Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Carica_20papaya_20[genbank_20GCA_5F000150535.1_202008-05-06] 17,764 sequences; 369,781,828 total letters Query= NC_001785.1 Length=10326 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq4616 1269 0.0 seq4566 462 1e-126 >seq4616 Length=1066 Score = 1269 bits (1406), Expect = 0.0 Identities = 705/706 (99%), Gaps = 0/706 (0%) Strand=Plus/Minus Query 9463 ATCATTTACTGATAAGATGGTTCTACCGAGAATTAAGGGGAAGACTGTCCTTAATTTAAA 9522 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1066 ATCATTTACTGATAAGATGGTTCTACCGAGAATTAAGGGGAAGACTGTCCTTAATTTAAA 1007 Query 9523 TCATCTTCTTCAGTACAATCCGCAACAAATTGACATTTCTAACACTCGTGCCACTCATTC 9582 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1006 TCATCTTCTTCAGTACAATCCGCAACAAATTGACATTTCTAACACTCGTGCCACTCATTC 947 Query 9583 ACAATTTGAGAAGTGGTATGAGGGAGTGAGGAATGATTATGGCCTTAATGATAATGAAAT 9642 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 946 ACAATTTGAGAAGTGGTATGAGGGAGTGAGGAATGATTATGGCCTTAATGATAATGAAAT 887 Query 9643 GCAAGTGATGCTAAATGGTTTGATGGTTTGGTGTATCGAGAATGGTACATCTCCAGACAT 9702 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 886 GCAAGTGATGCTAAATGGTTTGATGGTTTGGTGTATCGAGAATGGTACATCTCCAGACAT 827 Query 9703 ATCTGGTGTCTGGGTTATGATGGATGGGGAAACCCAAGTTGATTATCCAATCAAGCCTTT 9762 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 826 ATCTGGTGTCTGGGTTATGATGGATGGGGAAACCCAAGTTGATTATCCAATCAAGCCTTT 767 Query 9763 GATTGAGCATGCTACTCCGTCATTTAGGCAAATTATGGCTCACTTTAGTAACGCGGCAGA 9822 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 766 GATTGAGCATGCTACTCCGTCATTTAGGCAAATTATGGCTCACTTTAGTAACGCGGCAGA 707 Query 9823 AGCATACATTGCGAAGAGAAATGCTACTGAGAGGTACATGCCGCGGTATGGAATCAAGAG 9882 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 706 AGCATACATTGCGAAGAGAAATGCTACTGAGAGGTACATGCCGCGGTATGGAATCAAGAG 647 Query 9883 AAATTTGACTGACATTAGCCTCGCTAGATACGCTTTCGACTTCTATGAGGTGAATTCGAA 9942 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 646 AAATTTGACTGACATTAGCCTCGCTAGATACGCTTTCGACTTCTATGAGGTGAATTCGAA 587 Query 9943 AACACCTGATAGGGCTCGCGAAGCTCACATGCAGATGAAGGCTGCAGCGCTGCGAAACAC 10002 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 586 AACACCTGATAGGGCTCGCGAAGCTCACATGCAGATGAAGGCTGCAGCGCTGCGAAACAC 527 Query 10003 CAGTCGCAGAATGTTTGGTATGGACGGCAGTGTTAGTAACAAGGAAGAAAACACGGAGAG 10062 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 526 CAGTCGCAAAATGTTTGGTATGGACGGCAGTGTTAGTAACAAGGAAGAAAACACGGAGAG 467 Query 10063 ACACACAGTGGAAGATGTCAATAGAGACATGCACTCTCTCCTGGGTATGCGCAACTAAAT 10122 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 466 ACACACAGTGGAAGATGTCAATAGAGACATGCACTCTCTCCTGGGTATGCGCAACTAAAT 407 Query 10123 ACCTGCGCTTGTGTGTTTGTTGAGTCTGACTCGACCCTGTTTCACC 10168 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 406 ACCTGCGCTTGTGTGTTTGTTGAGTCTGACTCGACCCTGTTTCACC 361 >seq4566 Length=1050 Score = 462 bits (512), Expect = 1e-126 Identities = 256/256 (100%), Gaps = 0/256 (0%) Strand=Plus/Plus Query 9358 CGGTGCTAGTGACGGAAATGATGTGTCAACTAGCACAAAAACTGGAGAGAGAGATAGAGA 9417 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 795 CGGTGCTAGTGACGGAAATGATGTGTCAACTAGCACAAAAACTGGAGAGAGAGATAGAGA 854 Query 9418 TGTCAATGTTGGGACCAGTGGAACTTTCACTGTTCCGAGAATTAAATCATTTACTGATAA 9477 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 855 TGTCAATGTTGGGACCAGTGGAACTTTCACTGTTCCGAGAATTAAATCATTTACTGATAA 914 Query 9478 GATGGTTCTACCGAGAATTAAGGGGAAGACTGTCCTTAATTTAAATCATCTTCTTCAGTA 9537 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 915 GATGGTTCTACCGAGAATTAAGGGGAAGACTGTCCTTAATTTAAATCATCTTCTTCAGTA 974 Query 9538 CAATCCGCAACAAATTGACATTTCTAACACTCGTGCCACTCATTCACAATTTGAGAAGTG 9597 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 975 CAATCCGCAACAAATTGACATTTCTAACACTCGTGCCACTCATTCACAATTTGAGAAGTG 1034 Query 9598 GTATGAGGGAGTGAGG 9613 |||||||||||||||| Sbjct 1035 GTATGAGGGAGTGAGG 1050 Score = 93.3 bits (102), Expect = 3e-15 Identities = 53/54 (98%), Gaps = 0/54 (0%) Strand=Plus/Plus Query 9250 TCATCAGTCCAAGAATGAAGCTGTGGATGCTGGTTTGAATGAAAAACTCAAAGA 9303 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 687 TCGTCAGTCCAAGAATGAAGCTGTGGATGCTGGTTTGAATGAAAAACTCAAAGA 740 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 32921419503840