACCCTC 1463 Query 301 AGTGTGATGGCTTCCAAAATAAGAAATGGGACCTTTTTGTTGAACGCAGCAAAGCCTACA 360 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1462 AGTGTGATGGCTTTCAAAATAAGAAATGGGACCTTTTTGTTGAACGAAGCAAAGCCTACA 1403 Query 361 GCAACTGTTACCCTTATGATGTGCCGGATTATGCCTCCCTTAGGTCACTAGTTGCCTCAT 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1402 GCAACTGTTACCCTTATGATGTGCCGGATTATGCCTCCCTTAGGTCACTAGTTGCCTCAT 1343 Query 421 CCGGCACACTGGAGTTTAACAATGAAAGCTTCAATTGGACTGGAGTCACTCAAAATGGAA 480 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1342 CCGGCACACTGGAGTTTAACAATGAAAGCTTCAATTGGACTGGAGTCACTCAAAACGGAA 1283 Query 481 CAAGCTCTGCTTGCAAAAGGAGATCTAATAACAGTTTCTTTAGTAGATTGAATTGGTTGA 540 |||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1282 CAAGTTCTGCTTGCATAAGGAGATCTAATAGTAGTTTCTTTAGTAGATTAAATTGGTTGA 1223 Query 541 CCCACTTAAAATTCAAATACCCAGCATTGAACGTGACTATGCCAAACAATGAAAAATTTG 600 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1222 CCCACTTAAACTTCAAATACCCAGCATTGAACGTGACTATGCCAAACAATGAACAATTTG 1163 Query 601 ACAAACTGTACATTTGGGGGGTTCACCACCCGGGTACGGACAATGACCAAATCAGCCTAT 660 ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| | Sbjct 1162 ACAAATTGTACATTTGGGGGGTTCACCACCCAGGTACGGACAAGGACCAAATCTTCCTGT 1103 Query 661 ATGCTCAAGCATCAGGAAGAATCACAGTCTCTACCAAAAGAAGCCAACAAACCGTAATCC 720 |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| Sbjct 1102 ATGCTCAATCATCAGGAAGAATCACAGTATCTACCAAAAGAAGCCAACAAGCTGTAATCC 1043 Query 721 CGAGTATCGGATCTAGACCCAGGATAAGGGATGTCCCCAGCAGAATAAGCATCTATTGGA 780 | | |||||||||||||||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1042 CAAATATCGGATCTAGACCCAGAATAAGGAATATCCCTAGCAGAATAAGCATCTATTGGA 983 Query 781 CAATAGTAAAACCGGGAGACATACTTTTGATTAACAGCACAGGGAATCTAATTGCTCCTC 840 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 982 CAATAGTAAAACCGGGAGACATACTTTTGATTAACAGCACAGGGAATCTAATTGCTCCTA 923 Query 841 GGGGTTACTTCAAAATACGAAGTGGGAAAAGCTCAATAATGAGATCAGATGCACCCATTG 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 922 GGGGTTACTTCAAAATACGAAGTGGGAAAAGCTCAATAATGAGATCAGATGCACCCATTG 863 Query 901 GCAAATGCAATTCTGAATGCATCACTCCAAATGGAAGCATTCCCAATGACAAACCATTTC 960 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | Sbjct 862 GCAAATGCAAGTCTGAATGCATCACTCCAAATGGAAGCATTCCAAATGACAAACCATTCC 803 Query 961 AAAATGTAAACAGGATCACATATGGGGCCTGTCCCAGATATGTTAAGCAAAACACTCTGA 1020 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 802 AAAATGTAAACAGGATCACATACGGGGCCTGTCCCAGATATGTTAAGCAAAGCACTCTGA 743 Query 1021 AATTGGCAACAGGGATGCGAAATGTACCAGAGAAACAAACTAGAGGCATATTTGGCGCAA 1080 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 742 AATTGGCAACAGGAATGCGAAATGTACCAGAGAAACAAACTAGAGGCATATTTGGCGCAA 683 Query 1081 TCGCGGGTTTCATAGAAAATGGTTGGGAGGGAATGGTAGACGGTTGGTACGGTTTCAGGC 1140 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| Sbjct 682 TAGCGGGTTTCATAGAAAATGGTTGGGAGGGAATGGTGGATGGTTGGTACGGTTTCAGGC 623 Query 1141 ATCAAAATTCTGAGGGAACAGGACAAGCAGCAGATCTCAAAAGCACTCAAGCAGCAATCA 1200 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 622 ATCAAAATTCTGAGGGAAGAGGACAAGCAGCAGATCTCAAAAGCACTCAAGCAGCAATCG 563 Query 1201 ACCAAATCAATGGGAAGCTGAATAGGTTGATCGGGAAAACAAACGAGAAATTCCATCAGA 1260 | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 562 ATCAAATCAATGGGAAGCTGAATCGATTGATCGGGAAAACCAACGAGAAATTCCATCAGA 503 Query 1261 TTGAAAAAGAATTCTCAGAAGTAGAAGGGAGAATTCAGGACCTCGAGAAATATGTTGAGG 1320 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 502 TTGAAAAAGAATTCTCAGAAGTAGAAGGGAGAATTCAGGACCTTGAGAAATATGTTGAGG 443 Query 1321 ACACTAAAATAGATCTCTGGTCATACAACGCGGAGCTTCTTGTGGCCCTGGAGAACCAAC 1380 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 442 ACACTAAAATAGATCTCTGGTCATACAACGCGGAGCTTCTTGTTGCCCTGGAGAACCAAC 383 Query 1381 ATACAATTGATCTAACTGACTCAGAAATGAACAAACTGTTTGAAAGAACAAAGAAGCAAC 1440 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 382 ATACAATTGATCTAACTGACTCAGAAATGAACAAACTGTTTGAAAAAACAAAGAAGCAAC 323 Query 1441 TGAGGGAAAATGCTGAGGATATGGGCAATGGTTGTTTCAAAATATACCACAAATGTGACA 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 322 TGAGGGAAAATGCTGAGGATATGGGCAATGGTTGTTTCAAAATATACCACAAATGTGACA 263 Query 1501 ATGCCTGCATAGGGTCAATCAGAAATGGAACTTATGACCATGATGTATACAGAGATGAAG 1560 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| Sbjct 262 ATGCCTGCATAGGATCAATCAGAAATGGAACTTATGACCACGATGTGTACAGGGATGAAG 203 Query 1561 CATTAAACAACCGGTTCCAGATCAAAGGTGTTGAGTTGAAGTCAGGATACAAAGATTGGA 1620 ||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||||| Sbjct 202 CATTAAACAACCGGTTCCAGATCAAGGGAGTTGAGCTGAAGTCAGGGTACAAAGATTGGA 143 Query 1621 TCCTATGGATTTCCTTTGCCATATCATGTTTTTTGCTTTGTGTTGCTTTGTTGGGGTTCA 1680 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 142 TCCTATGGATTTCCTTTGCCATATCATGTTTTTTGCTTTGTGTTGCTTTGTTGGGGTTCA 83 Query 1681 TCATGTGGGCCTGCCAAAAAGGCAACATTAGGTGCAACATTTGCATTTGAGTGCATTAAT 1740 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 82 TCATGTGGGCCTGCCAAAAGGGCAACATTAGGTGCAACATTTGCATTTGAGTGCATTAAT 23 Query 1741 TAAAAACACCCTTGTTTCTACT 1762 |||||||||||||||||||||| Sbjct 22 TAAAAACACCCTTGTTTCTACT 1 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 5515960429440