Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Rattus_20norvegicus_20[refseq_20GCF_5F000001895.5_202014-07-01] 955 sequences; 2,870,184,193 total letters Query= NC_007652.1 Length=14071 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq232 84.2 2e-12 seq174 78.8 8e-11 seq154 78.8 8e-11 >seq232 Length=115493446 Score = 84.2 bits (92), Expect = 2e-12 Identities = 291/424 (69%), Gaps = 49/424 (12%) Strand=Plus/Plus Query 6495 ACAAGAGCAACAACAGAGGCAG-AACTGGAAAAACAA-AGCAAGCAA--ACCATAGAGCC 6550 |||| |||||||||| ||||| ||| || ||||| |||| |||| || | | | Sbjct 89282922 ACAACAGCAACAACAACGGCAGCAAC---AACAACAACAGCA-GCAACAACAACAACAAC 89282977 Query 6551 AGACACTAGCACCAAAAAGCACA-CTCCCACAAGGCCAAGCAGCGAATCCCCCACCACAA 6609 | ||| |||| ||| || ||| | | |||| ||| |||| || || || |||| Sbjct 89282978 A-ACAGCAGCAACAACAACAACAACAGCAACAACAACAA-CAGC-AACAGCCAACAACAA 89283034 Query 6610 CACAAGCAACTGCA-CAACTGACAACACCAACAGCCCCAAAAGCAAGCATAGCACC--CA 6666 || |||||| || |||| | ||||| ||||||| || | ||| | |||| | || Sbjct 89283035 CAACAGCAACAACAACAACAG-CAACAACAACAGCAACAGCAACAACAACAGCAACAACA 89283093 Query 6667 AGAACAG--ACAGGCAACAACCaaaaaaaCCGAAACGGGCACCacaacaacaagcagagc 6724 | ||||| |||| ||||||| | || ||| ||| | || ||||||||| | ||| Sbjct 89283094 ACAACAGCAACAG-CAACAACAACAACAAC---AACAGCAACAACAACAACAGCAACAGC 89283149 Query 6725 aaagaaaaccaacaacc-caacagagacagcaacaacaactctcaaagcaacaacagaaa 6783 || | ||| |||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||| || Sbjct 89283150 AACAACAAC-AACAACAGCAACAGCAACAGCAACAACAACAACAGCAGCAACAACAACAA 89283208 Query 6784 caggcaagggcaaagaGGGGCCAACA-CAGCACACAATCA-AAGAACAGCCCGAAACAAC 6841 ||| ||| ||| ||||| ||||| ||| | || |||| | |||||| Sbjct 89283209 CAG-CAA---CAA--------CAACAGCAGCA-ACAGCAACAACAACAAC----AACAAC 89283251 Query 6842 AGCAGGAGAAACAACTACCCCA-CAGTCAAGAAGAACA--ACCAGCAGGCCAGCCCCAAC 6898 ||||| || |||||| || || ||| ||| || |||| | || ||| |||| |||| Sbjct 89283252 AGCAGCAGCAACAACAACAACAGCAG-CAACAACAACAGCAACAACAG--CAGCAACAAC 89283308 Query 6899 AACA 6902 |||| Sbjct 89283309 AACA 89283312 >seq174 Length=112626471 Score = 78.8 bits (86), Expect = 8e-11 Identities = 201/286 (70%), Gaps = 25/286 (9%) Strand=Plus/Plus Query 6606 ACAACACAAGCAACTGCA-CAACTGACAACACCAACAGCCCCAAAAGCAAGCATAGCACC 6664 |||||| | |||| ||| |||| |||||| ||||| | ||| ||||| | |||| | Sbjct 58986072 ACAACAACAACAACAGCAACAACA-ACAACAGCAACAACAACAACAGCAACAACAGCAAC 58986130 Query 6665 --CAAGAACAG--ACAGGCAACAACCaaaaaaaCCGAAACGGGCACCacaacaacaagca 6720 ||| ||||| |||| ||||||| || ||| | ||| || ||| |||||| | Sbjct 58986131 AACAACAACAGCAACAG-CAACAAC---AACAACAGCAACA---ACAACAGCAACAACAA 58986183 Query 6721 gagcaaagaaaaccaacaacc-caacagagacagcaacaacaactctcaaagcaacaaca 6779 ||||| || | ||||| | |||||| ||| |||||||||| | |||||||||| Sbjct 58986184 CAGCAAC-AACAGCAACAGCAACAACAGCAACAACAACAACAACAGCAACAGCAACAACA 58986242 Query 6780 gaaacaggcaagggcaaagaGGGGCCAACA-CAGCACACAATCA-AAGAACAGCCCGAA- 6836 ||||| ||| |||| | ||||| ||||| |||| | || |||||| || Sbjct 58986243 ACAACAG-CAACAGCAACAACAA--CAACAACAGCA-ACAACAACAACAACAGCAACAAC 58986298 Query 6837 -ACAACAGCAGGAGAAACAACTAC-CCCACAGTCAAGAAGAACAAC 6880 |||||||||| | |||||| || | |||| ||| || |||||| Sbjct 58986299 AACAACAGCAGCAACAACAACAACAGCAACAG-CAACAACAACAAC 58986343 >seq154 Length=133307652 Score = 78.8 bits (86), Expect = 8e-11 Identities = 248/363 (68%), Gaps = 50/363 (14%) Strand=Plus/Plus Query 6606 ACAACACAAGCAACTGCA----CAACTGACAACACCAACAGCCCCAAAAGCAAGCATAGC 6661 |||||| |||||| ||| |||| | ||||| ||||||| ||| ||||| |||| Sbjct 111312652 ACAACAACAGCAACAGCAACAACAACAG-CAACAGCAACAGCAACAACAGCAA---TAGC 111312707 Query 6662 ACCCAAGAACAGACAGGCAACAACCaaaaaaaCCGAAACGGGCACCacaacaaca----- 6716 | | || | || |||| ||||||| | | ||| | ||| | || ||| ||||| Sbjct 111312708 AAC-AACAGCA-ACAG-CAACAACAACAGCAACAGCAACAGCAACAACAGCAACAGCAAC 111312764 Query 6717 -agcagagcaa-agaaa-accaacaacc-caacagagacagcaacaacaactctcaaagc 6772 | | ||||| || || | ||||| | |||||| |||||||||||||| | ||| Sbjct 111312765 AACAACAGCAACAGCAACAGCAACAGCAACAACAGCAACAGCAACAACAACAGCAACAGC 111312824 Query 6773 aacaacagaaacaggcaagggcaaagaGGGGC-CAACA-CAGCA--CACAATCAAAGAAC 6828 ||||||| |||| ||| |||| | | ||||| ||||| ||||| || ||| Sbjct 111312825 AACAACA---ACAG-CAACAGCAACAACAGCAACAACAGCAGCAGCCACAAC--AACAAC 111312878 Query 6829 AGCCCGAAACAACAGCAGGAGAAACAACTACCCCACAGTCAAGAAGAACAAC-------- 6880 ||| ||||||||||| || | |||| | | |||| ||| || |||||| Sbjct 111312879 AGC----AACAACAGCAGCAGCAGCAACAA--CAACAG-CAACAACAACAACAGCAACAA 111312931 Query 6881 CAGCAGGCCAGCCCCAACAACAAAAACCGAAGAGGAGGCAGAAACCACCAAAACAAGAAC 6940 |||||| ||||| ||||||||| | | || | | |||| | |||| | |||| ||| Sbjct 111312932 CAGCAG--CAGCCACAACAACAACAGC--AACAACA-GCAGCAGCCACAACAACAGCAAC 111312986 Query 6941 AAC 6943 ||| Sbjct 111312987 AAC 111312989 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 44908304108610