Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Salmo_20salar_20[refseq_20GCF_5F000233375.1_202015-06-10] 232,155 sequences; 2,966,890,203 total letters Query= NC_007372.1 Length=2341 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq205407 3310 0.0 >seq205407 Length=1958 Score = 3310 bits (3670), Expect = 0.0 Identities = 1909/1958 (97%), Gaps = 0/1958 (0%) Strand=Plus/Plus Query 383 ACAAACTAACCCAAGGCCGCCAGACTTATGATTGGACATTAAACAGAAATCAACCGGCAG 442 |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ACAAACTAACCCAAGGTCGCCAAACTTATGATTGGACATTAAACAGAAATCAACCGGCAG 60 Query 443 CAACTGCATTAGCCAACACCATAGAAGTTTTTAGATCGAATGGACTAACAGCCAATGAAT 502 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||| Sbjct 61 CAACTGCATTAGCCAACACCATAGAAGTCTTTAGATCGAACGGATTAACAGCTAATGAAT 120 Query 503 CAGGAAGGCTAATAGATTTCCTCAAGGATGTGATGGAATCAATGGATAAAGAGGAAATGG 562 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 CAGGAAGGCTAATAGATTTCCTCAAGGATGTGATGGAATCAATGGATAAAGAGGAAATGG 180 Query 563 AGATAACAACACACTTTCAAAGAAAAAGGAGAGTAAGAGACAACATGACCAAGAAAATGG 622 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 181 AGATAACAACACACTTTCAAAGAAAAAGGAGAGTAAGGGACAACATGACCAAGAAAATGG 240 Query 623 TCACACAAAGAACAATAGGGAAGAAAAAACAAAGAGTGAATAAGAGAGGCTATCTAATAA 682 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 241 TCACACAAAGAACAATAGGGAAGAAAAAGCAAAGAGTGAATAAGAGAGGCTACCTAATAA 300 Query 683 GAGCTTTGACATTGAACACGATGACCAAAGATGCAGAGAGAGGTAAATTAAAAAGAAGGG 742 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 301 GAGCTTTGACATTGAACACGATGACCAAAGATGCAGAGAGAGGCAAATTAAAAAGAAGGG 360 Query 743 CTATTGCAACACCCGGGATGCAAATTAGAGGGTTCGTGTACTTCGTTGAAACTTTAGCTA 802 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CTATTGCAACACCCGGGATGCAAATTAGAGGGTTCGTGTACTTCGTTGAAACTTTAGCTA 420 Query 803 GAAGCATTTGCGAAAAGCTTGAACAGTCTGGACTTCCGGTTGGGGGTAATGAAAAGAAGG 862 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 GAAGCATTTGCGAAAAGCTTGAACAATCTGGACTTCCGGTTGGGGGTAATGAAAAGAAGG 480 Query 863 CCAAACTGGCAAATGTTGTGAGAAAAATGATGACTAATTCACAAGACACTGAGCTTTCTT 922 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 481 CCAAACTGGCAAATGTTGTGAGAAAAATGATGACTAATTCACAAGACACAGAGCTTTCTT 540 Query 923 TCACAATCACTGGGGACAACACTAAGTGGAATGAAAATCAAAACCCTCGAATGTTTTTGG 982 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 541 TCACAATCACTGGGGACAACACTAAGTGGAATGAAAATCAAAACCCCCGAATGTTTTTGG 600 Query 983 CGATGATTACATATATCACAAAAAATCAACCTGAGTGGTTCAGAAACATCCTGAGCATCG 1042 ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 CGATGATTACATACATCACAAAGAATCAACCTGAATGGTTCAGAAACATCCTGAGCATCG 660 Query 1043 CACCAATAATGTTCTCAAACAAAATGGCAAGACTAGGAAAAGGATACATGTTCGAGAGTA 1102 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 CACCAATAATGTTCTCAAACAAAATGGCAAGACTGGGAAAAGGATACATGTTCGAGAGTA 720 Query 1103 AGAGAATGAAGCTCCGAACACAAATACCCGCAGAAATGCTAGCAAGCATTGACCTGAAGT 1162 |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 AGAGAATGAAGCTCCGGACACAAATACCTGCAGAAATGCTAGCAAGCATTGACCTGAAGT 780 Query 1163 ATTTCAATGAATCAACAAGGAAGAAAATTGAGAAAATAAGGCCTCTTCTAATAGATGGCA 1222 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 ATTTCAATGAATCAACAAGGAAGAAAATTGAGAAAATAAGGCCTCTTCTAATAGATGGCA 840 Query 1223 CAGCATCATTGAGCCCTGGGATGATGATGGGCATGTTCAACATGCTAAGTACGGTTTTAG 1282 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 841 CAGCATCATTGAGCCCTGGAATGATGATGGGCATGTTCAACATGCTAAGTACAGTTTTAG 900 Query 1283 GAGTCTCGGTACTGAATCTTGGGCAAAAGAAATACACCAAGACAACATACTGGTGGGATG 1342 |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 GAGTCTCGATACTGAATCTTGGACAAAAGAAATACACCAAGACAACATACTGGTGGGATG 960 Query 1343 GGCTCCAATCCTCCGACGATTTTGCCCTCATAGTGAATGCACCAAATCATGAGGGAATAC 1402 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 961 GGCTCCAATCCTCAGACGATTTTGCCCTCATAGTGAATGCACCAAATCATGAGGGAATAC 1020 Query 1403 AAGCAGGAGTGGATAGATTCTACAGGACCTGCAAGTTAGTGGGAATCAACATGAGCAAAA 1462 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 AAGCAGGAGTGGATAGATTCTACAGGACCTGCAAGTTAGTGGGAATCAACATGAGCAAAA 1080 Query 1463 AGAAGTCCTATATAAATAAAACAGGGACATTTGAATTCACAAGCtttttttATCGATATG 1522 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1081 AGAAGTCCTATATAAATAAAACAGGGACATTTGAATTCACTAGCTTTTTTTATCGATATG 1140 Query 1523 GATTTGTGGCTAATTTTAGCATGGAGCTTCCCAGTTTTGGAGTGTCTGGAATAAACGAGT 1582 |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1141 GATTTGTGGCTAATTTTAGCATGGAGCTGCCAAGTTTTGGAGTGTCTGGAATAAACGAGT 1200 Query 1583 CAGCTGATATGAGTATTGGAGTAACAGTGATAAAGAACAACATGATAAACAATGACCTTG 1642 ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1201 CAGCTGACATGAGCATTGGAGTAACAGTGATAAAGAACAACATGATAAACAATGACCTTG 1260 Query 1643 GGCCAGCAACAGCCCAGATGGCTCTCCAATTGTTCATCAAAGACTACAGATATACATATA 1702 | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| Sbjct 1261 GACCAGCAACAGCCCAAATGGCTCTCCAATTGTTCATCAAAGATTACAGATACACATATC 1320 Query 1703 GGTGCCATAGAGGAGACACACAAATTCAGACGAGAAGATCATTCGAGCTAAAGAAGCTGT 1762 ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1321 GGTGCCATAGAGGAGACACACAAATCCAAACGAGAAGATCATTCGAGATAAAGAAGCTGT 1380 Query 1763 GGGATCAAACCCAATCAAGGGCAGGACTATTGGTATCAGATGGGGGACCAAACTTATACA 1822 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1381 GGGATCAAACCCAATCAAGGACAGGACTATTGGTATCAGATGGGGGACCAAACTTATACA 1440 Query 1823 ATATCCGGAACCTTCACATCCCTGAAGTCTGCTTAAAGTGGGAGCTAATGGATGAGAATT 1882 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1441 ATATCCGGAATCTTCACATCCCTGAAGTCTGCTTAAAGTGGGAGCTGATGGATGAGAATT 1500 Query 1883 ATCGGGGAAGACTTTGTAACCCCCTGAATCCCTTTGTCAGCCATAAAGAAATTGAGTCTG 1942 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1501 ATCGGGGAAGACTTTGTAATCCCCTGAATCCCTTTGTCAGCCATAAAGAAATTGAGTCTG 1560 Query 1943 TAAACAATGCTGTAGTGATGCCAGCCCACGGTCCAGCCAAAAGTATGGAATATGATGCCG 2002 |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1561 TAAACAATGCTGTAGTAATGCCAGCCCATGGTCCGGCCAAAAGTATGGAATATGATGCCG 1620 Query 2003 TTGCAACTACACACTCCTGGAATCCCAAGAGGAACCGCTCTATTCTAAACACTAGCCAAA 2062 ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1621 TTGCAACTACACACTCCTGGATTCCCAAAAGGAACCGCTCTATTCTAAACACAAGCCAAA 1680 Query 2063 GGGGAATTCTTGAGGATGAACAGATGTACCAAAAGTGCTGCAACTTGTTCGAGAAATTTT 2122 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1681 GGGGAATTCTTGAGGATGAACAGATGTACCAGAAGTGCTGCAACTTGTTCGAGAAATTTT 1740 Query 2123 TCCCTAGTAGTTCATATAGGAGACCGATTGGAATTTCTAGCATGGTGGAGGCCATGGTGT 2182 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1741 TCCCTAGTAGTTCATATAGGAGACCGATTGGAATTTCTAGCATGGTGGAGGCCATGGTGT 1800 Query 2183 CTAGGGCCCGGATTGATGCCAGAATTGACTTCGAGTCTGGACGGATTAAGAAGGAAGAGT 2242 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1801 CTAGGGCCCGGATTGATGCCAGAATTGACTTCGAGTCTGGAAGGATTAAGAAGGAAGAGT 1860 Query 2243 TCTCTGAGATCATGAAGATCTGTTCCACCATTGAAGAACTCAGACGGCAAAAATAATGAA 2302 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1861 TCTCTGAGATCATGAAGATCTGTTCCACCATTGAAGAACTCAGACGGCAAAAATAATGAA 1920 Query 2303 TTTAGCTTGTCCTTCATGAAAAAATGCCTTGTTTCTAC 2340 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1921 TTTAGCTTGTCCTTCATGAAAAAATGCCTTGTTTCTAC 1958 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 7364190226110