Alignment viewer

BLASTN 2.6.0+ Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Database: Triticum_20aestivum_20[genbank_20GCA_5F002220415.2_202017-07-27] 279,439 sequences; 15,344,693,583 total letters Query= NC_007652.1 Length=14071 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value seq111109 80.6 2e-11 seq100580 80.6 2e-11 SEQ49811 80.6 2e-11 seq219017 78.8 8e-11 SEQ76579 78.8 8e-11 SEQ60222 78.8 8e-11 SEQ14592 78.8 8e-11 >seq111109 Length=441716 Score = 80.6 bits (88), Expect = 2e-11 Identities = 238/342 (70%), Gaps = 25/342 (7%) Strand=Plus/Minus Query 6611 ACAAGCAACTGCA-CAACTGACAACACCAACAGCCCCAA-AAGCAAGCATAGCACCCA-- 6666 |||| |||| ||| |||| |||||| ||||| | |||| |||||| | |||| | | Sbjct 441282 ACAA-CAACAGCAACAACA-ACAACAACAACAACACCAACAAGCAACAACAGCAACAACC 441225 Query 6667 AG-AACAGACAGGCAACAACCaaaaaaaCCGAAACGGGCACCacaacaacaagcagagca 6725 || |||| ||| ||||||| | || ||| ||| || |||||||||| | | || Sbjct 441224 AGCAACA-ACAA-CAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACA 441167 Query 6726 a-agaaaaccaacaacccaacagagacagcaacaacaactctcaaagcaacaacagaaac 6784 | | |||| ||||||| ||||| ||| ||||| |||| | ||||||||||| | | Sbjct 441166 ACACAAAAACAACAAC--AACAGCAACAACAACAGCAACAACAACAGCAACAACAGCAGC 441109 Query 6785 aggcaagggcaa-agaGGGGCCAACA-CAGCACACAATCAAAGAACAGCCCGAAACAACA 6842 | ||| ||| || | ||||| ||||| ||| ||| | |||| | ||||||| Sbjct 441108 AA-CAA---CAACAGCAGCAGCAACAGCAGCAG-CAAGCAACCAGCAGCA-GCAACAACA 441055 Query 6843 GCAGGAGAAACAACTAC-CCCACAGTCAAGAAGAACAACCAGCAGGCCAGCCCCAACAAC 6901 |||| || | |||| || |||||| ||| || | |||| | || || ||||||| Sbjct 441054 GCAGCAGCAGCAACAACAACCACAG-CAACAACAGCAACAACAAGAACAAGAACAACAAC 440996 Query 6902 AAAAACCGAAGAGGAGGCAGAAACCACCAAAACAAGAACAAC 6943 || ||| |||| | || ||| || | ||||| |||||| Sbjct 440995 AACAAC--AAGAACA-ACAACAACAACAACAACAACAACAAC 440957 >seq100580 Length=201268 Score = 80.6 bits (88), Expect = 2e-11 Identities = 245/358 (68%), Gaps = 33/358 (9%) Strand=Plus/Minus Query 6602 CACCA-CAAC-ACAAGCAACTGCA-CAACTGACAACACCAACAGCCC---CAAAAGCAAG 6655 ||||| |||| |||| |||| ||| |||| |||||||||||| | | ||| ||||| Sbjct 135094 CACCAACAACCACAA-CAACAGCAACAACA-ACAACACCAACAACACCAACAATAGCAAC 135037 Query 6656 CATAGCACCCAAGAACAGACAG--GCAACAACCaaaaaaaCCGAAACGGGCACCacaaca 6713 ||| || || ||||| |||| ||||||| | || ||| ||| || |||||| Sbjct 135036 AATAACA-ACACGAACA-ACAGCAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACA 134979 Query 6714 acaagcagagca--aagaaaaccaacaacccaacagagacagcaacaacaactctcaaag 6771 |||| | | || || || | ||||||| |||||| |||||||||||||| || Sbjct 134978 ACAACAACAACAACAACAACAACAACAACACAACAGCAACAGCAACAACAAC------AG 134925 Query 6772 caacaacagaaacag-gcaagggcaaagaGGGGCCAACA-CAGCACACAATCA-AAGAAC 6828 |||||||| ||||| ||| |||| | ||||| ||||| |||| | || ||| Sbjct 134924 CAACAACAACAACAGCACAACAGCAACAA-----CAACAGCAGCA-ACAACAACAACAAC 134871 Query 6829 AGC--CCGAAACAACAGCAGGAGAAACAACTACCCCACAGTCAAGAAGAACAACCAGCAG 6886 | | | ||||||| || | |||||| || || ||| || |||||| | | Sbjct 134870 AACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAAC 134811 Query 6887 GCCAGCCCCAACAACAAAAAC-CGAAGAGGAGGCAGAAACCACCAAAACAAGAACAAC 6943 || | ||||||||| ||| || | | || |||||| ||||||| |||||| Sbjct 134810 AACAACAACAACAACAACAACAACAACAACA-ACAACAACCACAAAAACAACAACAAC 134754 >SEQ49811 Length=217529 Score = 80.6 bits (88), Expect = 2e-11 Identities = 218/313 (70%), Gaps = 48/313 (15%) Strand=Plus/Minus Query 6600 CCCACCACAACACAAG--CAACTGCA-CAACTG--ACAACACCAACAGCCCCAAAAGCAA 6654 || || ||||||||| |||| ||| |||| | |||||||||||| | ||| ||||| Sbjct 77750 CCAACAACAACACAACAACAACAGCAACAACAGCAACAACACCAACAACAACAACAGCAA 77691 Query 6655 GC-ATAGCACCCAAGAACAGACAGGCAACAACCaaaaaaaCCGAAACGGGCACCacaaca 6713 | | ||||| ||| |||| ||| ||||||| | || ||| || || ||||||| Sbjct 77690 ACAACAGCACACAACAACA-ACA-ACAACAACAACAACAAC--AA-----CAGCACAACA 77640 Query 6714 acaagcagagcaaagaaaaccaacaacccaacagagacagcaacaacaactc-tcaa-ag 6771 ||| | ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| | ||| || Sbjct 77639 GCAACAACAGCAA-------CAACAACACAACA---ACAGCAACAACAACGCAACAACAG 77590 Query 6772 caacaacagaaacaggcaagggcaaagaGGGGCCAAC-ACAGCACACAATCAAAGAACAG 6830 |||||||| |||| ||| ||| |||| |||||| |||| |||| |||| Sbjct 77589 CAACAACAACAACA-ACAA---CAA--------CAACAACAGCA-ACAA-CAAACAACA- 77545 Query 6831 CCCGAAACAACAGCAGGAGAAACAACTACCCCACAGTCAAGAAGAACAAC-CAGCAGGCC 6889 | | ||||||||| || |||||| || || | || || |||| | ||||| | Sbjct 77544 --CAACACAACAGCAACAGCAACAACAACAGCA-ACACAGCAACAACAGCACAGCA-CAC 77489 Query 6890 AGCCCCAACAACA 6902 ||| |||||| || Sbjct 77488 AGCACCAACAGCA 77476 Score = 80.6 bits (88), Expect = 2e-11 Identities = 217/316 (69%), Gaps = 22/316 (7%) Strand=Plus/Minus Query 6607 CAACACAAGCAACTGCA-CA-ACTGACAACACCAACAGCCCCAAAAGCAAGCATAGCACC 6664 |||||| | |||| || || || |||||| ||||| | |||| | ||| | | || | Sbjct 82686 CAACACCAACAACAACAACACACCAACAACAACAACAACACCAACAACAACAACAACAAC 82627 Query 6665 --CAAGAACAGACAGGCAACAACCaaaaaaaCCGAAACGGGCACCacaacaacaagcaga 6722 ||| |||| ||| ||||||| | || ||| ||| | || |||||||||| | | Sbjct 82626 AACAACAACA-ACAA-CAACAACAACAACAACAACAACAGCAACAACAACAACAACAACA 82569 Query 6723 gcaaagaaaac--caacaac-ccaacagagacagcaacaacaactct--caa-agcaaca 6776 ||| | ||| ||||||| |||||| |||||||||||||| ||| ||||||| Sbjct 82568 ACAACAACAACAGCAACAACACCAACAACAACAGCAACAACAACAGCAACAACAGCAACA 82509 Query 6777 acagaaacagg--caagggcaa--agaGGGGCCAACACAGCACACAATCA-AAGAACAGC 6831 |||| ||||| ||| |||| | || || | |||||| |||| | || |||| | Sbjct 82508 ACAGCAACAGCAACAACAGCAACAACAGCAGCAACAACAGCA-ACAACAACAACAACAAC 82450 Query 6832 CCGAAACAACAGCAGGAGAAACAACTACCCCACAGTCAAGAAGAACAACCAGCAGGCCAG 6891 ||||||||||| | |||||| || || ||| || |||||| | | || Sbjct 82449 ----AACAACAGCAGCAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAA 82394 Query 6892 CCCCAACAACAAAAAC 6907 | ||||||||| ||| Sbjct 82393 CAACAACAACAACAAC 82378 >seq219017 Length=101525 Score = 78.8 bits (86), Expect = 8e-11 Identities = 241/354 (68%), Gaps = 33/354 (9%) Strand=Plus/Minus Query 6603 ACCACAACACAAGCAACTGCAC-AACTG--ACAACACCAACAGCCCCAAAAGCAAGCATA 6659 || |||||| |||||| ||| ||| | |||||||||||||| ||| ||||| | | Sbjct 97541 ACAACAACAACAGCAACAACACCAACAGCAACAACACCAACAGCAACAACAGCAACAACA 97482 Query 6660 GCACC--CAAGAACAGACAGGCAACAACCaaaaaaaCCGAAACGGGCACCacaacaacaa 6717 ||| | ||| ||||| | ||||||| || ||| ||| | | |||||||||| Sbjct 97481 GCAACAACAACAACAGCAACACAACAACAGCAACAACAACAACAG---CAACAACAACAA 97425 Query 6718 gcagagcaaagaaaaccaacaac-ccaacagagacagcaacaacaactctcaaagcaaca 6776 ||| || || | || |||| |||||| ||||||||||||| | ||||||| Sbjct 97424 -CAGCAACAACAACAGCAGCAACGACAACAG---CAGCAACAACAACAACAACAGCAACA 97369 Query 6777 acagaaaca--ggcaagggca--aagaGGGGC--CAAC-ACAGCACACAATCAAAGAACA 6829 |||| |||| |||| || || || | |||| |||||| |||| || |||| Sbjct 97368 ACAGCAACAACAGCAACAACAACAACAGCAACAACAACAACAGCA-ACAA--CAACAACA 97312 Query 6830 GCCCGAAACAACAGCAGGAGAAACAACTACCCCACAGTCAAGAAGAACAACCAGCAGGCC 6889 || ||||||| ||| || |||||| || || ||| || ||| | ||||| || Sbjct 97311 GC----AACAACAACAGCAGCAACAACAACAGCAGCACCAACAACAAC-AGCAGCA--CC 97259 Query 6890 AGCCCCAACAACAAAAACCGAAGAGGAGGCAGAAACCACCAAAACAAGAACAAC 6943 | | || || ||| ||| || | | ||| ||| || | ||||| |||||| Sbjct 97258 AACAACAGCAGCAACAAC--AACAACA-GCAACAACAACAACAACAACAACAAC 97208 >SEQ76579 Length=200310 Score = 78.8 bits (86), Expect = 8e-11 Identities = 219/316 (69%), Gaps = 34/316 (11%) Strand=Plus/Minus Query 6603 ACCACAACACAAGCAACTGCACAACTGACAACACCAACAGCCCCAAAAGCAAGCATAGCA 6662 || |||||| |||||| ||| || | ||||| ||||||| || ||||| | | || Sbjct 52015 ACAACAACAACAGCAACAGCA--ACAG-CAACAGCAACAGC---AACAGCAACAACAACA 51962 Query 6663 CCCA-AG-AACAG--ACAGGCAACAACCaaaaaaaCCGAAACGGGCACCacaacaacaag 6718 | | || ||||| |||| ||||||| | || ||| | ||| || ||||||||| Sbjct 51961 ACAACAGCAACAGCAACAG-CAACAACAACAACAACAGCAACA---ACAACAACAACAGC 51906 Query 6719 cagagcaa--agaaaaccaacaacccaacagagacagcaacaacaactctcaaagcaaca 6776 | ||||| | || ||||||| | ||||| |||||||||||||| | ||||||| Sbjct 51905 AACAGCAACAACAACACCAACAGC--AACAGCAACAGCAACAACAACAACAACAGCAACA 51848 Query 6777 acagaaacag--gcaagggcaaagaGGGGCCAACACAGCACACAATCAAAG-AACAGCCC 6833 ||| |||| |||| |||| || ||||| ||| |||| | || |||||| Sbjct 51847 ACAACAACAACAGCAACAGCAAC-AG----CAACA--GCA-ACAACAACAGCAACAGCAA 51796 Query 6834 GAA--ACAACAGCAGGAGAAACAACTACCCCACAGTCAAGAAGAACAACCAGCAGGCCAG 6891 || |||||||||| | |||||| | | |||| ||| || |||||| | | || Sbjct 51795 CAACAACAACAGCAGCAACAACAACAA--CAACAG-CAACAACAACAACAACAACAACAA 51739 Query 6892 CCCCAACAACAAAAAC 6907 | ||||||||| ||| Sbjct 51738 CAACAACAACAACAAC 51723 >SEQ60222 Length=51372 Score = 78.8 bits (86), Expect = 8e-11 Identities = 238/350 (68%), Gaps = 31/350 (9%) Strand=Plus/Minus Query 6603 ACCACAACACAAGCAACTGCA-CAACTGACAACACCAACAGCCCCAAAAGCAAGCATAGC 6661 || |||||| | |||| || |||| |||||| ||||| | ||| | ||| | ||| Sbjct 16482 ACAACAACAACAACAACAACAACAACA-ACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAGC 16424 Query 6662 ACC--CAAGAACAGACAGGCAACAACCaaaaaaaCCGAAACGGGCACCacaacaacaagc 6719 | | ||| ||||| | ||||||| | || ||| | ||| | || |||||||||| Sbjct 16423 AACAGCAACAACAGCAA--CAACAACAACAACAACAGCAACAGCAACAACAACAACAAC- 16367 Query 6720 agagcaa-agaaa-accaacaacc-caacagagacagcaacaacaactctcaaagcaaca 6776 ||||| || || | ||||||| ||||| |||||||||||||| | | ||||| Sbjct 16366 --AGCAACAGCAACAACAACAACAACAACAACAACAGCAACAACAACAACAACAACAACA 16309 Query 6777 acagaaacaggcaagggcaaagaGGGGCCAACA-CAGCACACAATCAAAGAACAGCCCGA 6835 |||| |||| ||| |||| ||||| ||||| ||| || |||||| | Sbjct 16308 ACAGCAACAA-CAACAGCAA--------CAACAACAGCA-ACAGC--AACAACAGCAACA 16261 Query 6836 A--ACAACAGCAGGAGAAACAACTACCCCACAGTCAAGAAGAACAACCAGCAGGCCAGCC 6893 | |||||||||| | |||||| || ||| ||| || ||||| || || || | Sbjct 16260 ACAACAACAGCAGCAACAACAACAACAACACCACCAACAACAACAA-CAACA--ACAACA 16204 Query 6894 CCAACAACAAAAACCGAAGAGGAGGCAGAAACCACCAAAACAAGAACAAC 6943 ||||||||| ||| || | | || ||| || | ||||| |||||| Sbjct 16203 ACAACAACAACAACACAACAACA-ACAACAACAACAACAACAACAACAAC 16155 >SEQ14592 Length=2244 Score = 78.8 bits (86), Expect = 8e-11 Identities = 242/349 (69%), Gaps = 34/349 (10%) Strand=Plus/Minus Query 6606 ACAACACAAGCAACTGCA-CAACTGACAACACCAACAGCCCCAAAAGCAAGCATAGCACC 6664 |||||| |||||| || |||| |||||||||||| | ||| | ||| | | || | Sbjct 462 ACAACAACAGCAACAACAACAACA-ACAACACCAACAACAACAACAACAACAACAACAAC 404 Query 6665 --CAAGAACAGACA--GGCAACAACCaaaaaaaCCGAAACGGGCACCacaacaacaagca 6720 ||| |||| ||| ||||||| | |||||| ||| | || |||||||||| | Sbjct 403 AACAACAACA-ACAACAACAACAACAACAAAAACAACAACAAGAACAACAACAACAACAA 345 Query 6721 gagcaaagaaaaccaacaac-ccaacagagacagcaacaacaactctcaaagcaacaaca 6779 | | || || | ||||||| |||||| ||| |||||||||| | | |||||||| Sbjct 344 CAAC-AACAATAACAACAACAACAACAGCAACAACAACAACAAC---AACAACAACAACA 289 Query 6780 gaaacaggcaagggcaaagaGGGGCCAACA-CAGCA-CACAATCAA-AG-AACAGCCCGA 6835 | |||| |||| | || || ||||| || || || ||||| || |||||| Sbjct 288 GCAACA-GCAACAAC-AACAG----CAACAGCAACAGCAACATCAATAGCAACAGC---- 239 Query 6836 AACAACAGCAGGAGAAACAACTACCCCA-CAGTCAAGAAGAACAACCAGCAGGCCAGCCC 6894 || | ||||| || |||| | || || ||| ||| || ||||| |||||| |||| Sbjct 238 AAGAGCAGCAACAGCAACATCAACAACAGCAG-CAACAACAACAA-CAGCAG--CAGCAA 183 Query 6895 CAACAACAAAAACCGAAGAGGAGGCAGAAACCACCAAAACAAGAACAAC 6943 ||||||||| || ||| | | || ||| || | ||||| |||||| Sbjct 182 CAACAACAACAA--GAACAACA-ACAACAACAACAACAACAACAACAAC 137 Lambda K H 0.634 0.408 0.912 Gapped Lambda K H 0.625 0.410 0.780 Effective search space used: 44763699063738