Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Rhinopithecus_20roxellana_20[refseq_20GCF_5F000769185.1_202014-10- 28] 135,512 sequences; 2,899,552,139 total letters Query= NC_023676.1 Length=9501 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq42544 2792 0.0 seq43009 1342 0.0 seq105983 717 0.0 seq93594 545 1e-151 seq57899 363 9e-97 >seq42544 Length=1694 Score = 2792 bits (3096), Expect = 0.0 Identities = 1636/1694 (97%), Gaps = 3/1694 (0%) Strand=Plus/Plus Query 7399 GGTAAAATTAATTGGGTTGCCTGCTGCAAAGAACATTGTGAATTATTTTTGTAGTGAACG 7458 |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1 GGTAAAGTTAATTGGCTTGCCTGCTGCAAAGAACATCGTGAATTATTTCTGTAGTGAACG 60 Query 7459 AGAGGCTGGCTCGCTTAAGTCATTAGCTTGTTGGATAAAACCAGTAGGGGAGAGGGTTAC 7518 ||||||| |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 61 AGAGGCTAGCTCACTCAAATCATTAGCTTGTTGGATAAAACCAGTAGGGGAGAGAGTTAC 120 Query 7519 CTGGGGAGATTCCACTATCCAACCTTACTATTGCACCAACGTATCCTACTCAAACCCAGG 7578 ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 121 CTGGGGAGATTCCACTATCCAGCCTTACTATTGTACCAACGTATCCTACTCAAATCCAGG 180 Query 7579 TATGGAGAAGATGAAGACAGAACTATTGGGATTTAAGATGAAGAACTATAATAATCCACA 7638 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 181 TATGGAGAAGATGAAGACAGAACTATTGGGATTTAAGATGAAGAACCATAATAATCCACA 240 Query 7639 TAAATGCGGTACTTTAATCATGTCGAATGATGTTATTTGTGGTATGATCATTGCCGCGAC 7698 |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 241 TAAATGTGGTACTTTAATCATGTCGAACGATGTTATTTGTGGTATGATCATTGCTGCGAC 300 Query 7699 TACACTTGCGGGTGAATCTTTCGCTGTAAGTGTTAGTCGCGAAATGGTTGTTGAGGGCCT 7758 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 301 TACACTTGCGGGTGAATCTTTTGCTGTAAGTGTTAGTCGCGAGATGGTTGTTGAGGGCCT 360 Query 7759 TAGGGTCCTTGGGGCAACACCTTTTGACATGAAGATGAAGATTACCCCAATAGATACTGT 7818 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 TAGGGTCCTTGGGGCAACACCTTTTGACATGAAGATGAAGATTACCCCAATAGATACTGT 420 Query 7819 TGAGGGCACACCTAAGATGTTACCACCCGAGGATGGCGACTTCATCCTTGTGGGGAAGGC 7878 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 TGAGGGCACACCTAAGATGTTACCACCCGAGGAGGGCGACTTCATCCTTGTGGGGAAGGC 480 Query 7879 TGGTAAAGGATTGACATACGCGGGGAAAACCAGATTGACGCCGTCGATCATTCAGGGAGA 7938 ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 481 TGGTAAAGGATTGACGTACGCGGGTAAAACCAGATTGACGCCATCGATTATTCAGGGAGA 540 Query 7939 GATTTCAGAACCTTTTCGATTCCCAGCCGCGCAGAAGTTGGAGGCGACTGGGGAACGTAC 7998 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || Sbjct 541 GATTTCAGAACCTTTTCGATTCCCAGCCGCGCAGAAGTTGGAGGCAACTGGGGAACGCAC 600 Query 7999 GGGATTTGATGTGGTGATGAATGGATGTCGGCGCCAGTTTAATAGACCGAAGACAATAGC 8058 ||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 GGGCTTTGATGTGGTGATGAATGGGTGCCGGCGCCAGTTTAATAGACCGAAGACAATAGC 660 Query 8059 ACGTGATGAAGTAGAGAAGATCACTGAGTATCTGATTGAAAGAATAGTGCCTAGTAGTCC 8118 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| Sbjct 661 ACGTGATGAAGTAGAGAAGATCACTGAGTATTTGATTGAGAGAATAGTACCTAGTAGTCC 720 Query 8119 ACCAACGCGGATGATTGGTGCCAAGCCGGTTGATTTAGACACCGCTATACTAGGAATACC 8178 | || ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 721 ATCAGCGCGGATGATTGGCTCCAAGCCAGTTGATTTAGACACCGCTATACTAGGGATACC 780 Query 8179 CAAGACACGATACTCTGCTATGAAGTTGAACACTGCAATTGGTTGGCCACTAATGTGCAA 8238 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 CAAGACACGATACTCTGCTATGAAGTTAAACACTGCCATTGGTTGGCCACTAATGTGCAA 840 Query 8239 GTTTCCGAAGGGCCAAAAGAAGAGTGACATCATTAAGATAAGCGAAGAGCGTACCGAAGT 8298 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || Sbjct 841 GTTCCCGAAGGGCCAAAAGAAGAGTGACATCATTAAGATAAACGAAGAGCGTACCGAGGT 900 Query 8299 TAAGATTCATAAGTATGCCTTGGAGGAGTATGCGAGTGCAAATGAAGGACGCAAACGTGC 8358 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 TAAGATTCATAAGTATGCCTTGGAGGAGTATGTGAGTGCAAATGAAGGACGCAAACGTGC 960 Query 8359 AGTTTGCGCCCCGACTGTGTTCATGGACTTCCCCAAGGATGAACTTTTGAAAGTTGGTAA 8418 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 961 AGTTTGCGCCCCGACTGTGTTCATGGACTTCCCCAAGGATGAACTTTTGAAAGTTGGTAA 1020 Query 8419 GGCTACTCGTTTGATAAA---TGCCCCTCTTCACCACACTTTAGATATGCGTAGATATCT 8475 ||||||||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 GGCTACTCGTTTGATTAATGGTGCCCCTCTCCACCATACTTTAGATATGCGTAGATATCT 1080 Query 8476 GGGAGAATTCCTCGAGTCCATCGTTCACCTTGGCAACAAGATTGCGGTGGGCATAGATGT 8535 |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1081 GGGAGAATTCCTTGAGTCCATCGTTCATCTTGGCAACAAGATTGCGGTCGGCATAGATGT 1140 Query 8536 ACATTCCACGGACTGGGTTGAAGTAAACGCTGGACAGAATGACGTAGTGAATGAGGATTA 8595 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1141 ACATTCCACGGACTGGGTTGAAGTAAACGCTGGACAGAATGACGTAGTGAATGAGGATTA 1200 Query 8596 TAAAAATTTCGGACCTGGCTTTCATAGTCAGTGGATCGATGTAATATCTGAGATTGCTGT 8655 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1201 TAAAAATTTCGGACCTGGCTTTCATAGTCAGTGGATCGATGTAATATCTGAGATTGCTGT 1260 Query 8656 CGCCTGGACAAAGCGTTATAAGACCAATGACCCCGAATATGAGAACGTAATCCGCTGTTT 8715 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1261 CGCCTGGACTAAGCGTTATAAGACCAATGACCCCGAATATGAGAACGTAATCCGCTGTTT 1320 Query 8716 GTTTAGGGAATTGCAGAATGCTACACATATCGCAGGGGACCTAATATTCCAAGTCCTCTG 8775 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1321 GTTTAGGGAATTGCAGAATGCTACACATATCGCAGGGGACCTAATATTCCAAGTCCTCTG 1380 Query 8776 TGGCTCCCCTAGTGGAGCCTTTGCTACCGATAGAATCAATAGTCTGGCTAATATTTGTTA 8835 |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1381 TGGCTCTCCTAGTGGGGCCTTTGCTACCGATAGAATCAATAGTCTGGCTAATATTTGTTA 1440 Query 8836 TCATTGTTTATGTTATTTACGCAAATATAGTACTTTAGTTGGTTTTTGGGAATATTATCT 8895 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1441 CCATTGCTTATGTTATTTACGCAAATATAGTACTTTAGTTGGTTTTTGGGAATATTATCT 1500 Query 8896 AACGGTCTATGGTGATGACACTAGACGCTCCGGAAAGGCATATAGTTACGAAGAATTTCG 8955 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1501 AACGGTCTATGGTGATGACACTAGACGCTCCGGAAAGGCATATAGTTACGAAGAATTTCG 1560 Query 8956 TGACTGTATGGCGTCCATTGGCATCACCGTAGAGCTAGATAAGGGTGGAAATACTTTCCT 9015 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1561 TGACTGTATGGCGTCCATTGGCATCACCGTAGAGCTAGATAAGGGTGGAAATACTTTCCT 1620 Query 9016 TAAGAGAGAATTTCGCCCCTATAGTTACAAAGGTATTAATATATTATTAGCACCCTTACC 9075 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1621 TAAGAGAGAATTTCGCCCCTATAGTTATAAAGGTATTAATATATTATTAGCACCCTTACC 1680 Query 9076 CCTCCCGATCGTGG 9089 |||||||||||||| Sbjct 1681 CCTCCCGATCGTGG 1694 >seq43009 Length=814 Score = 1342 bits (1488), Expect = 0.0 Identities = 786/814 (97%), Gaps = 0/814 (0%) Strand=Plus/Minus Query 5832 TATCGCGAACTGCTCCAGTAACGTATGTGTCATATCAAGAGGCTATTAGTCGTGTACGCG 5891 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 814 TATCACGAACTGCTCCAGTAACGTATGTGTCATATCAGGAGGCTATTAGTCGTGTACGCG 755 Query 5892 ATGAGGCTTTACTACACCGGCAGAAGGAACTTAAATCATTAGAGCGAAAGGGACCACTTT 5951 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 754 ATGAGGCTTTATTACACCGGCAGAAGGAACTTAAATCATTAGAACGAAAGGGACCACTTT 695 Query 5952 ATGCCCGTTTGAAACCTGAACATGAGATTACCGGAAACGAATTTAGGGAGCGCATCTTCA 6011 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 694 ATGCCCGTTTGAAACCTGAACATGAGATTACCGGAAACGAATTTAGGGAGCGCATCTTCA 635 Query 6012 CTGCCACAGCTGATGAGGTTCCGCGACCTATTGATATCGACCTTTTGGAGATGGAGGATG 6071 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 634 CTGCCACAGCTGATGAGGTTCCGCGACCTATTGATATCGACCTTTTGGAGATGGAGGATG 575 Query 6072 TGCAGGTGAATGATGCTACCTCTGGGCGCATGCAAATTAGACTACATCCAACGGGGTCTA 6131 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 574 TGCCGGTGAATGATGCTACCTCTGGGCGCATGCAAATTAGACTGCATCCAACGGGGTCTA 515 Query 6132 CCACCTGTGATTGTCACAGTGAAATTGATGGGAGAATTAAGACCAGGTTCTATTGTAAAA 6191 | ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 514 CTACCTGTGATTGCCACAGCGAGGTTGATGGGAGAATTAAGACCAGGTTCTATTGTAAAG 455 Query 6192 GTCATTACCCTGGAGCCCAACACCAGGTAATAACCAAGGAAGTGTTGAGAGAGGCCATAG 6251 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 454 ACCATTATCCTGGAGCCCAACACCAGGTAATAACCAAGGAAGTGTTGAGAGAGGCCATAG 395 Query 6252 AATCAGAAGATCCTATATCAGCTCCACCGTTGCTCGCATTTGTAGATGAAAAGACCATCC 6311 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 394 AATCAGAAGATCCTATATCAGCTCCACCGTTGCTCGCATTTGTAGATGAAAAGACCATCC 335 Query 6312 CCAATAATCCGCGTGATCCTACGGGACTCCTAATGAATTGGTTTAACACACGGTATGCTC 6371 ||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 334 CCAATAATCCGCGTGATCCCACCGGGCTCCTAATGAATTGGTTTAACACACGGTATGCTC 275 Query 6372 GAAGGCTCCCAGAAGGGTATCAGTATTGGCATAATATCTCTTTATCCTGTTGTCATCAAC 6431 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 274 GAAGGCTCCCAGAAGGGTATCAGTATTGGCATAACATCTCTTTATCCTGTTGTCATCAAC 215 Query 6432 CTAACATCTTACAACGCGCTTACTTCGAGAATGTGGGGGGAAAAGTGGAGGTAGTGCTAG 6491 |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 214 CTAATATCTTACAACGTGCTTACTTCGAGAATGTGGGGGGAAAAGTGGAGGTAGTGCTAG 155 Query 6492 ATTATTATCTTAGTGAGCGGGATCTTCCAAATTGCTCCATTTGGAGTAGTAGCACGAAGG 6551 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 154 ATTATTATCTTAGTGAGCGGGATCTTCCAAATTGCTCCATTTGGAGTAGTAGCACAAAGG 95 Query 6552 AACACTGCAAGATAGTTTTGACACCGGCCTGCCCTGTTTCAGTCTATAATAGTTTGGTCA 6611 | || |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 94 AGCATTGCAAGGTAGTTTTGACGCCGGCCTGCCCTGTTTCAGTCTATAATAGTTTGCTCA 35 Query 6612 AGCTAAAGAACCATCCATTTGCAGGAGATCTAGA 6645 ||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 34 AGCTAAAGAACCACCCATTTGCAGGAGATCTAGA 1 >seq105983 Length=415 Score = 717 bits (794), Expect = 0.0 Identities = 408/415 (98%), Gaps = 0/415 (0%) Strand=Plus/Minus Query 9050 ATTAATATATTATTAGCACCCTTACCCCTCCCGATCGTGGGAGATATTGTCAATTGGGTA 9109 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 415 ATTAATATATTATTAGCACCCTTACCCCTCCCGATCGTGGGAGATATTGTCAATTGGGTA 356 Query 9110 AAGAAACCGATCTTCGATCCGGTTTCGGCGTTAGAACAATCGGTTGACTCGTATCTCTCC 9169 ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 355 AAGAAACCGATTTTTGATCCGGTTTCGGCGTTAGAACAATCGGTTGACTCGTATCTCTCC 296 Query 9170 GAGATGTTCCATCACGGGCAGGAGCGTTTTGATACGGCTCGCTCCCAGATCCAGGAAATA 9229 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 295 GAGATGTTCCATCACGGGCAGGAGCGTTTTGATACGGCTCGCTCCCAGATCCAGGAAATA 236 Query 9230 TTCGCGAGGTTTGGTAGGAATCCAGAATTGAAAGACTTCAACACCATTTGGGTGGAGAAG 9289 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| Sbjct 235 TTCGCGAGGTTTGGTAGGAATCCAGAATTGAAAGACTTTAACACCATTTGGGTGGAAAAG 176 Query 9290 TATGGTAAAGTTGGAATACTTCCTACCGGCAGCTATGTGGATGAACGAGGTGAAATCTTG 9349 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 175 TATGGTAAAGTCGGAATACTTCCTACCGGCAGCTATGTGGATGAACGAGGTGAAATCTTG 116 Query 9350 AAGCATGGCATAGCTGGGACATTCCTGGGTGACCCTAACTCCTTTGAGGATGACGAAGGT 9409 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 115 AAGCATGGCATAGCTGCGACATTCCTGGGTGACCCTAACTCCTTTGAGGATGATGAAGGT 56 Query 9410 TACTCAGTTGAATGATAGAAAGTCCGGATGGTAATCCTTATGAACCCAAGTCGGC 9464 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 55 TACTCAGTTGAATGATAGAAAGTCCGGATGGTAATCCTTATGAACCCAAGTCGGC 1 >seq93594 Length=320 Score = 545 bits (604), Expect = 1e-151 Identities = 313/320 (98%), Gaps = 0/320 (0%) Strand=Plus/Minus Query 4183 AGGACCTTCGAGTGATCCCCCTGGCAGCCACCAGCCCGACCCAGAGTCGGAGTACTTCAC 4242 ||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 320 AGGACCTTCGAGTAATCCCCCTGGCGGTCACCAGCCCGACCCAGAGTCGGAGTACTTCAC 261 Query 4243 TACGGAGGAACAAGAGGAAATGGGTCGGGCTGGCATGACGAGGAGATTATATAATAAAGT 4302 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 260 TACGGAGGAACAAGAGGAAATGGGTCGGGCTGGTATGACGAGGAGATTATATAATAAAGT 201 Query 4303 GTCATCCTACTTAAGAACGGTGCGTAGGATGCCCAGGGATACCGTTGACGAGTTTTGGCG 4362 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 200 GTCATCCTACTTAAGAACGGTGCGTAGGATGCCCAGGGATACCGTTGACGAGTTTTGGCG 141 Query 4363 AAGGTATGAGGAAAAGAAGAGAATAGTGGTTGATCTTACTGATTCAGTTAGAACCGTGTC 4422 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 140 AAGGTATGAGGAAAAGAAGAGAATAGTGGTTGATCTTACTGATTCAGTTAGGACCGTGTC 81 Query 4423 TGAATTTGTAAAGCACGTGGAGGACTCGAACATGGATAAACAAAAGTTTGAGCGTGCTTT 4482 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 80 TGAATTTGTAAAGAACGTGGAGGACTCGAACATGGATAAACAAAAGTTTGAGCGTGCTTT 21 Query 4483 TGAGGCTTTTGAGAGTATTG 4502 ||||||||||||||| |||| Sbjct 20 TGAGGCTTTTGAGAGCATTG 1 >seq57899 Length=219 Score = 363 bits (402), Expect = 9e-97 Identities = 212/219 (97%), Gaps = 0/219 (0%) Strand=Plus/Plus Query 3211 GGAAGGGGAGCCAGTTGAACAACAAGTGGACCAGGGGGATGAGCGAACTAAGGTCATGGA 3270 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| Sbjct 1 GGAAGGGGAGCCAGTTGAACAACAAGTGGACCAAGGGGACGAGCGAACTAAGGTTATGGA 60 Query 3271 TGCTTCCACTCCTCTACGGGTAACCTATCCAGCATGGGCACTGAATCTTAATGAAACATA 3330 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 TGCTTCCACTCCTCTACGGGTAACCTATCCAGCATGGGCACTGAATCTTAATGAAACATA 120 Query 3331 CGACATCCGTGACGTAGTTAAGCGCTACACCACTTGGTTCTCAAGGGACACCCACCCTAG 3390 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||| Sbjct 121 CGACATCCGTGATGTAGTTAAGCGCTACACCACTTGGTTTTCAAGGGACACCCTCTCTAG 180 Query 3391 TAACACCCGTGCTGAAACTTTACAATTTTTCCAGGTTTC 3429 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 TAACACCCGTGCTGAAACTTTACAATTTTTCCAGGTTTC 219 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 30241825641120