Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Salmo_20salar_20[refseq_20GCF_5F000233375.1_202015-06-10] 232,155 sequences; 2,966,890,203 total letters Query= NC_007371.1 Length=2233 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq208890 3737 0.0 >seq208890 Length=2206 Score = 3737 bits (4144), Expect = 0.0 Identities = 2152/2205 (98%), Gaps = 0/2205 (0%) Strand=Plus/Minus Query 1 AGCAAAAGCAGGTACTGATTCGAAATGGAAGATTTTGTGCGACAATGCTTCAACCCGATG 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2205 AGCAAAAGCAGGTACTGATTCGAAATGGAAGATTTTGTGCGACAATGCTTCAACCCGATG 2146 Query 61 ATTGTCGAACTTGCAGAAAAAGCAATGAAAGAGTATGGAGAGGATCTGAAAATTGAAACA 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2145 ATTGTCGAACTTGCAGAAAAAGCAATGAAAGAGTATGGGGAGGATCTGAAAATTGAAACC 2086 Query 121 AACAAATTTGCAGCAATATGCACCCACTTGGAGGTATGTTTCATGTATTCAGATTTTCAT 180 |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2085 AACAAATTTGCAGCAATATGTACTCACTTGGAGGTGTGTTTCATGTATTCAGATTTCCAT 2026 Query 181 TTCATCAATGAACAAGGCGAATCAATAGTGGTAGAACTTGATGATCCAAATGCACTGTTA 240 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || Sbjct 2025 TTCATCAATGAACAAGGCGAATCAATAGTGGTAGAACTTGACGATCCAAATGCACTGCTA 1966 Query 241 AAGCACAGATTTGAAATAATCGAGGGGAGAGACAGAACAATGGCCTGGACAGTAGTAAAC 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1965 AAGCACAGATTTGAAATAATCGAGGGGAGAGACAGAACAATGGCCTGGACAGTAGTAAAC 1906 Query 301 AGTATCTGCAACACTACTGGAGCAGAAAAACCAAAGTTTCTACCAGATTTGTATGATTAC 360 ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1905 AGTATCTGCAACACTACTGGAGCTGGAAAACCGAAGTTTCTACCGGATTTGTATGATTAC 1846 Query 361 AAGGAGAATAGATTCATCGAAATTGGAGTGACAAGAAGAGAAGTCCACATATATTACCTT 420 || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1845 AAAGAGAACAGATTCATCGAAATTGGAGTGACAAGGAGAGAAGTCCACATATATTACCTT 1786 Query 421 GAAAAGGCCAATAAAATTAAATCTGAGAACACACACATTCACATCTTCTCATTCACTGGG 480 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| Sbjct 1785 GAAAAGGCCAATAAGATTAAATCTGAGAACACACACATTCACATTTTTTCATTCACTGGG 1726 Query 481 GAGGAAATAGCCACAAAGGCAGACTACACTCTCGACGAGGAAAGCAGGGCTAGGATTAAA 540 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1725 GAGGAAATGGCCACAAAGGCAGACTACACTCTCGACGAGGAAAGCAGGGCTAGGATTAAA 1666 Query 541 ACCAGGCTATTTACCATAAGACAAGAAATGGCCAACAGAGGCCTCTGGGATTCCTTTCGT 600 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1665 ACCAGGCTGTTTACCATAAGACAAGAAATGGCCAACAGAGGCCTCTGGGATTCCTTTCGT 1606 Query 601 CAGTCCGAAAGAGGCGAAGAAACAATTGAAGAAAAATTTGAAATCTCAGGAACTATGCGT 660 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1605 CAGTCCGAAAGAGGCGAAGAAACAATTGAAGAAAAATTTGAAATCACAGGAACTATGCGC 1546 Query 661 AGGCTTGCCGACCAAAGTCTCCCACCGAAATTCTCCTGCCTTGAGAATTTTAGAGCCTAT 720 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1545 AGGCTTGCCGACCAAAGTCTCCCACCGAACTTCTCCTGCCTTGAGAATTTTAGAGCCTAT 1486 Query 721 GTGGATGGATTCGAACCGAACGGCTGCATTGAGGGCAAGCTTTCTCAAATGTCCAAAGAA 780 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1485 GTGGATGGATTCGAACCGAACGGCTGCATTGAGGGCAAGCTTTCTCAAATGTCCAAAGAA 1426 Query 781 GTGAATGCCAAAATTGAACCTTTTCTGAAGACAACACCAAGACCAATCAAACTTCCTAAT 840 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1425 GTGAATGCCCAAATTGAACCTTTTCTGAAGACAACACCAAGACCAATCAAACTTCCTAAT 1366 Query 841 GGACCTCCTTGTTATCAGCGGTCCAAATTCCTCCTGATGGATGCTTTGAAATTGAGCATT 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1365 GGACCTCCTTGTTATCAGCGGTCCAAATTCCTCCTGATGGATGCTTTGAAATTGAGCATT 1306 Query 901 GAAGACCCAAGTCATGAAGGAGAAGGGATTCCATTATATGATGCGATCAAGTGCATAAAA 960 |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1305 GAAGACCCAAGTCACGAAGGAGAAGGGATCCCATTATATGATGCGATCAAGTGCATAAAA 1246 Query 961 ACATTCTTTGGATGGAAAGAACCTTATATAGTCAAACCACACGAAAAGGGAATAAATTCA 1020 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1245 ACATTCTTTGGATGGAAAGAACCTTATATAGTCAAACCACACGAAAAGGGAATAAATTCA 1186 Query 1021 AATTACCTGCTGTCATGGAAGCAAGTATTGTCAGAATTGCAGGACATTGAAAATGAGGAG 1080 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1185 AATTACCTGCTGTCATGGAAGCAAGTACTGTCAGAATTGCAGGACATTGAAAATGAGGAG 1126 Query 1081 AAGATCCCAAGGACTAAAAACATGAAGAAAACGAGTCAACTAAAGTGGGCTCTTGGTGAA 1140 ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1125 AAGATTCCAAGAACTAAAAACATGAAGAAAACGAGTCAACTGAAGTGGGCTCTTGGTGAA 1066 Query 1141 AACATGGCACCAGAGAAAGTAGACTTTGACAACTGCAGAGACATAAGCGATTTGAAGCAA 1200 ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1065 AACATGGCACCAGAGAAGGTAGACTTTGAAAACTGCAGAGACATAAGCGATTTGAAGCAA 1006 Query 1201 TATGATAGTGACGAACCTGAATTAAGGTCACTTTCAAGCTGGATACAGAATGAGTTCAAC 1260 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1005 TATGATAGTGAAGAACCTGAATTAAGGTCACTTTCAAGCTGGATACAGAGTGAGTTCAAC 946 Query 1261 AAGGCCTGCGAGCTAACTGATTCAATCTGGATAGAGCTCGATGAAATTGGAGAGGACGTA 1320 |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 945 AAGGCCTGTGAGCTAACTGATTCAGTCTGGATAGAGCTCGATGAAATTGGAGAGGACGTA 886 Query 1321 GCCCCAATTGAGTACATTGCAAGCATGAGGAGGAATTATTTCACAGCAGAGGTGTCCCAT 1380 |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 885 GCCCCAATTGAGCACATTGCAAGCATGAGAAGGAATTATTTCACAGCAGAGGTGTCCCAT 826 Query 1381 TGTAGAGCCACTGAGTACATAATGAAGGGGGTATACATTAATACTGCCCTGCTCAATGCA 1440 |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 825 TGTAGAGCTACTGAATACATAATGAAGGGGGTATACATTAACACTGCCCTGCTCAATGCA 766 Query 1441 TCCTGTGCAGCAATGGACGATTTTCAACTAATTCCCATGATAAGCAAGTGCAGAACTAAA 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 765 TCCTGTGCAGCAATGGACGATTTTCAACTAATTCCCATGATAAGCAAGTGCAGAACTAAA 706 Query 1501 GAGGGAAGGCGAAAAACCAATTTATATGGATTCATCATAAAGGGAAGATCTCATTTAAGG 1560 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 705 GAGGGAAGGCGAAAAACCAATTTATATGGATTCATCATAAAGGGAAGATCTCATTTGAGG 646 Query 1561 AATGACACAGATGTGGTAAACTTTGTGAGCATGGAGTTTTCTCTCACTGACCCGAGACTT 1620 ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 645 AATGACACAGACGTGGTAAATTTTGTGAGCATGGAGTTTTCTCTCACAGACCCGAGACTT 586 Query 1621 GAGCCACATAAATGGGAGAAATACTGTGTCCTTGAGATAGGAGATATGTTACTAAGAAGT 1680 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 585 GAACCACATAAATGGGAGAAATACTGTGTCCTTGAGATAGGAGATATGTTACTAAGAAGT 526 Query 1681 GCCATAGGCCAAATTTCAAGGCCTATGTTCTTGTATGTGAGGACAAACGGAACATCAAAG 1740 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 525 GCCATAGGCCAAATTTCAAGGCCGATGTTCTTGTATGTGAGGACAAACGGAACATCAAAG 466 Query 1741 GTCAAAATGAAATGGGGAATGGAGATGAGACGTTGCCTCCTTCAGTCACTCCAGCAGATC 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 465 GTCAAAATGAAATGGGGAATGGAGATGAGACGTTGCCTCCTTCAGTCACTCCAGCAGATC 406 Query 1801 GAGAGCATGATTGAAGCCGAGTCCTCGATTAAAGAGAAAGACATGACCAAAGAGTTTTTT 1860 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 405 GAGAGCATGATTGAAGCCGAGTCCTCAGTTAAAGAGAAAGACATGACCAAAGAGTTTTTT 346 Query 1861 GAGAATAAATCAGAAGCATGGCCCATTGGGGAGTCCCCCAAGGGAGTGGAAGAAGGTTCC 1920 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 345 GAGAATAAATCAGAAGCATGGCCCATTGGGGAGTCCCCCAAGGGAGTGGAAGAAGGTTCC 286 Query 1921 ATTGGGAAAGTCTGTAGGACTCTATTGGCTAAGTCAGTGTTCAATAGCCTGTATGCATCA 1980 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 285 ATTGGGAAAGTCTGTAGGACTCTATTGGCTAAGTCAGTATTCAATAGCCTGTATGCATCA 226 Query 1981 CCACAATTGGAAGGATTTTCAGCGGAGTCAAGAAAACTGCTTCTTGTTGTTCAGGCTCTT 2040 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 225 CCACAATTGGAAGGATTTTCAGCGGAGTCAAGAAAACTGCTCCTTGTTGTTCAGGCTCTT 166 Query 2041 AGGGACAACCTCGAACCTGGGACCTTTGATCTCGGGGGGCTATATGAAGCAATTGAGGAG 2100 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 165 AGGGACAACCTCGAACCTGGGACCTTTGATCTTGGGGGGCTATATGAAGCAATTGAGGAG 106 Query 2101 TGCCTGATTAATGATCCCTGGGTTTTGCTCAATGCATCTTGGTTCAACTCCTTCCTGACA 2160 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 105 TGCCTGATTAATGATCCCTGGGTTTTGCTCAATGCGTCTTGGTTCAACTCCTTCCTGACA 46 Query 2161 CATGCATTAAAATAGTTATGGCAGTGCTACTATTTGTTATCCGTA 2205 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 45 CATGCATTAAAATAGTTATGGCAGTGCTACTATTTGTTATCCGTA 1 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 7019442699270